明初朱元璋大兴冤狱，每次行刑后朱元璋都会询问监斩官，是否有人咒骂他。在监斩丞相李善长还有侯爷陆仲亨等人后，监斩官向朱元璋汇报李善长遗言后，朱元璋叹息道：“把他孙女留下吧。”
李善长可是跟随朱元璋白手起家的谋士之一，在朱元璋还在郭子兴手下的时候，他就在朱元璋身边出谋划策。当时朱元璋因遭到郭子兴的猜忌，被关进大牢，差点被活活饿死。
但是朱元璋的妻子，也就是后来的马皇后，她正是郭子兴最爱的养女。马氏恳求郭子兴能放过朱元璋，并打下保票。郭子兴一时心软，知道这个朱元璋基本是除不掉了，便决定趁着还没有放朱元璋出来的时候，将他身边的人都笼络到身边来。
首先想到的就是谋士李善长。找来李善长表示可以委任给他比朱元璋位置更高的官职，让他来到自己的起义军中效命。李善长深知郭子兴此举就是要将朱元璋身边人全部笼络过去，让朱元璋出来后也无人可用。
然李善长并没有直接拒绝，而是表现的很含糊，而是想要考虑一下。此举李善长就是想要拖点时间，等马氏救出朱元璋就好说了。
这期间，李善长经常在郭子兴面前替朱元璋求情。再加上养女马氏的求情，郭子兴也就决定还是放了朱元璋吧。经过这一劫后的朱元璋也安分了许多，不像之前那么张扬了，对待李善长更是十分器重。
一直到建立明朝初年，李善长更是被朱元璋册封为明朝第一位左丞相，一时间李善长是位高权重，朱元璋还将自己的女儿都许配给了李家，李善长更是成为了名副其实的皇亲国戚。
起初就算有人弹劾李善长，朱元璋都不会放在眼里。不过随着朱元璋年龄的增长，开始面临为太子朱标铺好上位路。但对于曾跟随自己一步步打上来的功臣们，朱元璋担心太子不会压住他们，所以便决定对这些功臣们下手。
首先除掉的就是与刘伯温并列的谋臣胡惟庸，他是接任李善长成为明朝第二位左丞相一职的。只因有传闻胡惟庸家中出现异象，没有向朱元璋禀报，再加上胡惟庸擅自处死了一名马夫。朱元璋便以“擅权植党”罪将胡惟庸全家都给抄了。
然朱元璋给扣上的植党罪名，必然代表着胡惟庸还有很多党羽。导致此案件审理长达10年之久，直接受牵连的被处死的就是三万多人。就在胡惟庸被处死后的十年后，已经步入暮年76岁的李善长也被以“胡党”的罪名，全家抄斩。
还有数位与朱元璋一起打天下的武将，全部被朱元璋扣上“胡党”罪名一同斩首。刑场上也是为朱元璋立过许多战功的武将陆仲亨大喊道：“朱元璋，兄弟们替你打天下，出生入死，你今天卸磨杀驴，无情无义，不得好终。”
此刻也被押在刑场上的李善长说到：“仲亨不要骂皇上，今天的皇上乃是天下豪杰之首，这些都是天意，杀我们的头没错，就算我是皇帝，我也会如此做的。”随后，刽子手喝了口酒，喷在刀刃上，将李善长、陆仲亨等五位功臣全部斩首。
随后监斩官回到宫中，朱元璋问道：“这些人，临死的时候都说什么了？”监斩官将李善长临终时喊出的话学了一遍之后，朱元璋刹那间流下眼泪说道：“把他孙女留下吧。”就这样，李善长全家七十多口人全部被朱元璋抄斩，只留下一条血脉。
有民史传：“朱元璋留下的这个李善长的孙女，也是朱元璋许配给李家儿子所生下的女孩，也就是朱元璋的皇外孙女。”
《明史》中也记载：“朱元璋的女儿为李家生下了两个孩子，分别叫李芳，李茂，全被留了下来。”可以确定的是，李家的确留下了血脉，不过具体是留下了谁，就无法得知了。