當菜農購買稻殼糞等干糞後，應像糞肥中加入足量的水，讓糞肥濕透，然後按照底寬1.5-2米，上部寬1.2-1.5米，高度1-1.2米建堆，堆的長度不限，然後在堆的頂部使用直徑為6-8厘米的木棒打孔，並且要深到堆底，間隔20-25厘米打一個通氣孔，在糞堆頂部打6-7行通氣孔，這主要是為了保證糞肥在發酵時有充足的氧氣供應，然後覆蓋舊薄膜，進行提溫發酵。
在糞肥發酵時，菜農要注意使用溫度計插到糞表層20厘米以下的測溫，將糞堆的溫度維持60℃左右，維持1-2天時間即進行翻堆。翻堆時將糞堆外層的糞肥翻到糞堆裡邊，將裡層的糞肥翻到外邊，同時還要注意上層的糞肥與下層的糞肥交換位置，然後再次建堆發酵，並注意為糞肥補充水分，這樣經過3-4次的翻堆之後，當糞肥無臭味時表明糞肥發酵腐熟完全，菜農可以放心使用。
在發酵時要注意，糞堆的溫度60-70℃，濕度40%-80%之間，保持1月翻一次的頻率，以防高溫將糞肥中的微生物殺死，嚴重時還會產生悶堆現象，導致發酵失敗。
當糞肥發酵腐熟好時，即可放心使用。當前市面上有很多液體發酵生物菌，如果配合這種生物菌發酵，會大大縮短髮酵時間，而且發酵的更加充分。具體方法很簡單：在翻堆的時候將發酵菌噴施到干糞表面即可。