1939年11月1日，黨衛軍骷髏師正式成立。首任師長是納粹德國黨衛隊上將西奧多·艾克，艾克是一個殘酷的納粹主義的狂熱份子，他手段強硬兇狠。在他的領導下，骷髏師犯下了許多難以原諒的戰爭罪行。
骷髏師首任師長西奧多·艾克
骷髏師，俗稱為「死人頭師」。其前身是二戰時期管理納粹集中營的黨衛隊，被稱為骷髏總隊。骷髏總隊以集中營屠殺暴行而惡名昭彰。「骷髏是不懼怕死亡的」這就是他們的作戰口號。
其師徽骷髏圖案的含義是「我們在我們的黑色帽子上佩帶骷髏標誌，藉以警告我們的敵人，並向我們的領袖表示，我們隨時準備用自己的生命去實現他的理想。」民間甚至說軍隊中夾雜著不少的抑鬱症患者，因為他們都像艾克一樣，默默寡言，行為怪異。
骷髏師同德國黨衛軍的王牌裝甲師「帝國師」、「維京師」、「希特勒近衛師」齊名，主要在東線戰場作戰，參加的大型戰役主要有蘇德東線戰場哈爾科夫戰役、庫爾斯克會戰、柏林戰役等，骷髏師在東線戰場可以說是「救火隊」般的存在，他們常常被用作先鋒來進攻或突圍，並在德米揚斯克包圍戰中一戰成名，成為蘇軍的眼中的「死神」。
眾所周知：黨衛軍第三「骷髏」師是納粹德國的一支裝甲師。波蘭戰役之後，德軍組建了一些新的黨衛軍作戰師，其中就有黨衛軍部隊中臭名昭著的第3「骷髏」師，黨衛隊中的反人類罪大多數是這類部隊犯下的。隨著盟軍的不斷推進，該師於1945年5月9日向美軍投降，但作為戰俘被移交給了蘇軍，其中大部分人員在二戰之後的審判中被處決。
1943年2月，該師回到東線加入南方集團軍群。隨後參加了對蘇軍冬季攻勢（已經在史達林格勒殲滅了第六集團軍）的反擊。在第二次哈爾科夫會戰中，它加入了南線反擊部隊，為重奪哈爾科夫立下了戰功。在這期間，該師師長Eicke戰死。那以後，它參加了庫爾斯克會戰，在南線與黨衛隊兄弟部隊一起參與了幾場最重要和最血腥的戰鬥（包括了在Prochorovka的坦克大戰）。會戰結束後，「骷髏」師擔當起了東線的預備隊（消防隊），轉戰東線南部和中部近一年之久。在這期間，1943年10月它被改編成了裝甲師，名字也改為：第3武裝黨衛隊「骷髏」裝甲師。
1944年，整個東線的情況變得非常糟，蘇軍在每個地段都取得了突破。特別是在中央戰線，蘇軍在一場可能是二戰中最大的攻勢里打垮了德軍中央集團軍群，兩周內向前推進了超過三百公里。當攻勢停止時，他們已經渡過維斯瓦河，站在華沙的大門口了。為配合蘇軍的挺進，華沙城內爆發了起義，「骷髏」師和其他部隊一起緊急趕往華沙地區，制止了蘇軍的前進並鎮壓了起義（除開道義因素，不能不說這是一個非常了不起的軍事成就，後方不穩，面對強敵，很不容易）。近兩個蘇聯集團軍被「骷髏」裝甲師和「維京師」以及陸軍第19裝甲師一起擊退，被迫回撤至維斯瓦河對岸。
隨後，該師被派往南方參加布達佩斯解圍戰。為了解救被圍的45,000德軍，「骷髏」師一直打到了布達佩斯機場，但迫於蘇軍的強大兵力和資源優勢，始終未能達到目的。（戰史上也有爭論，因為該師被從機場附近撤回，在布達佩斯北面發起攻勢，希望能包圍和摧毀一些蘇聯部隊，但未達目的。如果從機場繼續攻擊，有可能為被圍部隊打開一條通路，但這是後話了。）
從那以後，隨後該師在布達佩斯以西進行防禦作戰，一直退到維也納附近。該師於1945年5月9日向美軍投降，但作為戰俘被移交給了蘇軍。
在黨衛軍骷髏師所經歷的惡戰中，最令該師官兵難忘的惡戰，無疑是從1941年9月到1942年4月的德米揚斯克戰役，這場歷時將近半年的惡戰令骷髏師的減員數量為全師作戰人員數量的1/2，同時也是這次戰鬥令骷髏師贏得了前所未有的榮譽，所有的骷髏師成員因為此次戰役的出色表現，被授予「德米揚斯克戰役紀念臂章」並且榮獲「starkemote」的榮譽稱號，使骷髏師從此成為所有蘇軍最頭痛的幾支黨衛軍部隊之一。
1941年冬蘇聯獲得了莫斯科戰役的勝利，德國遭到重大戰略性失敗，標誌著希特勒閃電戰的徹底破產。1942年春蘇軍開始反攻，德軍陷入了蘇軍的德米揚斯克包圍圈，從1942年1月8日至5月20日這場包圍與反包圍的戰爭持續將近半年。最終德軍憑藉出色的戰略戰術、軍事素質、頑強的戰鬥力成功突圍，粉碎了蘇軍全殲德軍的意圖。西奧多·艾克和他領導的骷髏師在這場突圍戰中起到了中流砥柱的作用，同時骷髏師也傷亡慘重。也是這場突圍戰讓骷髏師名聲大振，骷髏師戰鬥成員被授予「德米揚斯克戰役紀念臂章」並且榮獲「starkemote」的榮譽稱號。
1942年，由於希特勒一而再再而三的指揮失誤，導致巴巴羅薩計劃徹底失敗，德國軍隊在史達林格勒損失了大量精銳部隊，迫於無奈，希特勒只能命令東線部隊有序後撤，而蘇聯紅軍，在這個時候當然是要趁勝追擊，三千坦克，兩千五百架飛機和一百五十萬的軍隊，在列寧格勒一帶戰線直接發起了總攻。他們的目標很明確，就是列寧格勒背面的三支德國集團軍。
而在此之前，德軍因為希特勒的錯誤指揮，由優勢轉為劣勢，直面蘇軍獲勝的可能並不大。而以骷髏師為代表的德軍也在列寧格勒北被團團包圍。據了解，當時蘇聯紅軍只用了三天就把德軍兩個集團軍包圍在德米揚斯克中。雙方軍隊，無論是兵力，還是火力，坦克數量都有著非常大的差距，尤其是空軍，雖然希特勒立刻命令部隊突圍。並要求其他部隊向被困集團軍火速增援。務必要裡應外合，撕開一道口子！
但蘇軍的150萬大軍可不是紙糊的，火速支援談何容易？而另一方面，骷髏師即便是被數倍於自己的敵人團團包圍，卻仍然充滿鬥志，擔任起突圍的先鋒。面對蘇軍一次又一次的進攻，他們憑藉自己過硬的軍事素質和戰鬥意志一次次化險為夷。據蘇聯老兵回憶：當時的骷髏師士兵，拼得面目猙獰，精疲力竭，真可以用「骷髏」來形容。
有的人被炸斷了手腕渾然不知；有的人打光子彈，就毅然決然的握緊工兵鏟，跟蘇軍士兵近身戰，最為可怕的戰鬥莫過於肉搏，他們甚至猶如野獸，用牙齒和敵人對咬，一嘴牙沒剩幾顆；有的人在血戰的摧殘下變得毫無生氣，目光呆滯，心如死灰。
最終為大部隊拼出了支援和喘息的時間。在這場耗時四個月的戰役中，德軍的骷髏師損耗掉了將近50%的精銳，終於在1943年春十七萬德軍突破重重包圍。蘇軍150萬軍隊損失三分之一。坦克只剩一千輛，即便是飛機，也損失了將近800架。此戰之後骷髏師一戰成名，蘇軍只要一聽對面是骷髏師聞之色變，要集中五倍兵力，尤其需要空軍支援，才敢與之一搏。
1943年，在歐洲東部蘇聯戰場上，蘇德戰爭正處於白熱化趨勢。在一次作戰中，骷髏師的十輛坦克被蘇聯的一百餘名坦克包圍，但是在骷髏師的字典里是沒有投降這兩個字的，面對數倍於自己蘇聯軍隊，他們開足馬力向前衝鋒，沒有炮彈了就用機槍，沒有子彈就用軍刀，就是這樣的自殺式戰鬥，德國以10兩坦克全軍覆滅的代價換取了蘇聯坦克80餘輛坦克。他們到了戰場上，作戰勇猛，心狠手辣，甚至不惜用自殺式的手法進行進攻。
骷髏師以自己頑強的作戰力成為蘇軍最恐懼的德軍部隊之一，也成為德國軍隊的一支王牌之師。但是就算骷髏師作戰再勇猛頑強，也不能改變德國戰敗的事實。
隨著德國的潰敗投降，骷髏師於1945年5月9日向美軍投降，他們知道一旦落入蘇聯人手裡，自己的下場會很慘，但是在蘇聯的強烈要求下，美國還是把蘇聯昔日最痛恨的敵人，骷髏師移交給了蘇聯，據統計在戰俘營中的骷髏師80%的士兵被秘密處死。