从东晋末年刘裕起兵反对桓玄的统治起，统治阶级内部经历了一系列的斗争。这些斗争的性质是逐渐兴起的下级士族向腐朽无能的高级士族争夺全国统治权的斗争，斗争的最后，下级士族获得了胜利。刘裕杀死晋恭帝，便是整个斗争的高潮。
公元421年，刘裕派人杀死了禅位后的晋恭帝。虽然这个行为遭到了后来儒家的不断抨击和诅咒，但是我们还是有必要去探索一下，刘裕杀晋恭帝的真正目的是什么？
三国时期，正是古代门阀制度形成的一个时期。当时除了汝南袁氏、弘农杨氏等少数显赫家族外，后来的魏晋高门还正在形成中。
司马氏是河内大族，从司马防、司马朗直到司马懿发动高平陵政变消灭曹爽后，司马懿父子自握权柄，羽翼已丰，代魏只是时间问题。所以司马氏代魏时，晋武帝不但不杀魏帝，反而优待退位的魏帝，允许礼乐制度皆如魏旧。这是在一种强烈的自信心和对形势的绝对掌控之下做出的举动，也受到了后来儒家的高度评价。
刘裕却不具备司马氏的优势。刘裕代晋时，司马氏宗室中有不少人逃亡北方，降附北方政权，对刘裕还是能够构成一定威胁的。比如司马休之投靠了后秦，司马交思投靠了北魏，都曾被后秦和北魏用来对抗刘裕。刘裕对此也是颇为忌惮。
刘裕忌惮的原因很简单，万一这些司马氏的宗室在北朝支持下打回来，肯定会继续拥戴晋恭帝，复辟晋室，自己刚建立的宋朝根基就会被动摇。
刘裕刚当皇帝时，南方的高级士族并不是很拥戴他。刘裕明白，如果不拉拢高级士族，很难巩固统治。这些高级士族垄断军政大权，谢家和鄱家这样的一流高门对刘裕的态度一直是比较轻视的。《宋书》记载：为了拉拢阳翟褚氏，刘裕竭尽心力，不惜以高官厚禄拉拢，让褚氏竭尽心力追随自己。
当然，对于高级士族中对不肯追随自己的异己势力，刘裕也是严加惩处，毫不留情的。
出自一流高门太原王氏的王坦之、王愉父子，曾与谢安共同辅佐晋孝武帝。王愉对刘裕执政一直心存不满，因此“潜结司州刺史温详，谋作乱，事泄，被诛，子孙十余人皆伏法。”
陈郡殷家，也是当时的一流门阀。其代表人物殷仲文“善属文，为世所重”，与桓氏家族关系尤为密切。刘裕起事后，殷仲文一直在为桓玄出谋划策，后见桓玄大势已去，不得不屈服于刘裕。
对于这样的人，刘裕自然不会信任。”刘裕将贬到外地，殷仲文心中自然更加不满，于是“与桓胤谋反，遂伏诛。”
士族
作为桓玄余党，刘裕一直把桓胤、殷仲文看成是腹心之疾，这二人的死，很大程度上是刘裕罗织罪名定罪的。所谓殷仲文参与谋反之事，漏洞很多，但刘裕通过对殷仲文及桓玄残余势力的清理，巩固了自己的统治。
客观的说，刘裕面临的客观形势与晋武帝代魏时大不相同，其统治巩固程度也远不能和司马氏相比。在此条件下，刘裕为避免夜长梦多，害死晋恭帝，也就毫不奇怪了。
刘裕是个极有心计的人。史料记载：元熙二年，刘裕"有受禅意，而难于发言，乃集朝臣宴饮，从容言曰：今欲奉还爵位，归老京师。群臣唯盛称功德，莫晓此意。亮乃悟旨，于是叩屏请见，曰∶'须数十人便足。'亮既出，拊髀曰：'我常不信天文，今始验矣!'"
这段记载，把刘裕欲代晋而闪烁其词，以退为进的奸雄本色描绘得淋漓尽致。刘裕独掌大权十几年，但是还是顾忌那些高门士族的态度，所以亲自出马试探这些高门士族的态度。这也从另一方面说明，当时的高门士族并没有主动提议刘裕代晋，这和当年晋武帝代魏，群臣踊跃上表成了鲜明的对比。
这里面的原因，其实也很简单，就是因为刘裕的出身问题。刘裕想毒死晋恭帝时，手下竟然无人肯出面帮忙，只能自己上，这无疑说明当时统治阶级内部认为他有资格做皇帝的人，以及愿意拥戴他做皇帝的人，还是不占多数的，因此他更要杀掉晋恭帝，断了这些人复辟的念头。
刘裕通过杀死晋恭帝，以及对不愿合作的高门士族的诛戮，高门士族社会的心态与行为发生了明显的变化，绝大多数高门人物默认了刘裕主政的事实。
为有效地控制高门士族社会，刘裕对高门士族社会采取了严厉的监控手段。他派刘穆之建立了一个情报系统，向自己汇报这些人的动向，“虽复亲昵短长，皆陈奏无隐”。
刘裕代晋的根本性质，是门第寒微的武人势力取代高门士族的统治地位。刘裕对司马氏的诛戮，可视为打击高门士族政策的一部分。除了晋恭帝外，司马秀、司马轨之、司马遵之等晋朝宗室也是死于刘裕之手。所以王夫之在评价刘裕时，才会说：”裕起自寒微，当时在廷之士，无有为裕心腹者，而裕又无驭才之道也。身殂而弑夺兴，况望其能相佐以成底定之功哉?”
王夫之这段评价，说出了刘裕与高门士族社会之间深层次矛盾的实质。这也是刘裕大杀司马氏宗室的根本原因。
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