1949年，中国的政治形势已经发生了翻天覆地的变化，国民党的统治权已经不是用摇摇欲坠来形容了，而是还能苟延残喘几日的问题了。当中共领导人指挥和率领着它的军队以及各类部队在中国大陆高歌猛进，夺取一个又一个地区政权，并开始进行当代中国最伟大的社会变革-新民主主义革命之时。
政权建设的新问题，新矛盾开始凸显。即，那些曾经作为为解放全中国而付出艰辛，在硝烟后从事艰苦卓绝的隐蔽战线斗争的中共潜伏组织（地下党）和成员中，究竟可证明的有多少，功有多大，浑水摸鱼的又有几何？（在下曾撰文专门叙述过，详翻前篇）
在农村，中共通过土改，基本可完成了甄别工作，而在建设新中国的重要内容，城市管理中，“进城干部”和地下党组织的关系就尤为重要。而其中，让厘清隐蔽战线组织关系更为复杂的是，国民党特务机构在中国几个重大城市的溃逃前夕，曾进行了最后的疯狂屠杀，又掺入了大量潜伏人员，造成了良莠掺杂。尤以华东（以上海，南京为代表），四川地区和福建地区等为重灾区。
土改中丈量土地
因此，为了完善从隐蔽到公开，从活动到执政的中共党群关系，中共决定下大力气开始进行各地整顿原隐蔽组织的工作，其核心大致可分为整顿与组织清理两方面
思想整顿，即组织原隐蔽战线组织成员进行系统的思想学习和政治训练。首先肯定其过去坚持在白区（国统区）红色斗争的成绩，另一面着重教育其认识整顿隐蔽战线原组织架构和成员的必要性，为进行相关的组织清理工作进行思想动员。
建国初的肃特反特
历史告诉我们，进入解放战争后期，全国胜利已经在望，各地隐蔽组织活动都十分活跃，在工运、学运、帮运，军运以及各类政、军，经情报等工作上做出了杰出贡献。但终于迎来了解放，原来隐蔽战线各个系统的成员（主要人员）却有相当多部分很多并未在新的地区党政领导机关中担任领导职务，且还要在继续工作的同时，普遍接受政治审查和组织整顿。很多原潜伏的隐蔽战线党员为此想不通。鉴于此，做好思想动员和引导工作，显得更为迫切。
解放战争时期西南局第一书记
1949年9月17日，邓（小平）在南京市党支部书记及军队排以上干部党员大会上就作动员说：南京的会师工作做得不好，主要责任应由外来的同志负责。但南京地下党组织中亦有若干或个别同志，在思想认识上有不妥当和错误之处。如有南京工委某同志，轻视解放军在解放南京时所起的作用，夸大南京地下党的作用。这是不合乎事实的，不能将南京2000多名地下党员的功绩放在几百万解放大军之上。还有某位地下党员，直到现在还在宣扬马克思和耶稣的道理是一样的。对这些党员必须进行严格的政治思想教育。中共中央华东局承认南京地下党在过去取得的成绩，“但是，南京地下党也一定要承认南京党的大发展是在淮海战役之后，其时蒋介石要倒台已成定局，人党的份子动机不一、成分复杂，如果不承认这一点，南京党就不能成为一个结实的党，有战斗力的党"。为此，必须对南京地下党的组织进行整理，“要精细、要稳步，特别要从加强教育着手"。
革命夫妇，沙文汉，陈修良二位革命老前辈
南京作为首批试点的隐蔽战线整顿单位开始了甄别、整理和审查。而作为解放前最后一任南京市委书记陈修良老前辈余生对此颇多感慨。的确，南京的中共隐蔽组织领导机构在历史上曾经八次遭到摧毁性的破坏，而陈修良老前辈从妇女运动走上革命道路，历经了国际情报小组、中共江南地区隐蔽斗争领导等，又正是在国民党最为疯狂的时候，毅然只身入狼窝。领导了南京地区在解放战争中，国民党“心脏”地区的群众运动，情报策反，统战宣传等艰苦卓绝的隐蔽斗争。其丈夫沙文汉老前辈也是一位中共在上海的高级领导（情报、统战），可以说，为战争时期，中共在江南地区的火中保存，斗争发展立下了不世之功。南京解放后，老前辈对属下的待遇等向上级呼吁反应。
新中国南京市第二任市委书记粟裕
按照华东局相关指示要求，邓（小平）的讲话精神，解放后的南京首届市委决定对南京原有隐蔽战线组织进行全面的组织整顿，并为着做好这项工作，组织原全体地下党员进行系统的思想学习，学习文件包括：
1.毛泽东的《反对自由主义》
2.党章
3.中央文件《关于增强党性的决定》
4.邓（小平）所作《论 “忠诚与老实'》的报告等。
南京市委要求：“老干部要帮助新干部” “学习上不要教条主义 “要与自己斗争历史组织观念相结合，与自己的非无产阶级意识很好的对照"。须认识到，“思想弄通了，会师问题才可以解决，会师不好是因为思想问题未统一，对问题的认识不一致，只有思想高度的统一，才能使行动与工作统一”
1949年9月27日，南京市委专门发出指示说：为做好对南京原有地下党组织的组织整理工作，市委定于次月巧日召开本市第一次党代表会议。为做好召开此次会议的准备工作，现时各单位党组织即要按照市委指定学习教材，有计划地进行普遍与深人的思想教育，使党员均能“认真掌握与适当运用批评与自我批评的武器"，做好组织整顿工作的思想准备。
1949开国大典
与此同时，推进了关于审查清理工作，虽有隐蔽战线干部和党员自身检查（书写革命经历，含证明人），群众在相对的一定程度的参与（如鼓励群众提供线索、情报等），总的来说还是由党内组成专门机构来进行。由于解放不久，各个地区镇反和肃清敌特的形势依然十分严峻，审查清理工作进行得十分严格、审慎（今天可以说，有些地区甚至有些极左），和大张旗鼓进行的想整顿工作相比，一个在明，一个在暗。
1949年9月9日，华中（中南）局即发出通知，指出各地原有隐蔽战线组织和游击区党组织存在严重不纯现象，“不仅混进了各种投机分子和大批的自首分子及掉队者与逃亡分子，甚至还有些异己分子和敌特人员"。华中解放后，这些人员已散布于城乡广大基层组织，潜在的危险很大。为此，通知要求对原地下党和游击区党组织成员进行系统、全面的政治审查和组织清理：
一，对业已发现的各类坏分子，即应坚决清洗之，除罪大恶极者外，一般不交群众直接处理。
二，对所有自首分子，应即开始考察其自首经过及情节轻重程度，而后分别做相应处理。考察期间其党籍一律不得恢复。对问题比较严重者应暂停其工作，交由各地委集中审查。
三，对一切历史不清人员，如行军过程中掉队的，部队转移时开小差的，因种种原因与党组织失去联系的，丢失组织关系的，等等，即应进行组织清理，查清其历史，弄清其面目。凡在现时工作中表现良好，且暂未发现有任何历史问题的，均可采取在职审查办法，其余一律暂停其工作集中审查。
根据此通知指示，中南地区审查清理原隐蔽战线和原游击区党组织的工作，综合各地情况，做出了具体整理办法：
1.召集原地下党组织负责干部进行训练，从训练中大体了解各系统历史、特点，初步鉴别党员的真伪，并区分党群。
2.由各当地党委组织部门与原地下党负责人配合进行整理工作，首先划清敌我界限，清洗掉敌特分子及以党名义进行破坏活动的敌特组织；继而区别党群界限，划出以党名义活动的群众组织，对其中特别优秀者可个别吸收人党；而后对党员进行一般性审查。
3.由各县、区委建立整党委员会，吸收地下党原负责干部参加，由县委组织部将原地下党材料统一登记后转给区委的整党委员会，在此基础上再多方收集党员材料，了解党员在解放前后的工作表现，由区整委会分别作出相应处理意见，交县委组织部批准。
华中（中南）、华东等以此展开了有步骤的审查清理工作。而华北等全国其他地区，或因本是老解放区比较集中的地区，或因虽是新解放区但历史上隐蔽战线建党和其他活动开展不多，因而政治审查任务相对来说要轻松许多，较早开始了公开党支部的工作。
北平，改造龙须沟
像北平（北京）在1949年6月底、7月初即进行了公开了组织的工作，“使地下党员学会公开进行工作和民主的作风" “以改善党与群众的关系，加强党与群众的联系"。
在最初的审查清理工作的目的是，主要是对党员政治身份的审查，并于此基础上将敌特分子、历史上变节分子清理出去，同时亦将非党群众组织划出去。但这只是对隐蔽战线组织及人员的初步整顿，于此基础上展开的公开党组织的工作，在更大程度上与更大规模上鼓励群众参与，将原各地下党支部的组织与人员状况公开，极其注意参照群众意见对党员的思想作风状况做出审查意见，对党员进行相应的组织处理。这是对隐蔽战线组织及人员的进一步整顿。
1949年，解放军进军中南（桂林地区）
1950年12月25日，中南局《关于严肃处理原地下党及游击区党的指示》指出：现时开始，各地整顿地下党的工作必须要与公开党组织的工作结合起来进行，“过去党一直未在群众面前公开，一经公开，则这种联系（即党群联系）程度如何，即更易发现，更能考验出党过去的工作和党员的表现。所以，在整顿党的组织时，必须广泛地征求群众的意见，及时公开"。须认识到，“任何脱离实际运动，关门整党，孤立地从组织上审查，都不会收到很好的效果的"
1950年7月11日，华东局扩大会议也强调：“经验证明：公开党是整顿党与审查党员的最好方法之一，亦是教育党员与提高党员的最有效办法之一。关于今后整理与审查党员的工作，除结合当前的中心任务与全党的整风学习运动之外，在尚未公开党的地区应认真地运用公开党的方法来进行整顿党的组织与审查党员。”
如此，整顿隐蔽战线组织和人员的各项工作，一直持续到1951年。可以说，这项工作从整体上来说，是卓有成效的，对肃清敌特、整顿社会治安等，起到了相当大的重要作用，对建国初，中共执政的形象有着良好的推进作用。
解放后，上海隐蔽战线领导成员合影
但此项工作并未真正结束，我们在今天很多的历史上，也不无遗憾的看出，由于新中国治理环境的复杂，敌我斗争的延续，国内外形势的多变。在这样的整理整顿工作中，给今天留下了不少思考。扩大化的存在，根据地（军队）干部和城市（隐蔽战线）干部的生活态度和思想的矛盾碰撞（谁都有功臣思想）等，几年后，在情报战线一次地震（饶潘杨事件）。对不少隐蔽战线的人员（尤以隐蔽战线系统中情报保卫统战系统为重）的再次认定，有着很多年的误解和错误评定。
为有牺牲多壮志，每一个无名者的委屈都成为了新中国一块“坚实的，却最被忽视”的基石。