干擾素治療後的病人
干擾素治療有效的病例少數可能復發。治療只有部分效應的病人，可發生炎症加重，但也可以出現後續效應而病情恢復。
「大三陽」的病人獲得綜合效應(e抗原轉陰、HBV DNA檢不出、肝功能正常)而停藥後1年內須每3個月複查一次，1年後每6個月複查一次谷丙轉氨酶。
「小三陽」的病人感染的是變異的B肝病毒，常會復發。停藥時HBV DNA已不能檢出者，須每3個月複查一次谷丙轉氨酶和HBV DNA。
治療無效的病人應每1～2個月檢查一次谷丙轉氨酶，必要時檢查病毒定量，考慮再次治療。
所有有效的病人須每年檢查表面抗原半定量，以追蹤表面抗原何時消失而獲得痊癒。
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核苷類藥治療後的病人
核苷類藥治療有較好的初期效應，長期維持治療(只要不發生耐藥變異)可以有維持效應。核苷類藥停藥後多數會復發，長期進行定期複查非常必要。
停藥後大多數只是復發;其中有的病人會復發加重，尤其在肝硬化病人，可能發生災難性的後果。復發加重的發生率各種藥物不同，停藥的病人必需警惕!
停藥時e抗原仍陽性的病人，可能很快病情再活動，需要每個月檢查谷丙轉氨酶。
停藥時如e抗原已經轉陰，而e抗體尚未轉陽者，常在半年內復發。半年內需要每個月檢查谷丙轉氨酶，以後可減少檢查次數。
停藥時e抗原消失並出現e抗體者(即轉為「小三陽」)，如當即停藥，多數也在半年內復發。如繼續治療2年後停藥，停藥1年內約有30%復發;其餘可能在5年內陸續復發;較少數的病人可以穩定不復發，個別病人甚至s抗原(HBsAg)消失而痊癒。