科學與哲學是人類社會發展的產物，同時科學與哲學的發展也推動了人類社會的進步。由於科學與哲學的目的是一致的：都是為了認識世界並改造世界，所以無論是科學的方法論還是哲學的方法論，其始終脫離不了兩個方面：一個方面是思維方法論，另一個方面就是實踐方法論。思維方法和實踐方法是人存在於自然界中的載體，是人們認識世界和改造世界起著決定性的系統方法。
什麼是方法論？方法論就是關於人們認識世界和改造世界的方法的理論，它是人們用什麼樣的方式、方法來觀察事物和處理問題。概括地說，世界觀主要說明世界「是什麼」的問題，方法論主要說明「怎麼辦」的問題。方法論是一種以解決問題為目標的理論體系或系統，通常涉及對問題階段、任務、工具、方法技巧的論述。方法論會對一系列具體的方法進行分析研究、系統總結並最終提出較為一般性的原則，方法論是普遍適用於各門具體社會科學並起指導作用的範疇、原則、理論、方法和手段的總和。
思維方法是人們通過思維活動為了實現特定思維目的所憑藉的途徑、手段或辦法，也就是思維過程中所運用的工具和手段。思維方法是由諸層次、諸要素構成的繁雜系統，是思維方式具體而集中的體現。按其作用範圍的不同，可以把思維方法分為三大層次：一般性的思維方法、共同性的思維方法和特有性的思維方法。任何思維方法都是主觀性和客觀性的辯證統一。其辯證關係具體表現在：其一，思維方法始終是客觀事物之間的關係和規律的反映；其二，思維方法的發展受到社會實踐的規模和水平、實踐方式的發展程度等客觀條件的制約，並隨著社會歷史實踐的發展而發展；其三，思維方法的選擇和評價具有客觀性，這種客觀性在於思維方法的運用性，即思維方法是否與認識對象和實踐對象相一致、相適應。
思維活動是一個由多種因素構成的動態系統，思維對象、思維主體和思維方法是思維活動中最基本和最主要的三個要素。思維對象是思維活動的原材料；思維主體是具有認識能力及相應思維結構的人；思維方法是思維主體對思維對象進行加工製作的方式、工具和手段。在思維活動中，思維方法具有十分重要的作用，它構成了思維主體和思維對象發生聯繫的中介和橋樑。沒有正確的思維方法，人們的思維活動就不能順利進行並取得成功。
思維方法包括邏輯思維（而邏輯思維包括抽象與概括、分析與綜合、歸納與演繹、對比、原因與結果等）、系統思維、唯物辯證、陰陽思維、流程判定、創新思維、發散與收斂、聯想思維、多角度思維、側向思維、U型思維、思維補充等。
實踐方法是人們通過實踐活動為了達成特定實踐目的所憑藉的途徑、手段或辦法，或者說是實踐過程中所運用的工具和手段，實踐方法是為實踐目的而服務的。就如水稻的種植這一實踐勞動，人們為了獲得食物的需求，並且為了取得一個好的收成，亦或為了畝產量的提高這些特定的實踐目的而進行播種勞作，而雜交水稻的栽培和種植對於畝產量的提升起到了很好的效果，才使得這種實踐方法在水稻種植中脫穎而出。實踐方法是人們在實踐活動的過程中，經過反覆的試驗、糾錯和論證而取得的方法，這種方法既區別于思維方法，又區別於實踐操作。實踐方法是由多環節、多要素構成的複雜系統，是實踐活動中具體而集中的呈現。按照其適用範圍的不同，可以將實踐方法分為三個方面：一般的實踐方法、共同的實踐方法和特殊的實踐方法。任何實踐方法都是主觀能動性和客觀存在性的辯證統一，其辯證關係具體表現在：其一，實踐方法歸根到底是客觀存在事物之間的關係和規律的反映；其二，實踐方法的發展受到社會整體綜合水平和規模、實踐活動的深入發展程序等客觀條件的制約，並隨著社會歷史實踐進程的發展而發展；其三，實踐方法的選擇、評判和運用具有客觀性，這種客觀性在於實踐方法的適用性，也就是實踐方法是否與存在對象和實踐對象相一致、相適應。
實踐活動是人類的物質生產活動，是人們能動地改造和探索世界的一切社會的客觀的物質活動，是在認識了自然規律以後，在勞動者的頭腦中形成內在尺度之後才進行的。內在尺度既反應了對象的內部規律，又體現了人類改造利用對象願望和要求，體現了人類生活勞動的需求和目的性，體現了人的本質力量。實踐發揮創造作用貫穿著主體客體化與客體主體化，實踐是由實踐主體、實踐客體和實踐手段三個方面構成。主體是指處於一定歷史條件和社會關係中從事實踐活動和思維活動的個人或社會團體；客體是指主體在實踐活動中所指向的對象。主體對客體有能動作用，客體對主體有制約作用。主體客體化指人通過實踐使自己的本質力量轉化為對象物，即主體通過對象性活動向客體的滲透和轉化，也就是主體對象化。客體主體化指客體從客觀對象的存在形式轉化為主體生命結構的因素或主體本質力量的因素，客體失去對象化的形式，變成主體的一部分。
實踐方法包括實踐邏輯、實踐架構、實踐步驟、實踐途徑和實踐創新等。實踐邏輯是對實踐過程中存在的諸多問題進行邏輯處理並予以解決；實踐架構是指實踐過程中的上層建築或實踐分工；實踐步驟是在實踐過程中各環節、各要素循序漸進的具體呈現；實踐途徑是指對實踐步驟在實踐過程中各環節、各要素的審視檢查、反省糾錯、分析研究和系統總結；實踐創新是指實踐過程中所涉及到的創新方式和方案。根據實踐活動的三種基本形式來劃分可以分為生產實踐方法、處理社會關係的實踐方法和科學實驗的實踐方法。生產實踐方法是處理人和自然的關係，解決人同自然界矛盾的一種實踐方法，它是這三種基本形式中最基本、一般常見的實踐方法；處理社會關係的實踐方法最主要、最基本的就是要調整和變革與生產力不相適應的生產關係，從而促進生產力的發展和社會進步而系統總結出來的實踐方法；科學實驗的實踐方法對於實驗的成功與否具有非常重要的作用。
思維方法和實踐方法是相互聯繫、相互依存、相互補充、相輔相成的。思維方法和實踐方法都應明確指向一種結果，當實踐方法行不通或者出現錯誤的時候，可以審視思維方法是否存在什麼問題，並進行糾錯，當思維方法沒有涉及到的具體事情，可以通過在實踐過程中發現問題，並對思維方法進行補充。有人會說，實踐方法其實就是思維方法，是思維方法的分支，因為人的實踐活動都是受思維意識支配的，而方法的構思更加離不開大腦的思維。明確地說思維方法和實踐方法有它們的共性，但是思維方法不能涵蓋所有的實踐方法。就如解一道數學題，通過思維方法可以羅列出多種解題思路，並可以得到同一答案，但是你不採用實踐方法，不去運用最簡便最快捷的解題方法解題，並得出答案，你的一切思維方法在解題中都是惘然，因為你沒有解題過程，並得出結果，所以此題只能是零分。事半功倍和事倍功半就是實踐方法在實踐過程中鮮明的對比。說通俗一些，實踐方法實際就是實事求是的踐行方法，也就是必須按照實事求是的原則，把握切實可行的方法，從而進行實踐活動。再如我們經常提到的「團結就是力量」，特別是在戰爭年代，人與人之間的團結可以解決很多分歧，甚至非常突出的問題。在抗日戰爭時期，作為每個中國人都可以用思維方法想到團結這一點，但是如果沒有個人或團體站出來，採取切實可行的實踐方法，進行國共兩黨和談磋商，並聯合起廣大的中國人民，擱置爭議、一致對外、共同抗日，又怎麼能夠打敗日本帝國主義，將日本侵略者趕出中國呢？真正的團結不是靠思維方法就能夠達成的，而是要靠實踐方法在實踐活動過程中才能夠達成的。
從歷史的維度來看待科學的發展進程，思維方法和實踐方法起著決定性的作用。就如世界公認的中國古代四大發明，那時候根本不存在唯物辯證法，可是造紙術、印刷術、指南針和火藥被中國古代勞動人民發明出來了，這些發明是中國古代勞動人民智慧的結晶—思維方法，同時也是中國古代勞動人民勤勤懇懇的實幹結果—實踐方法。在1820年，奧斯特成功地完成了通電導線能使磁針偏轉的試驗後，不少科學家進行了進一步的研究，既然電能產生磁，那麼磁能不能產生電呢？這樣磁生電的思維方法便形成了。著名科學家安培就是這些研究者中的一個，他實驗的方式很多，但犯了根本性的錯誤，實驗均告失敗。這說明安培的實踐方法存在問題卻沒有去反省糾錯，同時也說明磁生電的實踐方法存在一定的難度，需要在實驗過程中反覆推敲求證，找到切實可行的實踐方法。在同一時期英國物理學家法拉第自1821年就開始了磁生電的研究，他用磁鐵與銅線圈做實驗，經過無數次失敗，但他絲毫沒有氣餒，直到1831年，法拉第終於發現了變化磁場能夠在封閉電路中產生電動勢，就是著名的電磁感應現象，並發明了歷史上第一台圓盤發電機。愛迪生髮明電燈泡時，嘗試了上千種材料之後，才找到了鎢絲。當然這與愛迪生努力堅韌的科學精神是分不開的，只有通過不斷地實驗去總結實踐方法，才能找到金屬絲燃燒時耐高溫的特性，而且最持久的是鎢絲。從這些舉例中，可以明顯的看出，科學的發展過程中實踐方法甚至比思維方法更加重要。
縱觀古今中外哲學思想的發展，思維方法和實踐方法同樣起著決定性的作用。就從馬克思和恩格斯創立的馬克思主義哲學談起，它是批判地總結、繼承全部哲學優秀思想成果的結晶，其直接的哲學理論來源則是德國古典哲學，其中特別是黑格爾哲學中的辯證法和費爾巴哈哲學中的唯物主義，黑格爾是系統提出辯證法思想的第一人，費爾巴哈的唯物主義也堪稱馬克思以前唯物主義發展的最高水平。馬克思主義認識論把辯證法運用於反映論，揭示了人類的認識是從實踐到認識，從認識到實踐的過程；是實踐，認識，再實踐，再認識，循環往復以至無窮的前進發展過程。由於馬克思和恩格斯所處時代的局限性，他們到死也沒有看到自己理想中的社會主義是什麼樣子，所以就無法提出具體的社會主義的實踐方法。毛澤東的《實踐論》就是總結了多次運用思維方法和實踐方法所取得的勝利成果以及革命隊伍中教條主義所造成的負面影響這些正反面材料而編寫的代表著作，有調查才有發言權，有經歷才有充分的論據和論證。正面材料如：建立革命根據地、以農村包圍城市、四渡赤水、游擊戰、麻雀戰等這些實踐方法。新時期中國特色社會主義的發展取得了舉世矚目的成就，無論是脫貧摘帽，還是科技、經濟和軍事等綜合國力的發展，都取得了很大的進步，這些都並非是一蹴而就的，而是在實踐過程中不斷地摸索調研、汲取教訓、總結經驗、開拓進取，從而形成了具有中國特色社會主義發展的思維方法和實踐方法。
提出科學與哲學的方法論到底有何意義和作用?這裡在前面提到「實踐方法」的基礎上再引入一個新詞—「變實」。何為「變實」？意思就是把個人、家庭、國家或整個人類社會的理想變為實際存在的東西，或者說把理想變為現實。就如一個高中生希望考上夢寐以求的大學，很多家庭渴望奔小康，我們國家期待的「中國夢」，人類嚮往的共產主義社會，還有實現星際探索、星際開發、星際運輸、星際移民、星際通訊、星際旅遊等等，這些不僅需要有思維方法，更重要的是還需要有實踐方法，如何去「變實」—使理想變為現實？這便是提出科學與哲學方法論的意義和作用所在。
這裡提出科學與哲學的方法論，特別是第一次提出「實踐方法」和「變實」，希望能夠對今後科學和哲學的發展起到一定的指導和推動作用。