不同於 Windows 系統和 macOS 系統單一的桌面系統，Linux 系統以自由開放、多樣性著稱，用戶可以嘗試各種不同的桌面系統，並找到最適合他們的選擇。不過對一些 Linux 新手來說，選擇太多意味著選擇困難，畢竟嘗試各個桌面系統是非常耗時且累人的任務。
為了幫助 Linux 新手們克服「選擇焦慮症」，本文介紹了常用的 Linux 桌面系統以及它們的優缺點。
GNOME 是 Linux 發行版中最流行的桌面系統之一，Gnome 包含了 Panel （用來啟動此程式和顯示目前的狀態）、桌面（應用程式和資料放置的地方）及一系列的標準桌面工具和應用程式，並且能讓各個應用程式都能正常地運作。Gnome 應用廣泛，許多流行的 Linux 發行版都將 GNOME 用作默認桌面環境，包括 Debian、Fedora 和 openSUSE 等。
GNOME 計劃 是 1997 年 8 月由 Miguel de Icaza 和 Federico Mena 發起，目前由志願貢獻者和受僱貢獻者組成的 GNOME 計劃開發，其最大的公司貢獻者為紅帽（Red Hat）公司。與其說 GNOME 是桌面系統，GNOME 更是一個桌面系統開發框架，基於 glib、GTK 等開發工具包，開發者可以高效地開發風格統一的用戶端軟體及圖形應用。
GNOME 包含了現代桌面應用的方方面面：包括 Nautilus 文件管理器、rhythmbox 音樂播放器、totem 視頻播放器、gedit 文本編輯器，還包括郵件客戶端 evolution、圖形處理軟體 GIMP 等。GNOME 被設計為易於使用、對新手友好，可通過圖形介面設置選項、定製介面。最新版本 GNOME 3 具有現代，介面美觀，引人入勝。
GNOME 3 的缺點是體積龐大，圖形介面過於繁雜，消耗大量內存。
KDE 是另一款相當流行的 Linux 桌面系統，被稱為最接近 Windows 介面的 Linux 桌面系統，包括介面布局、開始菜單、主題風格都與 Windows 相似，因此對熟悉 Windows 的用戶很有親切感。多個國家的政府部門 KDE 軟體用戶，興建位於瑞士的大型強子對撞機也使用 KDE 軟體。
KDE 始於德國人 Matthias Ettrich 於 1996 年就讀蒂賓根大學的一個計劃。當時，他憂心於 Unix 桌面沒有一個程序外觀、感受和工作方式和其他程序一樣。他建議不僅是建立一套應用程式，而是一個桌面環境，用戶可以得到統一的外觀、感受和工作方式，並希望這個桌面易於使用及更人性化。
Mathias Ettrich 選擇使用 Qt 程式庫開發 KDE 桌面系統，Qt 提供框架和眾多功能，使應用程式更容易編寫，並提供 KDE 桌面環境的一致性。1998年7月，KDE 1.0 發布。之後 KDE 2發布，提出了重大技術改進。KDE 2 和 KDE 3 之間的 API 變化較少，KDE 3 可以被看作延續 KDE 2。KDE 4 則包含了許多新技術的變化。KDE Plasma 5 則提供更現代化，更乾淨的視覺和交互式用戶體驗。
同 GNOME 類似，KDE 是一個龐大的項目，官方提供了許多圖形應用程式以滿足人們日常使用，包括文件管理器 Dolphin、郵件客戶端 KMail、文本編輯器 Kate、視頻播放器 KMPlayer、音樂播放器 Amarok 等。
人們曾經對 KDE 的穩定性有所抱怨，不過這幾年 KDE 穩定性已提高很多。另一個不足是 KDE 的某些組件設計的過於複雜，難以使用。
XFCE 是一個輕量級的桌面環境，建立在 GTK 基礎之上，被廣泛的運用於各種 UNIX / Linux 發行版中。XFCE 非常小巧、輕便、高效，運行程序很快，對於一些比較老舊的機器、或是很少內存的機器是理想選擇。以 XFCE 作為預設桌面的發行版有 Xubuntu 和 Manjaro 等。
XFCE 融合了 UNIX 開發哲學中的「模塊化」和「可重用性」的重要的思想。XFCE 包含了許多組件，這些組件可以單獨安裝，也可以應用於其他桌面環境。用戶還可以選擇 GNOME 等相關軟體，按照自己的需求，定製出與眾不同的桌面環境。
XFCE 是一個簡單並易於使用的桌面環境，其包括主面板、菜單、快捷方式和應用啟動器，並集成窗口管理器、文件管理器（Thunar）、聲音管理器，介面和主題可以配置。XFCE 最新版本為 4.14，於 2019 年 8 月 11 日發行。
LXDE，全名為 Lightweight X11 Desktop Environment，旨在提供全新輕量、快速的桌面環境，可在 Unix 以及如 Linux、BSD 等 POSIX 相容平台上運行。LXDE 的主要開發者來自台灣，包括名為 PCMan 的著名開源程序設計者洪任諭。
不同於 Linux 的其他桌面環境，LXDE 組件依賴性極少，大多數組件可以獨立運作，無需倚賴其它組件。LXDE 使用 OpenBox 作為其預設窗口管理器，並且希望能夠提供建立在互相獨立組件上的輕量級快速桌面環境。相較於功能強大與伴隨而來的體積膨脹、占用資源，LXDE 更重視實用性和輕巧性，並且盡力降低其所耗的系統資源。雖然 XFCE 已足夠輕巧，但 LXDE 更勝一籌。
LXDE 的組件包括 PCManFM 文件管理器、LXLauncher 程序啟動器、LXTerminal 終端、Leafpad 文字編輯器、Xarchiver 壓縮管理器等。
LXDE 的缺點是介面比較簡陋，不夠精美。
MATE 是一個 Linux 桌面系統，基於已經停止維護的 GNOME 2 代碼庫開發，可看作 GNOME 2 的延續，為最新的應用提供經典的桌面體驗。由於 GNOME 3 在介面上激進變動，不再採用經典的 GNOME 2 桌面環境，而採用了建立在 GNOME Shell 之上的全新接口，這遭到了 Linux 社區一些人的批評。許多用戶拒絕使用新的 GNOME，並呼籲人們繼續開發維護 GNOME 2。因此一些開發者創建一個 GNOME 的衍生桌面環境，維持 GNOME 2 的傳統風格，同時支持最新的 Linux 技術，例如 GTK 3。
除了改名為 MATE，一些 GNOME 程序也已經成功移植：
在 GNOME 3 之前，GNOME 是根據傳統的桌面比擬（Desktop Metaphor）而設計，到了 GNOME 3便被 GNOME Shell 所取代，它改革了 GNOME 桌面環境的操作，包括窗口管理、應用程式啟動和工作空間管理的方式，這些改變引來了廣泛的質疑。
不同於 Mate 基於 GNOME 2 開發，Linux Mint 團隊則以開發「Mint GNOME Shell Extensions」一系列基於 GNOME 3 上的插件，這些插件使 GNOME 3 的介面變回傳統介面，以此回應業界的批評。最後，Linux Mint 決定從 GNOME 3 的源碼派生另外一個桌面環境，命名為 Cinnamon。
之後還將介紹 平鋪式 桌面環境，歡迎關注。