日本交通運輸部公布了一份文字記錄，曝光了日本羽田機場 (HND) 兩架飛機相撞前空中交通管制員與兩架飛機之間的對話。
2024年1月3日發布的記錄顯示，海上保安廳的加拿大德哈維蘭DHC-8-315Q並未獲得進入跑道的許可。
這份記錄取自事故發生前4分27秒的對話。錄音還確認，日本航空公司的空客A350獲得了在C跑道著陸的許可。根據記錄，日本航空公司的飛機獲得著陸許可幾秒鐘後，海上保安廳的飛機被告知前往滑行道的一個等待點，飛行員重複了這個指令。
錄音中顯示：羽田塔台要求海上保安廳DHC-8 Q300 （No 1）第一個，滑行到C5等待點。管制員並沒有給沖八起飛（take off）指令，但是沖八有優先起飛權。緊接著海保飛行員還復誦了管制員指令「Taxi to holding point C5 JA772A（海保沖八飛機註冊號） No.1,Thank you 。」
文字記錄顯示，海上保安廳飛機確認了空中交通部門發出的要求滑行至等待點的呼叫，這是碰撞前的最後一次通信。
就是日航131號航班看到34右起火了 (Tower, Japan Air 131, we have a fire on the runway 34R)。
大約兩分鐘後，兩架飛機在跑道上相撞，A350著陸時，導致海上保安廳飛機上的五人死亡。
令人驚奇的是，儘管日本航空公司的飛機在一場火災中被毀，但所有379名乘客，包括12名機組人員，都設法逃生。海上保安廳DHC-8飛機的唯一倖存者是飛機的機長，他受了重傷。
據海上保安廳的一名官員稱，機長說他在獲得許可後進入了跑道。
然而，有關官員承認，記錄中沒有任何內容可以證實這一點。除了事故調查外，日本警方也在調查這起事件，以了解是否存在職業疏忽導致了五人死亡。
日本安全運輸委員會（JTSB）的代表和法國民用航空安全調查分析局（BEA）的四名調查員於2024年1月3日在事故現場。
日本航空516號航班在2024年1月2日當地時間下午4點30分前離開新千歲機場（CTS），並於下午4點47分降落在羽田機場。