1937年盧溝橋事變後，北京大學撤離北平，周作人沒有同行，與孟森、馬裕藻、馮祖荀等「留平教授」一道受校長委託看守校產。可能周作人自己也沒有料到，這次留平竟然改變了他的後半生。
新年的槍聲
1939年元旦上午，周作人的學生沈啟無來八道灣11號周宅拜年，師生正在在西屋客廳里談話時，一自稱是其弟子的李姓客人求見，來人被請進客廳後突然向周作人開槍。據周作人自己回憶：「只見一個人進來，沒有看清他的面貌，只說一聲『你是周先生嗎？』便是一手槍。我覺得左腹有點疼痛，卻並不跌倒。那時客人（指沈啟無）站了起來說道，『我是客』，這人卻不理他，對他也是一槍，客人應聲仆地。那人從容出門，我也趕緊從北門退歸內室。沈啟無已經起立，也跟了進來。這時候，聽見外面槍聲三四響，如放鞭炮相似。原來徐田（周宅僕人）以前當過偵緝隊的差使，懂得一點方法，在門背後等那人出來跟在後面，一把把他攔腰抱住，捏槍的手兜在衣袋裡，一面叫人來幫他拿下那凶人的武器。其時因為是陽曆新年，門房裡的人很多，有近地的車夫也來閒談。大家正在忙亂不知所措。不料刺客有一個助手，看他好久不出來，知道事情不妙，便進來協助，開槍數響，那人遂得脫逃；而幫忙的車夫卻有數人受傷，張三傷重即死，小方肩背為槍彈平面所穿過。」
周作人（左）與魯迅
周作人極為幸運，子彈恰好射中其毛衣銅扣，一點傷也沒有。來拜訪老師的沈啟無彈中左肩，療養一天半即出院，也無大礙。沈啟無是周作人在燕京大學的學生，原名沈楊，與俞平伯、廢名、江紹原一道同為周作人的「四大弟子」。周作人附逆後，他也一直追隨左右，任偽北大中文系主任等職。
事後據周作人透露，遇刺後聽到一些傳言，說沈啟無受傷是為了保護周作人，當時的一些報刊都刊出了同樣的消息。沈啟無還將這些報紙寄給周作人，暗示老師公開承認此事。在周作人看來，沈啟無的這些無中生有之舉無非是為了抬高自己的名望和身價，他對此頗不以為然，甚至有些厭惡。後來周作人不僅將報紙寄還沈啟無，並且還在報上發表聲明，說明當時保護自己的是車夫和僕人，沈啟無雖然同在現場，但未行保護之責，反而站起來聲明，「我是客」。沈啟無受傷，只是被「無故連累」，「殃及池魚」而已。
師生之間從此有了隔閡，後來兩人又因在日本人面前爭寵，相互攻擊。最後周作人公開聲明與沈啟無斷絕師生關係，並將沈啟無停薪停職，逐出北大，這也算是周作人遇刺事件中的一段小插曲和餘波。
周作人的辯解
遇刺的當天下午,周作人即被日本憲兵隊找去問話，第二天,警察署便派便衣三人進駐八道灣11號院護衛,周作人外出也總有一人隨從。是保護也就是監視？不得而知。
按周作人自己的說法，刺殺案是日本特務所為，自己之所以下水也是因為此事的威嚇。
據《周作人年譜》記述， 1939年1月2日，也就是遇刺事件發生的次日，周作人的浙江同鄉、偽北京大學秘書長錢稻孫來訪，奉命勸說周作人接受偽北大圖書館館長一職；1月7日，周作人往訪錢稻孫，表示接受館長之聘，這是周作人正式接受的第一個偽職，也就是他落水附逆的起點；1月12日，周作人在日記中寫道:「下午收北大聘書，仍是關於圖書館事,而事實上不能不當。」那麼,為什麼「事實上不能不當」？周作人日記所表達的意思很清楚，不投日就別要命。
1939年8月1日，周作人出任偽北京大學文學院院長。1940年12月19日，在汪偽中央政治委員會31次會議上，正式通過了「特派周作人為華北政務委員會委員，並指定為常務委員兼教育總署督辦」一案，1941年元旦，周作人接到汪精衛簽署的偽南京政府委任狀，此時距他遇刺整整兩年。
周作人的觀點被一些研究者採納，認為「行刺周作人的只可能是日本特務」，理由是：「一、周作人當了燕大的客座教授，拒絕了其他文化單位的一切聘請，這當然觸怒了敵偽；二、刺客大模大樣坐汽車來，也只可能是日本特務；三、周作人經常往來於去燕京大學的路上。如在路上行刺，比到他家裡行刺簡單方便得多，但考慮到路上行刺，人們容易聯想到燕大任教上去。為了不使人生疑，才特地上周作人家行刺。而這樣的巧安排，恰恰說明了是日本特務乾的；四、周作人被刺後，日本憲兵一開始就對他採取惡意的態度。接著日軍就派來三個偵緝隊員住在周作人家裡，外出時總有一個跟著，連周作人出門的自由也被剝奪了，也不可能再去上課。這實際上是逼迫周作人就範。」
然而早在此事發生之前的1938年2月9日，周作人就在北平參加了由日本大阪每日新聞社召集的、有著日本軍方背景的「更生中國文化建設座談會」，其從逆之意從那時起就已初露端倪。1938年5月5日，武漢文化界抗敵協會通電全國文化界，對周作人做了嚴厲的譴責，並直接以「漢奸」呼之：「請緣鳴鼓而攻之,聲明周作人、錢稻孫及其它參與所謂『更生中國文化建設座談會』諸漢奸，應即驅逐我文化界之外，藉示精神制裁。」由此可見，周作人並不是受1939年元旦刺殺事件逼迫而落水，其實他早有此意，參加「更生中國文化建設座談會」一事就是明證。
戰後被審判待的周作人
周作人對遇刺事件一直耿耿於懷，直到晚年這還是他最大的一塊心病。1961年8月23日，周作人給《光明日報》「東風」副刊寄來一篇題為《元旦的刺客》的文稿，稿子大約3000字左右。周作人在文中老調重彈，藉此事為自己的叛國罪行辯護，稱他因「觸怒了」日寇而遭日本軍警刺殺。《光明日報》拒絕刊登他的這篇稿件，據說接到退稿後周作人「甚為不快」。
神秘的槍手
關於這次槍擊案的背景一直撲朔迷離，槍手的身份也眾說紛紜。周作人的日本軍方陰謀之說存在著明顯疑點，日方說是國民黨特工所為，也缺乏相應的證據。抗戰勝利後，有人在美國撰文，自稱是當年學生，因不滿周的親日行徑而下手。據錢理群在《周作人傳》中透露，「1946年，一位署名盧品飛的，在美國出版了《黑暗的地下》一書，自認他是行刺的兇手之一，與他合謀的是高姓、王姓兩人。」1961年，周作人的香港朋友鮑耀明來信告訴他這件事，周聽後勃然大怒，堅持認為刺殺事件是「日本軍部所搞無疑」，同時還咒罵該書作者是「兇犯」、「特務」。
還有一說是周作人侄子豐三的同學所為，豐三當時在輔仁大學附中念書，其同學得知周作人的矛盾處境後，為保全周之聲譽而向其行刺，豐三也因此抑鬱而於1941年3月自殺。此說更是牽強，令人起疑。
當年的刺客究竟是什麼人?有何政治背景?刺周的目的何在? 這一事件已過去70餘年，時至今日也沒有一個確定的說法，只有留待後人去研究考證了。