装盆后的处理
最科学的处理方法是将牡丹枝条半平岔，即在每个枝条的顶芽下5至15厘米处将枝条剪去，标准是要确保剪断后的枝条上至少有两个以上侧芽。剪下的枝条可以作为接穗进行嫁接繁殖。
这样做的原因是，刚刚盆栽的牡丹，半年内一般不会生出太多新根，而第二年开春后，每个枝条上的顶芽会迅速生长、形成花蕾、然后开花。这个过程需要消耗大量的营养，而因为刚盆栽的牡丹新根较少，不能从基质中及时汲取足够的营养，只好大量消耗根部储存的养分。这样开花后2至3年内，盆栽牡丹的新根系生长和新花芽的发育都大大受到影响，甚至导致不开花。因此，去掉顶芽后，牡丹第一年不开花，便有足够的营养和时间生出足够多的新根系，确保以后无论是反季节生产还是正常生产，年年都能正常开花。
盆栽后，不对枝条进行任何修剪，直接用于当年的年宵花生产，即春节前让其开花。这种生产方式会导致牡丹在夏天逐渐死亡，即使活下来的也没有商品价值，因为刚刚盆栽的牡丹，还没有生出良好的新根系，而老根上的营养在随后的花芽生长、开花过程中几乎被消耗殆尽。
盆栽后，将其放置在向阳背风处，第二年开花时直接销售牡丹盆花，这种方式也会有一部分牡丹在夏天逐渐死亡。可在花蕾萌动后，去掉一部分花蕾（保留叶片），只留约一半花蕾继续生长至开花，并在夏天来临时将其放置到阴凉处，以便降低水分蒸腾。这些措施可确保大部分牡丹存活，并保持一定的商品价值。
蒌栽牡丹是将牡丹栽种于四周和底部都透气的塑料蒌中，比如四周带孔的垃圾筐，然后再在大田挖坑种到大田里。与盆栽方式相比，这种栽培方式的优势有以下几点：蒌栽牡丹所用的塑料蒌透气性好，不积水，牡丹根能更好地伸展和吸收养分，加快牡丹苗的生长，缩短育苗周期；蒌栽牡丹移栽方便快捷，节省人工，移栽成本低。
基本养护
光照管理
牡丹花喜光，但怕暴晒，炎热夏季的高温常常会灼伤叶片。再加上盆栽牡丹的根系吸水能力受到限制，所以夏季一定要适当遮阴，一般上午10点到下午4点用遮阳网予以遮盖，中午要严禁暴晒。春、秋两季，要将其摆放于背风向阳的地方，充分接受阳光。
水分管理
牡丹总体上喜干燥，但不要误以为牡丹耐旱，只不过是不要让土壤中水的饱和度过高，否则其肉质根容易腐烂，所以给牡丹浇水的原则是“勤浇水、但每次浇水的量都要少”，特别是盆栽牡丹更是要勤浇、少浇。夏季气温较高时，更要适当增加浇水次数。秋季浇水要适当减少，以防诱发花芽提前萌动，影响第二年的开花。冬季进入休眠后，盆土不干就基本上不用浇水。
施肥管理
牡丹喜肥，要注意适时追肥。对新上盆的牡丹，半年内一般不再施肥，盆土配制时加入的基肥就基本可满足其生长需要。追肥一般是在半年后开始，一年追肥2至3次为宜，主要是春季花蕾成长阶段，花开完后和秋季施肥。施用传统有机肥就可以，可以施入盆土中，也可以浇水时一并施入液态有机肥。
病虫害管理
叶部疾病主要是灰霉病和叶斑病，以春天发芽时喷施杀菌剂预防为主。一旦发生上述病害，及时去除病枝，可用1%波尔多液、70%甲基托布津1000倍液、65%代森锌500倍液或50%氯硝铵1000倍液，每隔10至15天喷一次，连续喷2至5次。
根部疾病主要是根结线虫、蛴螬和根腐病。根腐病主要是因水分和湿度过大，引发镰刀菌和蜜环菌复合感染引起。预防措施是：在种植前，用可湿性甲基托布津600至800倍液和1000倍的甲基异柳磷混合液，浸泡牡丹根5至10分钟再种植。对已经种植后发病的牡丹，可用上述药液灌根或者浇水时一同施入。防治蛴螬时，可将甲基异柳磷施入花盆中。对于线虫，可用10％克线磷颗粒剂，或40%甲基异柳磷800倍液，或3%甲基异柳磷颗粒剂，或涕灭威，或磷化铝片施入花盆中。