兆惠一路苦鬥，上演了勝利大逃亡，奇蹟般地從伊犁突圍，回到了巴里坤。乾隆聞訊龍顏大悅，大為嘉獎，升任兆惠為新疆前線統帥。但沒想到的是，因為天花損失慘重的準噶爾人，恰恰又是因為天花再次發動了叛亂。這是怎麼回事呢？
01天花對準噶爾人的雙重影響
其實原因很簡單，當一個地方突然發生了天花，所有人都會爭著向首領彙報，因為首領是人際關係的網絡中心，所以最容易被傳染到，自然他的老婆兒子之類，也一個都跑不了，最終免不了全家一起掛掉。首領全家一死，合法繼承人空缺，於是剩下的人紛紛爭做老大，自然而然烽煙四起。
所以天花帶來的大量死亡，雖然導致蒙古準噶爾人大量死亡，但同時也使得原有的社會結構完全崩潰，倖存下來的人不斷地發生爭權奪利，進而引發不斷的叛亂，這才是問題的根源。
說到這裡，問題來了，為何天花把蒙古準噶爾人折騰得死去活來，可是同在一地的清軍，卻一直平安無事呢？
02清軍為何不怕天花？
這事說來話長。因為幾乎人類所有的主要傳染病，中國人都最早經歷過。比如秦始皇派兵南下，征服百越的時候，就把瘧疾，霍亂，天花帶回了中原，漢武帝北伐匈奴的時候，又把黑死病請回了內地。霍去病為什麼20多歲就死了？原因就是感染了黑死病，學名叫作鼠疫。
可是在我們的印象中，這些疾病，好像對中國帶來的危害，並不是很大，沒有像天花，把整個美洲90%的原住民消滅了，黑死病也幹掉了歐洲1/3的人。這首先要感謝中原王朝，一直執行的是中央集權制度，所以在遇到這些問題的時候，總能迅速找出最強有力的對策。比如漢武帝的時候，由於鼠疫被北伐的士兵，傳入了中原，在邊境城市開始流行，人員大量死亡，當地官員報告給中央以後，漢武帝馬上就派太醫和官員前去調查。
雖然那時候的醫學水平，非常落後，但是他們可以嘗試各種方法，來解決問題。什么喝符水，跳大神，吃草藥，隔離病人等等，他們可以嘗試所有能想到的辦法，最後發現隔離很有效。一旦找到了方法，中央王朝會迅速地部署，很快就把鼠疫給控制住了。後來清朝前期，對於天花也找到了行之有效的預防措施——種痘。
那麼清朝人是如何掌握這種技術的呢？這就得從乾隆的爺爺康熙說起了。
03康熙如何應對天花
話說天花這類疾病，現如今多數人都比較陌生了，可能只在影視作品中聽過。歷史上 ，明清時期的天花肆虐，曾造成大量人口死亡，甚至對清初的施政也產生了嚴重影響。據《清宮檔案揭秘》記載，清朝入關後十位皇帝中，順治、同治直接死於天花，康熙與咸豐雖然僥倖從天花的魔爪下撿回性命，臉上卻留下了麻子。(當然，死於天花的兩位皇帝在死因上存在爭議，本文暫無意涉及，但正史檔案記載至少證明死於天花並不罕見)。所以咱們現在看到的康熙畫像都是經過畫師美化過的。
清初統治者備受天花的困擾，努爾哈赤次子禮親王代善，有3個兒子死於天花，努爾哈赤第十二子英郡王阿濟格，為出過天花獲得免疫力者，但他的兩個妻妾，均於順治六年(1649)三月北京城發生的那場天花中感染而亡。努爾哈赤第十五子豫親王多鐸，也於順治六年三月天花流行時染病，被奪去生命，時年36歲。
對於入關之初的滿族人來說，天花幾乎就是絕症。當時滿人畏痘如虎，流行之時，只會消極躲避，但天花卻防不勝防，消極躲避者大多仍未能幸免於難。天花流行造成清初八旗人丁的死亡率高得驚人。順治皇帝，生有八子六女，大約有皇子四人、皇女五人沒活到八歲前就死亡了，比例超過半數。造成嬰幼兒大量死亡的原因，主要是疾病，而天花則名列殺手之首。
康熙皇帝對「天花」更是深有感觸，童年一直籠罩在天花的陰影之下。據《聖祖廷訓格言》記載，康熙在其晚年曾說：「朕幼年時未經出痘，令保姆護視於紫禁城外，父母膝下未得一日承歡，此朕六十年來抱歉之處。」從中可以看出，由於天花出宮「避痘」，可以說長期得不到父母之愛。偏偏兩歲那年，他仍然沒有躲過痘魔的侵害，所幸保住了性命。躲過天花的災難之後，幼年康熙搬回了紫禁城，但天花的陰影仍時時籠罩在他的周圍。
康熙繼位後，北方的天花陣勢已經減弱，南方一些傳統的痘疫苗法也逐漸傳到北方。民間種痘法最早起源於明朝隆慶年間。一般有兩種方法，旱苗法和水苗法。旱苗法就是取天花者的痘痂研成細末，加上樟腦冰片等吹入種痘者鼻中；水苗法就是將患者痘痂加入人乳或水，用棉簽蘸上，塞入種痘者的鼻中。這兩種方法的大概思路都是讓種痘的人先患上輕度的天花，出過疹子後精心護理，直至病症消失，就相當於已經得過天花了。
康熙十七年(1678)十一月，5歲的二阿哥皇太子胤礽被傳染天花，當時有個候選知縣叫傅為格，在侍奉皇太子、調理治痘方面很有些成績，因此被升為武昌通判。此時康熙帝了解到，小孩種痘可免遭此病，便下令調善於此術的傅為格入京，專門給尚未出過天花的皇子種痘。在康熙的倡導推動之下，清朝天花防治開始走向科學化與系統化的道路。他在太醫院下專門設立了痘診科，並在普天之下廣徵名醫。北京城內還設有專門的「查痘章京」，負責八旗防痘事宜。
康熙帝晚年時曾對諸皇子說：國初，人多畏出痘，至朕得種痘方，諸子女及爾等子女皆以種痘得無恙。(雍正《庭訓格言》)也就是說，自康熙二十年之後，他的皇子皇孫們，都曾種過痘。不過當時種痘並不能保證百分之百的成功率，如果遇到種痘未成功的，依然會有死於天花的風險。
由於康熙皇帝對種痘的推行，北方以及中原一帶的天花病症得到了一定程度的遏制。康熙以後的皇帝，對種痘術還是比較推崇的，到了乾隆年間，此技術已較為成熟。清宮醫案中留下了大量太醫院痘醫為皇家子女種痘的全過程，從中可以看出，當時種痘技術的複雜性與風險性。
而當時文明比大清落後一大截的準噶爾人又如何懂得這項技術？所以面對天花病毒的侵襲，只能是束手無策了。除此之外，準噶爾人之所以難逃天花魔爪，和他們普遍信仰喇嘛教，廟宇眾多關係很大。感興趣的朋友不妨參閱拙作（面對準噶爾汗國的強勢擴張，乾隆為何能輕鬆獲勝？決定因素是什麼），此處不再贅述。
說完這個問題後，咱們再來看看清廷是如何應對準噶爾的再次叛亂的。因為後勤運輸困難，每次清朝大軍平定準噶爾叛亂後，只能馬上撤退，沒曾想準噶爾人立馬降而復叛，使得乾隆大為震怒，前線的將領們更是早已失去了耐心，準備大開殺戒，這都為後來的屠殺埋下了伏筆。
此時挑動上一次叛亂的阿睦爾薩那，早已經沒有了任何影響力，一直在四處躲藏。現在這些接二連三發生的叛亂，其實和他半毛錢關係也沒有。準噶爾人在北疆的大規模叛亂，其實更多的是出自各部落的自發行為，並沒有統一組織。倒是南疆的小和卓霍集占心懷異志已久，見到北疆重新陷入戰亂之中，已經在蠢蠢欲動，隨時準備發動叛亂了。對於兵力有限的清軍來說，無法同時兼顧兩個方向，孰先孰後，必須慎重選擇。由此乾隆和兆惠之間就戰略方向的選擇問題，發生了意見分歧。這是怎麼回事呢？清軍接下來如何平叛呢？