公元1644年，崇祯皇帝在位17年后再也支持不住了。李自成率领农民军攻破了北京城，城破后崇祯皇帝选择了在煤山自尽。在自尽之前，崇祯皇帝不忘处置身边的事务，将妃子和公主都割去性命，以免被农民军侮辱。但对于三个儿子，崇祯仍怀有一丝希望，他命令太监将太子和二王护送出宫，希望他们中的一人能逃出北京城，重振大明江山，继续大明皇室。然而，这三位皇子在太监们四散逃跑后，生长在深宫的他们被大顺军发现，并被带到李自成身边。李自成对此欣喜若狂，将这三个皇子带在身边，甚至在讨伐山海关的征程中也随军而行。然而，大顺军在山海关遭遇惨败，皇子们在混乱中逃脱并分散，从此开始了各自不同的命运。
真太子被当做假太子杀害。太子朱慈烺逃离大顺军后，回到北京城并找到了外公周奎。然而，周奎在短暂的收留后认为风险太大，决定送太子离开。然而，在送太子的途中被清军巡逻队发现。多尔衮得知捕获崇祯太子的消息既高兴又忧虑。他高兴的是太子被捕，不再有后顾之忧；但忧虑的是如何处理太子，因为清朝入关打的是为明朝报仇的旗号。多尔衮聪明过人，让朝臣和太监们指认太子，凡是认为太子是真的，都被杀掉。经过一番杀戮，大家明白了情况，纷纷指认太子是假的，最终多尔衮以“冒充前朝太子”的罪名将其杀害。
三子朱慈炯康熙年间被杀。朱慈炯是崇祯皇帝的第三子，在失散后不知所踪。传说中，清朝一直在寻找朱慈炯的下落，直到康熙十八年，清军抓获了一个打着“朱三太子”旗号的义士，与当年失散的皇三子朱慈炯极为相似。然而，康熙皇帝依然以“冒充前朝皇子身份谋反”的罪名将其斩首，使真皇子再次成了“假”。
五子朱慈焕隐姓埋名，到七十五岁时仍未逃脱被凌迟的命运。朱慈焕是最幸运也是最悲惨的一个，他在失散后被一个姓王的乡绅收留，隐藏身份并化名王士元。后来，朱慈焕来到浙江，在此娶妻生子，生活一直持续到康熙47年。然而，当他看到清朝皇帝为崇祯帝厚葬并每年祭扫明朝皇陵时，觉得清朝对待他可能不再加害。他松懈了警惕，偶尔透露出自己的身世。结果这个消息被反清复明的义士得知，以“朱慈焕”的名义进行反清活动。清朝官员得知后，抓到了朱慈焕。尽管朱慈焕并没有参与反清活动，但在审讯中他说：“我已经古稀之年，在之前的三藩之乱中我都没有造反，如今又怎么可能在天下太平之时从事反清活动。”然而，康熙最终没有对已到古稀之年的前朝皇子有半点仁慈，下令以“冒充前朝皇子身份谋反”的罪名将其凌迟处死，二子一孙也被斩首。至此，崇祯一脉完全断绝。
清朝统治者对崇祯皇子表现出一种“叶公好龙”的态度，一直表示对他们的倾慕。然而，在真正的“皇子”现身后，他们又担心这可能对统治造成威胁。为了遏制天下舆论，清朝将三位皇子都以“假冒”身份而杀害，使他们连死都不能以真正的身份离世。这充分表现了清朝统治者的心虚。