康熙十三年(1674年)，靖南王耿精忠举兵造反，郑锦占据福建泉州。李光地与家人藏匿山谷间，郑锦和耿精忠派人招安，被李光地坚决拒绝。康熙十四年(1674年)，李光地暗中书写密折，藏在蜡丸中，派人暗中送往京城，最后通过内阁学士富鸿基呈给皇帝。康熙皇帝看到密折后深为感动，嘉许李光地的忠诚，并下命兵部录其为领兵大臣。
当时尚之信叛乱，率军占领赣州、南安，但未能进入福建。康亲王爱新觉罗·杰书自衢州攻克仙霞关，收复建宁、延平，耿精忠被迫请降。康亲王杰书军队进驻福州，命令都统拉哈达和赉塔讨伐郑锦，并打听李光地的所在。
康熙十六年(1677年)，朝廷收复泉州。李光地在漳州拜谒拉哈达。拉哈达向康亲王上疏称：''李光地矢志为国，即使颠沛流离也不曾改变志向，应当予以褒奖。''康亲王下令优待，并提拔为侍读学士。李光地行到福州，恰遇父丧归家。
康熙十七年(1678年)，同安蔡寅部起义军打着复明旗号，以万余人围攻安溪。李光地招募百余乡间勇士固守，断绝敌方粮道得以解围。不久后，郑锦派遣将领刘国轩攻陷海澄、漳平、同安、惠安等县，进逼泉州，断万安、江东二桥，断绝了清军的南北援助。李光地派遣使者赶赴拉哈达军告急，正遇大江涨水道路阻塞。于是李光地带兵从漳平、安溪小道进入，与叔父李日煌以及弟弟李光垤、李光垠合作进攻。大军进驻泉州，击破刘国轩部。拉哈达上报其功，李光地再次得到优叙，升迁翰林学士，不久后因功官至永州总兵。
康熙十九年(1680年)七月，守制已满的李光地返回京城，康熙谕示其不必候缺，即任内阁学士。李光地建言推举施琅担任平台将领，皇帝采纳了推荐，得以顺利收复台湾。?陈梦雷是福建侯官人，与李光地同年考中进士，又一同担任编修官。
正当陈梦雷在家闲居时，耿精忠举兵作乱。李光地派叔父李日煜暗中前往陈梦雷处打探消息，得知其真实意图后，约请他一同拟定奏疏密陈破敌之计。李光地独自将奏疏上呈，并之后大受皇上宠幸。等到耿精忠兵败之后，陈梦雷因为投附逆贼而被逮捕押往京师，关入大牢论斩。李光地就上疏述说与陈梦雷两次秘密约见的情况，陈梦雷这才得以免去死罪，被发配奉天戍守。