原標題：FlowJo-流式細胞數據分析軟體
「 FlowJo是一款強大好用的流式細胞數據分析軟體，通過圖像分析細胞的各種變化，利用軟體自帶的分析功能，結合細胞模型創建合理的數據分析平台。」
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了解FlowJo
流式細胞技術（flow cytometry，FCM）是利用流式細胞儀進行的一種單細胞定量分析和分選技術。流式細胞術是單克隆抗體及免疫細胞化學技術、雷射和電子計算機科學等高度發展及綜合利用的高技術產物。流式細胞術工作原理是在細胞分子水平上通過單克隆抗體對單個細胞或其他生物粒子進行多參數、快速的定量分析。它可以高速分析上萬個細胞，並能同時從一個細胞中測得多個參數，具有速度快、精度高、準確性好的優點，是當代最先進的細胞定量分析技術之一。
FlowJo 是一個用於查看和分析流式細胞儀數據的集成環境。
FlowJo 的優勢在於分析包含許多相關樣本的整個實驗。除了設門和統計外，FlowJo 還擁有專門的分析平台，用於涉及 DNA/細胞周期、動力學和增殖等分析。FlowJo 的先進工具允許生成統計數據、圖形、表格、網頁，甚至電影。FlowJo 集成了遠程數據託管服務 (LIMS) 並支持「雲」部署，以便在要求苛刻的高吞吐量環境中實現出色的性能擴展。
FlowJo功能：
- 階梯式設門
- FlowJoTM獨特的階梯式設門試一次革命性的創新。他一改傳統複雜的邏輯門設置，將細胞群之間的邏輯關係用簡單的遞進階梯式去呈現，並可以自定義細胞群名稱、進而直觀的顯示細胞群統計值，讓分析結果一目了然，簡單清晰。
- 圖像呈現
- 多維參數顯示
FlowJoTM提供了靈活的數據呈現方式，全方位滿足用戶的數據分析需要。它 可以呈現一維的直方圖，傳統的二維圖形，及動態立體的三維圖形，從多個角度和空間對數據進行360°的靜態以及動態解析。
- 多種圖形類型
- FlowJoTM除了提供傳統的散點圖，還提供多種圖形類型（如密度圖，等高圖，偽色圖，斑馬圖等），在滿足不同分析需求的同時還保證了圖像的美觀和科學嚴謹需求。
- 多種設門工具
- 設門是流失數據分析中界定細胞目標群的必要手段，不管要檢測的目標細胞群是規則分布還是不規則分布，小機率事件還是大機率事件，FlowJoTM提供了多種設門工具，從而讓用戶方便的界定各種細胞群。
- 強大的批量處理功能
- 用戶可以做一個樣品的門分析，然後將這個分析批處理應用到其他樣品上；也可以做一個樣品的圖形分析，然後將這個分析批處理用到其他樣品上。這樣避免了對每一個樣品進行重複性試驗的分析，即保證了數據分析的一致性及靈活性，同時也極大地提高了分析的效率並且得到完美的分析結果。
- 多種分析平台及工具
- FlowJo自身包含了多個特殊的分析平台來滿足細胞周期，細胞增殖，動力學（鈣離子流量）等的分析。這些平台採用權威的已發表的模型算法原理設計，來精確模擬數據分布。FlowJoTM還包含了多種獨特的分析工具，如數據聯結、衍生參數軸、校準、Backgating、Show Ancestry、Sample Comparision等，讓你對數據作進一步的深層分析及處理。
- 螢光補償
- 螢光補償是六十分析裡面一個重要的概念也是一個複雜的過程，卻是流式分析必不可缺的部分。軟體補償一改過去在機器上手動調節補償的冗長複雜過程，大大簡化了螢光補償過程，將補償數據的過程變成一個可理解，可見的簡單過程，同時提供了在機器上手動補償所沒有的精確度和靈活性。
- 靈活方便的數據導出
- 數據的導出在FlowJo裡面非常的輕鬆方便。不管是圖形數據還是數據表格，都可以方便地導出成各種格式用來做數據的分享和發表。
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FlowJo特色
- 省時，批量分析樣本；
- 分析和自動控制；
- 製作信息電影
- 研究分子相互作用，可視化化合物優先次序和化合物結構改造
- 基於結構的藥物設計中，同時考慮多參數的分子結構
- 改造的成功率遠高於只考慮親和性的結構
- 能將已有的相關參數與實時3D可視化圖形相結合
最新版本V10.8的新增功能：
- 添加了對大於 3 GB 的 FCS 文件的支持
- 改進了對 MQD 文件的支持
- 改進了對非 BD 細胞儀採集數據的支持。
- 改進了內置 tSNE 以產生更好的優化圖，解決了 10.7.2 中引入的問題。我們已經糾正了一個優化問題，以便輸出產生更好定義的島嶼。
- 改進了對 Jo 文件批量轉換的支持
- 提高了大型工作區的計算速度
- 光譜補償矩陣歸一化與 BD FACSDivaTM軟體中的光譜補償一致
- 增加了直接打開 .jo 文件的功能
- 改進了 FlowJo 門戶登錄
光譜補償：此時 FlowJo 已將所有補償矩陣正態化為「對角線」，即主檢測器中的值。對於傳統的補償方法，這將始終是最大值，結果對角線將是給定螢光染料信號的 100%。在光譜補償中，檢測器數量和收集參數之間不再存在 1:1 的關係，最大的螢光值可能不在主檢測器中。FlowJo 繼續標準化到「主要」檢測器並允許更大的數字。BD FACSDivaTM 中的光譜補償反而正態化為最大值。重要的是，這兩種方法都沒有錯。螢光值是相對的，所有測量值都將保持相對相同，因此無需重新分析光譜補償數據。然而，當我們努力在我們控制的所有軟體之間更好地對齊時，我們選擇對齊兩種補償方法並正態化為最大的數字。這將允許 BD FACSDivaTM 和 FlowJo 用戶之間更好的互操作性。
Jo 文件讀取：FlowJo 9.x 版生成 .jo 類型文件作為分析輸出。10.8 版將是 10 版的最佳版本，可以直接打開 .jo 文件並將其轉換為 .wsp 文件。對 XML 讀取進行了一些調整，以更好地轉換組成員身份、對齊時間參數讀取以及處理多個同名文件。
改進的 FlowJo 門戶登錄：現在許可證首選項中有一個『Show Remember Me』複選框。選中後，將顯示一個複選框，允許用戶讓 FlowJo 記住他們用於登錄的 FlowJo 門戶憑據 24 小時。此外，默認情況下會選中用於身份驗證的 HTTPS。
錯誤修復：
- 隱藏補償矩陣中的行不再導致編輯偏移問題。
- 在樣本中拖動的布爾門不再參考原始總體。
- 將偏移直方圖疊加導出為 pdf 不再將直方圖推離圖形
- 祖先圖現在列印為 PDF
- 將門複製到組不再覆蓋修改後的下游門。