灭绝师太十五岁这年，师父风陵师太驾鹤西归，临终将峨眉派掌门之位交给了她，并且告诉她屠龙刀和倚天剑的秘密。灭绝师太受命于危难之间，表示难堪重任，因为她上面还有个师姐孤鸿子，武功年龄见识阅历都比她强，按常理来说应该是掌门的不二人选。但是风陵师太说，郭襄祖师对峨眉掌门继承人有一个硬性要求，就是必须悟性要高，将来有潜力可拔。孤鸿子的武功已经登顶了，不会再有突破，所以灭绝是最好的人选。其实郭襄留下这个遗训还有一层意思，就是如果日后找到屠龙刀，取出倚天剑中的九阴真经心法，那么这位掌门人就需要修炼九阴真经的武功。而悟性不高的人恐怕不仅练不会，还会走火入魔。当然这是郭襄一厢情愿想当然的推测，因为修炼九阴真经恰恰不需要悟性，需要的只是定力。黄裳和郭靖都有这样的定力，所以修为最高。欧阳锋和杨过倒是聪明，但是一个练疯了，一个半瓶子不满。后来的周芷若就是很明显的例子，太过聪明，结果走了捷径，只练了九阴白骨爪和白蟒鞭，武功修为还不如五十多岁的俞莲舟。
灭绝当了掌门没几天，明教教主阳顶天打听到风陵师太去世，派杨逍前来吊唁，并且提出切磋武功。此时峨眉派武功最高的就是孤鸿子，孤鸿子义不容辞接受了挑战。杨逍虽然也是十五六岁年纪，但是已经在江湖上声名鹊起，据说昆仑派掌门白鹿子就是被他打死的。因此灭绝很不放心，想手持倚天剑给孤鸿子掠阵，但是孤鸿子心高气傲，拒绝了。峨眉派的门人人人心高气傲，很可能跟郭襄的性格有关系，这就叫企业文化吧，与武当派的谦和退让形成鲜明对比。孤鸿子最后借了灭绝师太的倚天剑挑战杨逍，被杨逍打的口吐鲜血，还奚落了一番，孤鸿子归山途中病死，倚天剑落到了官府手中，献给了元朝皇帝，元朝皇帝又赐给了汝阳王。
师姐被杀，倚天剑被抢，灭绝唯二的依仗一下全没了，她感到前所未有的恐慌，明白峨眉派已经到了生死存亡的危急关头。她迅速认清了形势，做了三条决策。
第一，低调做人。张翠山一家三口从冰火岛回来，峨眉派弟子前来打探谢逊下落，被俞莲舟击退，俞莲舟叹道：“峨嵋派门规极严，派中又大多是女弟子。灭绝师太自来不许女弟子们随便行走江湖。”圣人云，穷则独善其身，达则兼济天下。郭襄时期的峨眉派意气风发，十年间混成了江湖第二大派（当时张三丰还没有创建武当派），仅次于少林派。弟子们走哪儿都有人给面子。现在一代不如一代，就得夹起尾巴做人了。形成鲜明对比的是武当派风头正盛，武当七侠每年都要下山干掉几个黑道大佬，调解武林人物的矛盾纷争，宣扬武当匡扶正义的名声。俞岱岩就是干掉黑道大佬归途被天鹰教殷野王和殷素素暗算的。为了避免为怨结仇，灭绝下令，峨眉派弟子不经她的允许，不能随便下山。
第二，与武当结盟。张三丰七十岁创建武当派。张无忌十五岁时灭绝师太四十五岁，张三丰一百零五岁。灭绝师太十五岁继承掌门之位，也就在这一年，张三丰创建了武当派。武当初创，急需盟友，张三丰于是给灭绝写信，说他少年之时曾受过峨嵋派祖师郭襄女侠的好处，希望能与峨眉派结盟，以保昔年香火之情。峨眉衰落，也急需盟友，两派一拍即合。从此峨眉武当成为共进共退的亲密伙伴。有张三丰撑腰，许多试图与峨眉派为难的江湖人物也就得掂量掂量自己的分量了。
第三，闭门研究大杀器。俗话说得好，白道黑道无间道，统统都怕不上道。如果碰到一个神经病比如谢逊那样的，不讲江湖规矩，满大街杀人，有一天杀到峨眉山来，总得有个应对，不能成为待宰的羔羊。于是灭绝师太伙同众徒弟精心研制，搞出一个大杀器，就是后来在屠狮大会上令群雄惊悚的霹雳雷火弹。霹雳雷火弹为西域大食国人研发的暗器，中藏烈性火药，以强力弹簧机括发射，其威力不比现在的榴弹枪小，任你武功再高，也难逃一死。这些火器由灭绝得意弟子静迦师太保管使用。当然了灭绝研发的霹雳雷火弹应该是西域雷火弹的改良版，因为郭襄号称小东邪，她的外公老东邪专门研究奇技淫巧，年轻时闯荡天下，到西域跟大食国人学习了霹雳雷火弹的制作方法，后来告诉了郭襄。郭襄创派之后，为了弥补本派武功不能速成的短板，就把制作雷火弹的方法写下来，与倚天剑一样成为不传之秘。灭绝当了掌门，为了维持峨眉派不倒，派静迦等人将雷火弹投入了生产，防患于未然。
不得不佩服灭绝师太还是真有两把刷子的。