造成寶寶偏食的原因多種多樣，有可能是遺傳導致的個體差異，也可能是寶寶生長發育處於特殊階段，還可能是後天的喂養體驗或教養環境等導致。
其中，遺傳因素是指寶寶的味覺敏感度或感知覺功能存在個體差異，對苦味敏感度較低的寶寶容易接受更多的蔬菜和水果。寶寶在不同成長階段的飲食喜好也不同，消化功能尚未發育完全的話，胃口自然也不好。再就是後天的環境，如幼兒時期喂養體驗，過早添加輔食或非母乳喂養均可能使寶寶偏食。
而最為大家熟知的偏食原因，應該是教養環境。俗話說，「偏食都是慣出來的」。可見，父母的喂養風格、飲食偏好會影響寶寶進食習慣。
此外，寶寶在1歲之後進入第一反抗期、家長的嬌慣、疾病原因、藥物副作用、吃飯過程中訓斥孩子等也會造就寶寶偏食。
父母的行為是寶寶偏食的重要原因
用餐時父母的行為是造成寶寶偏食的重要原因：如沒有制定規律的用餐時間表；對寶寶的食量期待過高；用餐時間沒有避免電視或遊戲的打攪；自身就有不健康的飲食習慣；也許呈現某種食物10次以上寶寶就接受了，但對寶寶的「恐新」行為沒有足夠的耐心；烹飪雖然健康但種類不夠豐富的飲食；通過勸說、獎勵或強制手段，結果適得其反……
事實上，父母對寶寶的飲食習慣養成至關重要，尤其是母親，平時母親喂養比較多，如果母親根據自己的喜好來決定寶寶的飲食，就會造成寶寶挑食、偏食。
另外，溺愛或在別人面前挑剔寶寶的偏食行為，會讓他/她產生逆反心理，從而使偏食更加嚴重。
偏食造成寶寶營養素缺乏
膳食必需由穀類、動物肉類、奶類、豆類、蔬菜水果類共同組成，如豬肝是維生素A和優質鐵的主要來源，不吃豬肝可能會引起維生素A的缺乏和缺鐵性貧血。蔬菜是維生素、礦物質、膳食纖維的主要來源，不吃蔬菜會導致維生素、礦物質、膳食維的缺乏。
兒童因偏食而引起的營養素缺乏會影響其正常生長發育，導致細胞損傷、免疫功能減弱、出現消化問題。
而且，如果孩子在兒童期攝入蔬菜水果不足而沒有被干預，將會造成其成年後會繼續不健康的飲食習慣，並且營養素攝入不足。
偏食影響寶寶的身體發育
偏食行為可能導致肉類、蔬菜水果類、總脂肪、能量和蛋白質攝入不足，而這類膳食攝入不足會導致相應的營養素缺失，進而影響正常生長發育如體格、視力、抵抗力。
正常生長發育的標準如下：寶寶1-2歲期間，身高平均增長12cm，體重增長2-3kg；2歲之後直至青春期，每年身高增長6-8cm，體重每年增長2kg。
如果寶寶存在偏食，就容易身高和體重無法達標。臨床研究證實，長期偏食可能對兒童的體格發育產生不利影響：4.5歲偏食兒童體重偏低的發生率是不偏食者2倍。
偏食影響寶寶的智力及心理發育
偏食所導致的營養缺失除了影響正常身體發育外，還影響認知等智力發育。臨床研究證實，偏食可能對兒童的智力發育產生不利影響：偏食兒童智力發育指數顯著比非偏食兒童低14分。
此外，儘管偏食只是飲食行為，但長期下去會對兒童的心理和行為產生影響，因為無論是挑食還是偏食，都是一種較絕對的行為，都會在心理和行為上產生反應，這種反應可能是對事物過分絕對的認識、絕對的態度以及絕對的行為。表現在心理和行為上為「喜歡的就沒個夠，不喜歡的就不占邊」。這些結果反過來會增加父母的心理壓力，甚至影響家庭關係。