1、大安港
大安港是吉林省最大內河港口，是吉林省同俄羅斯遠東地區開展直接貿易的唯一水上通道。港內有吉林省最大的造船廠，每年可製造千噸級船隊5至8個以及各種遊船和專用船隻；有吉林省最大的航運公司，船隊12支，總噸位已達1.4萬噸。大安港至大安北疏港鐵路專用線建成後，大安港將成為公、鐵、水聯運，港、航、廠配套，各項功能完備，邊檢、海關等查驗部門及各項服務設施齊全的現代化口岸。1990年，大安港被國務院批准為國輪外貿運輸口岸，並相繼獲得了外貿經營權、外事審批權、對俄輪開放權，為大安經濟振興插上了騰飛的翅膀。
2、松原港
松原港建於2004年，是一座年吞吐量為80萬噸的碼頭，該碼頭可同俄羅斯、日本直接通航，是吉林省繼大安港之後的第二個內河港口。據了解，松原建設碼頭分一期、二期分別建造2個泊位，總投資5060萬元，一期工程於2006年竣工。建成後，目前該港口將達到機械配套和設計能力80萬噸，是吉林省繼大安港之後又一內河港口。松原港工貿集中區是寧江區重要的經濟、工業發展中心，是整個城市經濟活動和社會活動的新的增長點，是以生物製藥、石油化工、新型建材、港口物流、商貿流通、旅遊觀光為一體的現代化綜合性港區。
3、寧江港
寧江港，舊名扶餘港，松花江上重要內河港口。位於吉林省松原市寧江區的松花江北岸，溯行330公里抵吉林市、順流41公里抵三岔河，西上嫩江48公里至大安，在三岔河順松花江下行可達哈爾濱、佳木斯等地。寧江港為鋼筋混凝土板樁碼頭，1985年建成；岸線全長3000米，港區總面積為32萬平方米，碼頭總長77米，前沿水深2.2米，一個泊位，可停靠600噸級船舶。年最大設計吞吐能力為30 萬噸。主要貨種為糧食、木材、砂石、雜件、散貨等品種。
4、吉林港
吉林港是吉林港口重要內河港口。包括豐滿碼頭和哈達灣碼頭。位於吉林市豐滿和哈達灣。枯水期可停靠100噸級船舶；豐滿溯流而上可抵旅遊區五虎島、臥龍潭直至樺甸。哈達灣順江而下可抵扶餘經三岔河可達大安、哈爾濱、佳木斯等地。1948年前，吉林港的船舶可達2700餘艘；1948年吉林解放後，東北航政局成立吉林辦事處，1951年由吉林省交通廳接收改為吉林省航運公司。