囊山早在唐宋之时，就已闻名海内外，尤其这座千年古刹--囊山慈寿寺，已跻身为我省14座全国重点保护寺庙之一。位于囊山南麓的囊山寺，是妙应祖师于唐中和元年(公元881年)创建的，历史悠久 ，迄今已有1138年了。
囊山寺，初名延福寺，五代时易名为慈寿寺，俗称囊山寺，香火鼎盛时，僧人达千人，妙应祖师常为僧人授课。自唐代以来，寺院屡有毁建。1984年囊山寺进行重新修建，建有山门、天王殿、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂、藏经阁、禅堂等。
唐末著名诗人黄滔，北宋名臣蔡襄，南宋状元黄公度，宋代诗人郭祥正，诗人余越游、郑良士，南宋著名思想家朱熹，明代状元、文学家柯潜等，他们畅游囊山寺时，都挥毫题诗和石刻，这给后人留下丰富的文化财富。
在寺庙里可以看到三口大铁锅，这倒有段特殊的历史。嘉庆年间，莆田遭遇倭寇烧杀抢掠，囊山寺也被烧毁，唯独这三口大铁锅得以幸存，据说拿这三口大铁锅做饭要用到铁锹，一个锅一次能做100斤的饭菜。囊山寺在香火鼎盛时期，有上前僧人，拿这三口锅做饭应该足够供应上千人的伙食了。
嘉靖四十一年（1562年），倭寇火烧囊山寺，攻陷兴化府，烧杀淫掠，囊山寺除三口大铁鼎外，一物不存。寺内这些文物虽然残缺不完整，却是珍贵异常。
大石槽刻有“无咎”两字，下刻“熙宁岁在已酉十二月谨题”。此物系是宋熙宁间（1069年）所造，至今也已近千年了。
九十年代后，寺院缺乏良好管理，寺僧文化水平较低，典卖寺产，戒律松弛。当地善信礼请常昊法师入住囊山。
现寺院茶室移至“香积”堂，经常昊法师一番拾掇，渐显禅意。天井处一盆朴树，枝繁叶茂。
檐间悬一锥形铜炉，可焚倒流香。梁上挂一匾额，书“香积”二字。
香积堂内藏品甚丰，字画、木匾、铜炉、天井、榕树...一物一景都是禅意，那棵浮躁的心也随之沉淀。
囊山寺唐井系妙应祖师打造,井水经科学检测分析,为制作矿泉水标准水质。
寂静园园如其名，园里的假山、翠竹、匾额、石雕、粉墙和古树错落分布，漫步园中，很有意境。
莆田二十四景之“古囊峢巘”，囊是古人卧榻上的靠垫，叫隐囊。古囊峢巘，就是说山上的石头像隐囊一样摞起来，连绵不断。
囊山寺是福建省著名古刹，在东南亚佛教界也有一定影响，是莆田四大丛林之一。
囊山寺文化底蕴及其深厚，千百年来作为官方古驿道宿站，曾留下许多文人诗篇和摩崖石刻，只可惜八十年代开山炸石，保存完好的摩崖石刻仅存几座。
观音殿右侧一宋代石刻，记载了宋代福建两位官员为贯彻熙宁新法，特地到莆田考察水利工程的史实。
囊山寺曾为古驿道宿站，当年朱熹赴同安上任时，曾住在寺内。朱熹有诗曰：“晓发渔溪驿，暮宿囊山寺。云海近苍茫，溪山拥清翠。行役倦修程，投闲聊一憩。不学塔中仙，前途定何事。”
古时“囊山晓月”为莆阳美景之一，故而就有了林有恒“山间明月”等题记。