囊山早在唐宋之時，就已聞名海內外，尤其這座千年古剎--囊山慈壽寺，已躋身為我省14座全國重點保護寺廟之一。位於囊山南麓的囊山寺，是妙應祖師於唐中和元年(公元881年)創建的，歷史悠久 ，迄今已有1138年了。
囊山寺，初名延福寺，五代時易名為慈壽寺，俗稱囊山寺，香火鼎盛時，僧人達千人，妙應祖師常為僧人授課。自唐代以來，寺院屢有毀建。1984年囊山寺進行重新修建，建有山門、天王殿、鐘鼓樓、大雄寶殿、法堂、藏經閣、禪堂等。
唐末著名詩人黃滔，北宋名臣蔡襄，南宋狀元黃公度，宋代詩人郭祥正，詩人余越游、鄭良士，南宋著名思想家朱熹，明代狀元、文學家柯潛等，他們暢遊囊山寺時，都揮毫題詩和石刻，這給後人留下豐富的文化財富。
在寺廟裡可以看到三口大鐵鍋，這倒有段特殊的歷史。嘉慶年間，莆田遭遇倭寇燒殺搶掠，囊山寺也被燒毀，唯獨這三口大鐵鍋得以倖存，據說拿這三口大鐵鍋做飯要用到鐵鍬，一個鍋一次能做100斤的飯菜。囊山寺在香火鼎盛時期，有上前僧人，拿這三口鍋做飯應該足夠供應上千人的伙食了。
嘉靖四十一年（1562年），倭寇火燒囊山寺，攻陷興化府，燒殺淫掠，囊山寺除三口大鐵鼎外，一物不存。寺內這些文物雖然殘缺不完整，卻是珍貴異常。
大石槽刻有「無咎」兩字，下刻「熙寧歲在已酉十二月謹題」。此物系是宋熙寧間（1069年）所造，至今也已近千年了。
九十年代後，寺院缺乏良好管理，寺僧文化水平較低，典賣寺產，戒律鬆弛。當地善信禮請常昊法師入住囊山。
現寺院茶室移至「香積」堂，經常昊法師一番拾掇，漸顯禪意。天井處一盆朴樹，枝繁葉茂。
檐間懸一錐形銅爐，可焚倒流香。樑上掛一匾額，書「香積」二字。
香積堂內藏品甚豐，字畫、木匾、銅爐、天井、榕樹...一物一景都是禪意，那棵浮躁的心也隨之沉澱。
囊山寺唐井系妙應祖師打造,井水經科學檢測分析,為製作礦泉水標準水質。
寂靜園園如其名，園裡的假山、翠竹、匾額、石雕、粉牆和古樹錯落分布，漫步園中，很有意境。
莆田二十四景之「古囊峢巘」，囊是古人臥榻上的靠墊，叫隱囊。古囊峢巘，就是說山上的石頭像隱囊一樣摞起來，連綿不斷。
囊山寺是福建省著名古剎，在東南亞佛教界也有一定影響，是莆田四大叢林之一。
囊山寺文化底蘊及其深厚，千百年來作為官方古驛道宿站，曾留下許多文人詩篇和摩崖石刻，只可惜八十年代開山炸石，保存完好的摩崖石刻僅存幾座。
觀音殿右側一宋代石刻，記載了宋代福建兩位官員為貫徹熙寧新法，特地到莆田考察水利工程的史實。
囊山寺曾為古驛道宿站，當年朱熹赴同安上任時，曾住在寺內。朱熹有詩曰：「曉發漁溪驛，暮宿囊山寺。雲海近蒼茫，溪山擁清翠。行役倦修程，投閒聊一憩。不學塔中仙，前途定何事。」
古時「囊山曉月」為莆陽美景之一，故而就有了林有恆「山間明月」等題記。