到了13世纪的元朝，元世祖忽必烈定都在大都（今北京），全国政治、经济中心移到这里。在洛阳拐了一个大弯子的隋代大运河，呈“弯弓形”，就显得不是很直畅。1289年，元世祖忽必烈在下令开凿会通河。这条河北始临清，南到东平路（今山东境内）的安山。又从北京到通县间开了一条通惠河，与原有的旧河道沟通。这样一来，由北京直下杭州，就可以不绕道洛阳。加上隋朝开掘的部分河道由于年久淤塞，未加清理，逐渐废弃了。元朝开凿的运河较隋朝大运河大幅度东移，采取“弃弓走弦”的线路连通北京和杭州。如此走势，全长只有1794公里，比隋大运河缩短近800公里。这就是我们现在所看到的大运河。
隋朝和元朝对大运河的整治开发，主要是为了更便于对人民进行军事统治，运兵运粮进行战争，加强对人民财富特别是粮食的掠夺，以及为了封建帝王个人的游乐。但是，运河的通航，对于发展农业生产，对于物资交流和文化交流，对于促进沿河城市的经济繁荣，也有很多好处。就漕粮运输来说，通过水道，比旱路来得经济，而且运输量也大，可以节省很多人力、畜力。1292年，大运河实现全线贯通后，大运河成为元朝乃至大运河历史上最理想的纵向水上线路。据史载，当时仅从大运河北调的南粮，还不算由它串联的五大河系的部分，就达全国总税粮的六分之五。明初，每年从东南运粮米就最高达到五百万石，兴建北京城使用的建材就是依靠运河运输的，北京故宫太和殿的龙柱、铺地的金砖都是通过运河运来的。大运河几乎成为惟一的南粮北运的水路通道，大运河实际上成为明王朝的生命线。从元代到清朝光绪年间，京杭大运河一直是我国南北交通的大动脉，通过大运河运输的粮食以及其它物资，不计其数。
大运河不仅是一条南北水运大动脉，而且在中国历史上的政治、经济、军事、文化等方面，都发生过重要的影响，推动了社会历史的发展。大运河的开通，改变了中国的地理环境，形成了一个南北东西全方位的大水网，两岸日渐繁荣，“城以河兴”，许多城镇由此新建及扩张，如楚州（今淮安）、扬州、苏州、杭州，都是当时全国富庶的郡县，城市的扩大与繁华，有力地促进了经济文化的繁荣与发展。伴随着大运河南北漕运的兴起，在大运河沿岸兴起了22座繁华的都市。有一种说法，先有潭柘寺，后有北京城，而大运河对北京来说，可以叫做“没有大运河，就没有北京城。”
从隋代到清朝中期，大运河伴随着漕运，走过了千年辉煌，又将如何呢？请看下文《大运河漕运兴衰之三：弊端重重 漕运终受阻》，原文刊于《文史春秋》，欢迎欢迎关注微信公众号：NJHFHHH，在旅行中感触历史）