康熙十三年(1674年)，靖南王耿精忠舉兵造反，鄭錦占據福建泉州。李光地與家人藏匿山谷間，鄭錦和耿精忠派人招安，被李光地堅決拒絕。康熙十四年(1674年)，李光地暗中書寫密折，藏在蠟丸中，派人暗中送往京城，最後通過內閣學士富鴻基呈給皇帝。康熙皇帝看到密折後深為感動，嘉許李光地的忠誠，並下命兵部錄其為領兵大臣。
當時尚之信叛亂，率軍占領贛州、南安，但未能進入福建。康親王愛新覺羅·傑書自衢州攻克仙霞關，收復建寧、延平，耿精忠被迫請降。康親王傑書軍隊進駐福州，命令都統拉哈達和賚塔討伐鄭錦，並打聽李光地的所在。
康熙十六年(1677年)，朝廷收復泉州。李光地在漳州拜謁拉哈達。拉哈達向康親王上疏稱：''李光地矢志為國，即使顛沛流離也不曾改變志向，應當予以褒獎。''康親王下令優待，並提拔為侍讀學士。李光地行到福州，恰遇父喪歸家。
康熙十七年(1678年)，同安蔡寅部起義軍打著復明旗號，以萬餘人圍攻安溪。李光地招募百餘鄉間勇士固守，斷絕敵方糧道得以解圍。不久後，鄭錦派遣將領劉國軒攻陷海澄、漳平、同安、惠安等縣，進逼泉州，斷萬安、江東二橋，斷絕了清軍的南北援助。李光地派遣使者趕赴拉哈達軍告急，正遇大江漲水道路阻塞。於是李光地帶兵從漳平、安溪小道進入，與叔父李日煌以及弟弟李光垤、李光垠合作進攻。大軍進駐泉州，擊破劉國軒部。拉哈達上報其功，李光地再次得到優敘，升遷翰林學士，不久後因功官至永州總兵。
康熙十九年(1680年)七月，守制已滿的李光地返回京城，康熙諭示其不必候缺，即任內閣學士。李光地建言推舉施琅擔任平台將領，皇帝採納了推薦，得以順利收復台灣。?陳夢雷是福建侯官人，與李光地同年考中進士，又一同擔任編修官。
正當陳夢雷在家閒居時，耿精忠舉兵作亂。李光地派叔父李日煜暗中前往陳夢雷處打探消息，得知其真實意圖後，約請他一同擬定奏疏密陳破敵之計。李光地獨自將奏疏上呈，並之後大受皇上寵幸。等到耿精忠兵敗之後，陳夢雷因為投附逆賊而被逮捕押往京師，關入大牢論斬。李光地就上疏述說與陳夢雷兩次秘密約見的情況，陳夢雷這才得以免去死罪，被發配奉天戍守。