承包经营，是一种中国特色的产物。最早出现在农村生产关系上，是为了刺激农业生产者的生产积极性而创造的一种经营模式。正所谓“交够国家的，留足集体的，剩下都是自己的”，这在一段时期内对国家的农业生产发展起到了极大的促进作用。同时，由于老国企管理制度权责不清、产权不明晰，造成了很多国企的经营不能适应改革开放以后的形势发展，所以国家在一段时期把承包经营模式也引进到国企中。
慢慢的，这种承包经营的模式，不仅在国企出现，一些经营不善的民营企业，但其有一些资质或者资源是比较特有的，其他企业很难获得，这时候，也会出现民营企业发包给另外一家企业承包经营的情况。企业与企业之间的这种承包经营关系，就带来了税务处理的麻烦。这里主要涉及到两大税种：增值税和企业所得税。主要问题是，谁是纳税人？按照什么税目纳税？承包费用（或分成）是否需要纳税？能税前扣除？承包费用（或分成）是否需要开票？
举个栗子
A有限公司与B有限公司经协商，达成了如下承包经营协议：
2019年1月1日至2022年12月31日，A有限公司的经营权给B有限公司承包，期间，B有限公司可以自由使用A有限公司的办公用房、生产用房、设备、资产、人员等，每年按照A有限公司实现的税前利润的10%作为承包费用留给A有限公司，其余90%分配给B有限公司。承包经营期间，以A有限公司的名义对外经营并承担法律关系。
一、承包经营中增值税的处理
在承包经营关系中，增值税的处理还好，起码在谁是纳税人方面做出了明确规定。
但这里有分两种情形，因为有两个不同的政策法规文件规定了两种不同的操作。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（简称“实施细则”）第十条“单位租赁或者承包给其他单位或者个人经营的，以承租人或者承包人为纳税人。”
《营业税改征增值税试点实施办法》（简称“办法”）第二条“单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下统称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下统称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。”
上述两个政策文件都还有效，所以上例就要分成两种情形：
（一）如果A有限公司是生产、批发或零售货物或者提供加工修理修配劳务的（简称“经营传统增值税项目”）
根据实施细则规定，无论承包协议约定是以谁的名义对外经营并承担法律责任，均以承包人B有限公司作为增值税纳税人。所以上例中，虽然约定了以A有限公司名义对外经营并承担法律责任，但是都要以B有限公司作为增值税纳税人。
（二）如果A有限公司是销售应税服务、无形资产、不动产的（简称“经营营改增项目”）
根据办法规定，上例中，由于约定了以A有限公司名义对外经营并承担法律责任，所以要以A有限公司作为增值税纳税人。
好尴尬的规定，这两个政策在打架了，而且是规定的两个不同的增值税项目，造成了这种以不同增值税项目为经营主业就要按照的规定来确定纳税人的尴尬局面。这种尴尬，在财政部和税务总局作出明确之前，基本都很难解决了。
而且小编认为实施细则中一棍子打死，硬性规定承包人作为纳税人是很不妥的。如果承包经营关系中，是以发包人的名义对外经营并承担法律责任的，那么经营业务就应该属于发包人发生的，比方说，A有限公司对外签订了销售货物的合同并完成了销售业务，这时候，就应该是A有限公司向客户开具发票并申报纳税，如果变成由B有限公司开具发票并申报纳税，那么这笔交易的票货款合同就不一致了啊，很容易给人一种虚开发票的感觉。
不过不管怎么说，确定了谁是纳税人，是迈出了可喜的第一步，之后在承包经营期间，对外经营业务由谁缴纳增值税，谁负责对外开具发票都已经确定好了。所以增值税的问题，已经解决了90%了。
剩下的10%是什么呢？当然就是承包费用（或分成）要不要交增值税，谁交增值税和按照什么项目交增值税的问题了。
这个问题有点复杂。这又回到了上面应该如何确定纳税人的问题。小编认为办法中确定纳税人的方法，俾实施细则要好，这样也比较容易判断承包费如果要交增值税，应该由谁交，按什么税目交的问题。
假定A有限公司是经营营改增项目的。根据上例，由于承包经营期间，以A有限公司名义对外经营并承担责任，所以A有限公司是增值税的纳税人，这时，相当于B有限公司承担了原来A有限公司的经营管理职责，在A有限公司有经营利润时，以利润的90%作为提供这种经营管理服务的对价，所以这时候，B有限公司是服务提供方（提供企业管理服务），收取企业管理服务费用（税前利润的90%），需要向A有限公司开具发票并申报缴纳增值税。
那么如果例子中，是以B有限公司的名义对外经营并承担责任，又会变成什么样呢？这时，承包经营期间，B有限公司是增值税的纳税人，实质上相当于B有限公司租用了A有限公司的所有资产为自己的业务进行生产经营，并且以A有限公司这个整体资产包产生的税前利润的10%作为租金支付给发包人，这时，是A有限公司向B有限公司提供租赁服务并收取租金，应由A有限公司向B有限公司开具租赁服务的发票并申报纳税，但是资产包是一个整体概念，里面有很多不同的资产，包括动产、不动产、无形资产等，这几项资产的增值税税率是不一样的，怎么确定各自的租金呢？还是说，把整个资产包看成是一个经营权——其他权益性无形资产的使用权转让给承包人，直接按照其他权益性无形资产的税率开票纳税？小编认为后者这样操作，不失为一个折中的处理办法，起码可以避免了各项资产的租金应该如何分配这种会引起较大税企争议的情况。
小编对承包经营的增值税处理的看法基本就是这些了。接下来，就是企业所得税了。
二、承包经营中企业所得税的处理
承包经营关系中，谁是企业所得税的纳税人？应税收入和相关支出应计入谁的应纳税所得额？承包费用是否能税前扣除？这些问题，全部没有相关的政策法规文件明确。
不过虽然没有明确，但是可以从业务模式的实际来探讨一下企业所得税的处理的，毕竟实质课税原则是税收的一个重要原则啊。
（一）以发包人名义对外经营并承担法律责任的情况
本文的例子中，由于在承包经营期间，以发包人的名义对外经营并承担法律责任，即实质上并没有改变A有限公司原来的生产经营业务，只是更换了管理层而已，所以小编认为承包经营期间A有限公司发生的一切经营业务取得的收入、发生的相关支出（假设都符合税前扣除条件），都应该纳入该公司的应纳税所得额，并由该公司申报缴纳企业所得税，而根据税前利润90%分成给B有限公司的部分，根据上面增值税处理的讨论，实质上就是B有限公司向A有限公司提供了企业经营管理服务而应该收取的服务费用，且与A有限公司取得生产经营收入相关，同时该服务是增值税的应税项目，在B有限公司向其开具服务费发票的情况下，可以进行税前扣除。
对于B有限公司，收到该笔90%的分成收入，应该作为提供劳务收入并入本企业的应纳税所得额申报缴纳企业所得税。
（二）以承包人的名义对外经营并承担法律责任的情况
如果本文的案例改成以B有限公司的名义对外经营并承担法律责任，这时候，由于整个经营业务都以承包人作为经营主体和法律责任主体，所以小编认为业务产生的收入、成本、费用、损失等都应该并入好人有限公司的应纳税所得额，由B有限公司一并申报缴纳企业所得税。而留给发包人的税前利润10%的承包费用，根据上面增值税处理的讨论，小编认为实质上是承包人受让了发包人的整体资产包的经营使用权，其受让经营使用权的支出与取得生产经营收入相关，同时该项支出属于增值税的应税项目（转让其他权益性无形资产），所以在A有限公司向B有限公司开具增值税发票的情况下，可以进行税前扣除。
对于A有限公司，其取得的税前利润10%的承包费，应该作为转让资产使用权收入并入本企业的应纳税所得额申报缴纳企业所得税。
可能小伙伴们会有一个疑问，如果约定是按照税后利润来分成呢？这时候承包费用（或分成）还要缴纳增值税吗？纳税人是谁？企业所得税税前还能扣除吗？
关于增值税的部分，其实主要是看提供的实质服务或者经营权是否属于增值税的应税项目，如果是，就要缴纳增值税，不是就不用缴纳，至于承包费用（或分成）增值税的纳税人是谁，小编认为跟上面的结论是一致的，不会因为承包费用（或分成）是按照税前还是税后利润为基准而有差异。
那么承包费用（或分成）能否税前扣除呢？小编认为是不可以的，否则就会产生一个悖论。
我们以发包人名义对外经营并承担责任为例，此时，发包人要根据经营业务的情况计算其应纳税所得额，缴纳企业所得税以后，才能计算出税后利润，然后再按照约定的比例分出90%的税后利润给承包人，这时，如果分成支出可以税前扣除，那么前面的应纳税所得额就要发生改变，从而应纳企业所得税也相应改变，从而税后利润也相应改变……这样就会陷入一个循环计算里面了。
所以小编认为如果以税后利润作为承包费用（或分成）的计算基准，那么这部分支出（或分成）就属于税后支出，不能在税前扣除。但是，由于税法只是规定符合条件的居民企业之间的股息红利等权益性投资收益免征企业所得税，而在承包经营关系中，双方并没有股权投资关系，所以承包人在收到这笔税后支出的分成后，又需要并入自己的应纳税所得额中申报缴纳企业所得税，这样就会造成双重征税的尴尬。所以小编认为在承包经营关系中，如果双方需要按照利润等指标作为基准计算双方的分成，那么最好是约定按照税前利润等剔除了所得税影响的经营成果指标作为基准，这样可以避免陷入双重征税的境地。
以上就是对承包经营中的税务处理的一些看法和见解，欢迎大家共同探讨！
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