多肽从头测序是一种利用串联质谱法确定肽氨基酸序列的方法。
了解蛋白质中肽的氨基酸序列对研究该蛋白的生物学功能至关重要。过去主要是通过Edman降解法来实现。如今，多肽测序更常用到的方法是通过串联质谱仪来进行分析。一般分为结合数据库搜索或从头测序两种方式。
数据库搜索相对简单，将未知肽的质谱数据与数据库数据进行比较，寻找与已知肽相匹配的序列，挑选出匹配得分最高的对应肽即可。该方法无法用于识别新的/未知肽，因为它只能与数据库中已知序列进行匹配。而从头测序是将质谱中的碎片离子进行分配。大多数仪器都会附带从头测序这一程序。
肽在正离子模式下质子化。质子最初位于N端或碱性残基侧链上，但由于内部裂解，它可以沿着主链移动，在不同的位点断裂，从而生成不同的片段。
有三种不同类型的主链键可以断裂成肽片段：烷基羰基（CHR-CO），肽酰胺键（CO-NH）和氨基烷基键（NH-CHR）。
不同类型的肽片段离子
图1
如图1所示，当主链键断裂时，会形成六种不同类型的序列离子。N端带电片段离子分类为a，b或c，C端带电片段离子分类为x，y或z。右下角标注数字代表氨基酸残基的数目。这个专业术语最早是由Roepstorff和Fohlman提出的，之后Biemann对其进行了修改，修改后的就是目前最常见的版本。
在这些序列离子中，a，b和y离子是最常见的离子类型，尤其是在低能（二级质谱中的诱导碰撞解离）CID质谱仪中，因为肽酰胺键（CO-NH）最脆弱的。公式：
b离子质量 = ∑ (残基质量) + 1 (H+)
y离子质量 = ∑ (残基质量) + 19 (H2O+H+)
a离子质量 = b离子质量 – 28 (CO)
双主链裂解会产生内部离子，例如酰基类离子H2N-CHR2-CO-NH-CHR3-CO+，或亚氨离子类H2N-CHR2-CO-NH+ = CHR3，这些离子通常是光谱中的干扰物质。
在高能CID下，C端残基的侧链发生进一步裂解，形成dn，vn，wn离子。
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De novo peptide sequencing,en.wikipedia.org/wiki/De_novo_peptide_sequencing#cite_note-14
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