說起李世民這個皇帝，大家的感情還是比較矛盾的。他雖然施政業績不錯，但上位的過程，卻是相當的血腥和殘暴，在歷代名君中是絕無僅有人。手慈手軟絕對不是他的風格，而殺伐果斷才是他的標籤，然而他當上皇帝之後，對於秦瓊等手握兵權的重臣，卻很是厚待，並沒有殺掉，這究竟是為何呢？
從秦瓊的角度來看，他確實是真的有病在身。在演義中，在這一方面並沒有避諱。作為軍中主帥，他經常會大病不起。這一方面是他此前征戰所留下來的舊傷，另一方面則是這位左武衛大將軍的身體素質確實不佳，等到李世民當上皇帝之後，他更是逢人必說，經常抱病在床，很少出來活動。
其實對於這樣一個歷經大小戰鬥200餘陣的將軍來說，他身上的病未免不是實情，但他三番五次這樣對外人訴說，目的無非只有一個，就是想讓皇帝知道，此前他身上的那些戰場經歷，早已成為了過去時！說白了，他就是想讓皇帝知道，他現在就是安分守己，七百戶的俸祿很不錯了！臣子如此乖巧懂事，皇帝又怎麼會起殺心呢？不過相關專家表示，除此之外，還有四大原因。
第一，就是對於皇帝來說，他們根本構不成什麼威脅。要知道除了這些瓦崗英雄以外，李世民自己也有很多的勢力。換句話說，秦瓊等將軍的官職看似唬人，但實際上並沒有什麼實際權利，這是一個非常重要的原因。他們的位高權重，只是表面上的，皇帝自然就不會防範他們了。
第二，當時唐帝國周邊的形勢也不允許。李世民這個人很有雄才偉略，他上位後仍然在對外發動戰爭（突厥、高句麗甚至吐蕃），再加上國內還有相應的叛亂，正值用人之際，皇帝怎麼會對那些將軍自相踐踏呢？其實從秦瓊此外鮮有出現在戰場便可知道，他確實是病的不輕。
第三，這些將軍完全被皇帝掌控在手裡。即使像李靖這樣獨自領軍作戰的大唐戰神，他每次打仗回來，第一時間要做的事，就是找皇帝交回兵權。對於秦瓊這些將軍來說，他們自然也都是如此。對於皇帝來說，他們不過就是殺人利器而已，刀柄完全掌握在自己手裡，又怎麼會殺掉他們呢？
第四，秦瓊還有一些特殊之處。按照演義中的說法，他在幫助李世民翦滅群雄的過程中，可以說是立下了赫赫戰功。然而在關鍵的玄武門，他卻表現得患得患失，沒有堅決地站在李世民的陣營裡面。為此儘管他的畫像也在凌煙閣里，但排名卻相當的尷尬，可見皇帝對他也不甚放在心上，自然也不會殺他了。
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