講到戰國的忍者，最有名的就屬伊賀和甲賀兩大忍者流派。
伊賀派發源於現今三重縣北部，甲賀派則起源於滋賀縣南部。兩個流派都位於鈴鹿南北邊的偏僻山區，據說這地區自古以來山賊橫行。
歷史上兩派的關係很近，常常互有通婚。除了伊賀和甲賀外，戰國各大名也有培養自己的忍者村，風魔、戶隱、羽黑、透波、根來等。一、伊賀忍者
伊賀忍者原來是由東大寺領國，本來是提供東大寺木材以及生活資源的領民，為了籌集物資，常常入侵到別的領地略奪資源。久而久之，逐漸壯大起來，而東大寺也失去對對村子的控制力。
後來南北朝分裂時，協助南朝後醍醐天皇對抗足利幕府軍隊，獲得官方認可，不過在戰國時代，伊賀忍者曾經對抗織田信長，被其大肆追殺，為了逃離織田信長的追殺，伊賀忍者四散到日本全國各地，成為各國諸侯的密探。
二、甲賀忍者
甲賀忍者是源自於古代山中的修道者，這些人在修練的過程中為了鍛鍊體力以及精神力，因而發展出了獨特的武術、醫術以及催眠術等技能。在南北朝分裂時，這些甲賀者立下戰功，逐漸發展成為諸侯的諜報部隊。
甲賀和伊賀有一個最大不同，甲賀自始至終效忠同一個主人，這和伊賀忍者拿錢辦事是不一樣的。三、透波忍者
武田信玄使用的忍者叫做透波，主要活躍于山梨縣、長野縣一帶，內部分成間見、見方、目付三職，因此叫做三者。最早三者主要是由武田家的飯富虎昌、甘利虎泰及板垣信方各自統帥10人從事諜報、謀略及監察等工作。
武田信玄在上田原之戰失敗後，重視到情報重要性而重新整頓編制，打扮成僧侶或商人監視其他大名的動向以及兵力、城防的情況，信玄活用其組織，不僅要它們搜集資訊，也派他們廣發謠言與散播假情報，多次使敵人掉入陷阱，主要特色是活用狼煙。
四、軒轅忍者
軒轅是上杉謙信的忍者眾，另有猿忍的稱呼，活動在今新瀉縣及富山縣等地，她們熟悉山地地形，常偽裝成商人、山伏、僧侶潛入各國搜集情報。與武田忍者集團只要是為搜集情報不同，軒猿忍者以戰場先遣隊為主要工作，先遣隊的意思就是擊殺敵軍忍者，為自己軍隊肅清耳目，保證部隊安全。
武田信玄臨終前立有遺囑，死後三年密不發喪，而信玄死後僅過了十三天，上杉謙信就已獲悉其死訊，在這些猿忍眼中，北越七國的領地界線好似形同虛設。據傳現代富士山中的一些藥行商人，就是那些軒猿的後代。五、風魔
風魔忍者從北條早雲時代開始，就跟隨了北條家五代，他們只受僱於北條家，為足柄山中的忍者集團。其領頭者代代都名為風魔小太郎，風魔專長是使用特殊騎馬術，活躍於北條的奇襲部隊。
小田原之役之後，北條氏滅亡，德川家康取得天下後，轉身成為盜賊在江戶引起騷動。遭風魔黨對立的甲州流透破頭領高坂甚內密報，家康懸賞逮捕五代目・風魔小太郎，之後處刑，風魔一族自此滅亡。六、黑脛巾組
黑脛巾組是伊達政宗所籌組的忍者組織，根據《伊達秘鑒》的紀錄，黑脛巾組是伊達政宗命令信夫郡得鳥屋城主安部重定籌組，成員是由鄰近的出羽三山的苦行者挑選招募。
《老人伝聞記》記載黑脛巾組後期按照仙台藩的地利位置，分設南、北、佐沼、石卷、本吉南方、氣仙及本吉北方六個組，主要的任務是遊走全國從事諜報任務、製造流言、敵後騷擾以及新占領地的治安警戒但是江戶時代初期並沒有相關情報，多數記載是突然出現在江戶中期有關伊達家的軍記或文獻里，因此也被懷疑是個虛構組織。
除了以上幾個，還有諸多忍者流派，不過不管哪個流派上推鼻祖，都會跟伊賀和甲賀兩派有關。而在文獻上最早的忍者是聖德太子旁邊的大伴細，但他到底是伊賀還是甲賀的始祖，就不清楚了。