到了13世紀的元朝，元世祖忽必烈定都在大都（今北京），全國政治、經濟中心移到這裡。在洛陽拐了一個大彎子的隋代大運河，呈「彎弓形」，就顯得不是很直暢。1289年，元世祖忽必烈在下令開鑿會通河。這條河北始臨清，南到東平路（今山東境內）的安山。又從北京到通縣間開了一條通惠河，與原有的舊河道溝通。這樣一來，由北京直下杭州，就可以不繞道洛陽。加上隋朝開掘的部分河道由於年久淤塞，未加清理，逐漸廢棄了。元朝開鑿的運河較隋朝大運河大幅度東移，採取「棄弓走弦」的線路連通北京和杭州。如此走勢，全長只有1794公里，比隋大運河縮短近800公里。這就是我們現在所看到的大運河。
隋朝和元朝對大運河的整治開發，主要是為了更便於對人民進行軍事統治，運兵運糧進行戰爭，加強對人民財富特別是糧食的掠奪，以及為了封建帝王個人的遊樂。但是，運河的通航，對於發展農業生產，對於物資交流和文化交流，對於促進沿河城市的經濟繁榮，也有很多好處。就漕糧運輸來說，通過水道，比旱路來得經濟，而且運輸量也大，可以節省很多人力、畜力。1292年，大運河實現全線貫通後，大運河成為元朝乃至大運河歷史上最理想的縱向水上線路。據史載，當時僅從大運河北調的南糧，還不算由它串聯的五大河系的部分，就達全國總稅糧的六分之五。明初，每年從東南運糧米就最高達到五百萬石，興建北京城使用的建材就是依靠運河運輸的，北京故宮太和殿的龍柱、鋪地的金磚都是通過運河運來的。大運河幾乎成為惟一的南糧北運的水路通道，大運河實際上成為明王朝的生命線。從元代到清朝光緒年間，京杭大運河一直是我國南北交通的大動脈，通過大運河運輸的糧食以及其它物資，不計其數。
大運河不僅是一條南北水運大動脈，而且在中國歷史上的政治、經濟、軍事、文化等方面，都發生過重要的影響，推動了社會歷史的發展。大運河的開通，改變了中國的地理環境，形成了一個南北東西全方位的大水網，兩岸日漸繁榮，「城以河興」，許多城鎮由此新建及擴張，如楚州（今淮安）、揚州、蘇州、杭州，都是當時全國富庶的郡縣，城市的擴大與繁華，有力地促進了經濟文化的繁榮與發展。伴隨著大運河南北漕運的興起，在大運河沿岸興起了22座繁華的都市。有一種說法，先有潭柘寺，後有北京城，而大運河對北京來說，可以叫做「沒有大運河，就沒有北京城。」
從隋代到清朝中期，大運河伴隨著漕運，走過了千年輝煌，又將如何呢？請看下文《大運河漕運興衰之三：弊端重重 漕運終受阻》，原文刊於《文史春秋》，歡迎歡迎關注微信公眾號：NJHFHHH，在旅行中感觸歷史）