企業和員工之間達成協議， 由企業承擔員工工資的個稅，該部分由企業負擔的個人所得稅企業是否可以扣除？
答：按照《國家稅務總局關於僱主為雇員承擔全年一次性獎金部分稅款有關個人所得稅計算方法問題的公告》（國家稅務總局公告 2011 年第 28 號） 第四條的規定，「僱主為雇員負擔的個人所得稅款， 應屬於個人工資薪金的一部分。凡單獨作為企業管理費列支的， 在計算企業所得稅時不得稅前扣除。」
因此企業承擔員工工資的個稅， 通過「應付職工薪酬」 科目核算的， 屬於工資薪金的一部分， 可以從稅前扣除；未通過「應付職工薪酬」 科目核算，單獨計入管理費的不得從稅前扣除。
什麼意思？
大家看看這種圖就明白了。
僱主為雇員負擔的個人所得稅款， 應屬於個人工資薪金的一部分，是應發工資的一部分。
在帳務處理上
1、 工資的結轉
這部分直接按照人力資源部門的工資表入帳。工資表我們都見過，如下圖，我自己弄的一個最簡單的，方便寫分錄，當然企業裡面工資條會很細，但是都可以歸類到這些上面。
這裡的應發合計就是公司承擔的職工人工成本中個人的部分，但是這裡的應發合計和職工到手的還有差異，因為公司還要幫你代扣代繳個人承擔的社保公積金，個人所得稅。
結轉成本費用，這裡全部入管理費用，當然根據職工所屬部門會入到其他科目，比如銷售費用，製造費用等，文章只是簡便列示。
借：管理費用-工資（一般科目設置不會那麼全面，把各種補貼和加班費金額都放到工資）
管理費用-獎金
貸：應付職工薪酬-工資
應付職工薪酬-獎金
應付職工薪酬-補貼
2、發放工資
發放工資的時候企業要代扣各種保險和個稅，這部分通過其他應付款、應交稅費來先掛，實際支付社保局和稅務局的時候截平。
借：應付職工薪酬-工資
應付職工薪酬-獎金
應付職工薪酬-補貼
貸：其他應付款-養老保險
其他應付款-醫療保險
其他應付-失業保險
其他應付款-住房公積金
應交稅費-應交個人所得稅
銀行存款
這個分錄，銀行存款實際支付的金額就是我們職工卡裡面每個月能收到的錢了。
然後你從上面的分錄也可以看出，個人所得稅是工資的一部分，是計入了應付職工薪酬工資的，這個當然可以稅前扣除了。
當然如果你不作為工資核算，應發工資就是實發工資，然後又單獨承擔個稅，這部分計入了管理費用，未通過「應付職工薪酬」 科目核算，那其實在所得稅上認為這是負擔了不該企業負擔的支出，那就不允許稅前扣除了。