在英国入侵西藏的同时，早就觊觎西藏的沙皇俄国为了“在亚洲打败英夺取整个波斯、蒙古和西藏)”，多次派遣间谍，组织武装探险队调查团”，经蒙古、甘肃、青海潜入西藏，搜集情报。
1883年，在英军进犯隆吐山之际，借“游历”为名进入西藏的俄国间谍，乘机给西藏地方某些头目密函三件，“约令遇有急难，将函驰送俄境，即可电达，助兵援应”，妄图以“助藏抗英”为幌子，达到其侵占西藏的目的。
1900年11月，窜入西藏的沙俄武装间谍在察木多(今昌都地区)琐图地方烧毁藏民房屋，抢掠马匹，制造了杀死杀伤藏族同胞四十人的流血事件。此外，俄国还派遣宗教特务德尔智打入西藏农奴主贵族中间，并窃取了十三世达赖侍讲的要职。德尔智用俄国供给的金钱收买西藏上层分子，大造亲俄舆论，挑拨藏族与祖国的关系。
达赖见清廷软弱无能，在德尔智的煽动下，产生了联俄抗英的倾向90年，达赖派德尔智以“西藏特使”的身份，率领所谓¨西藏使团”赴俄活动，并受到沙皇尼古拉二世的接见。俄国借此大造舆论，称达赖决定与俄国缔结最友好之关系，“俄国为唯一能破英国阴谋的强国”。随后，俄国又派出两支全副武装的队伍，分别以“科学探险”和“经商”的名义，用二百头骆驼、五十五匹马和二百头牦牛驮载枪弹器械，取道库伦、青海运往拉萨。
从此，“俄商及军队潜踪入藏者络绎于途”。英国见沙俄加紧进行侵藏活动，多次向俄国提出质问。1903年2月，英国外交部提岀警告：“俄若派兵西藏，英必效之”。俄国亦针锋相对，提出“如果该地方现状发生变乱，则俄国政府不能置之不理”。
于是，英俄两国为争夺中国西藏，大有剑拔弩张之势。但是，当时俄国的侵略矛头主要是指向中国的东北，且与日本的矛盾日益尖锐，从而拖住了它的手脚。英国趁此时机，利用1902年与日本缔结的反俄军事同盟，怂恿日本进攻俄国，自己则积极准备再次武装入侵西藏。