慢性B型肝炎患者抗病毒治療依從性良好，服用的也是強效一線抗病毒藥物，沒有耐藥，但HBV DNA遲遲壓不下去。排除部分對抗病毒藥物應答不佳的患者，相當一部分患者是脂肪肝在背後作祟。
脂肪肝會加速肝病進展，並影響患者對抗病毒治療療效。國內外臨床研究都發現，與單純的慢性B肝患者相比，脂肪肝會導致藥物的抗病毒作用明顯下降，且治療時間延長。國內有研究表明，慢性B肝合併脂肪肝與單純慢性B肝患者替比夫定抗病毒治療1年HBV DNA轉陰率分別為70%和86%，ALT復常率組分別為60%和84% 。此外，有大量臨床研究數據證明，合併脂肪肝的慢性B肝患者，更容易發生肝硬化及肝癌。其中，脂肪肝引起的患者ALT異常是一重要因素。在這種情況下，很多醫生可能為了保險，就盲目的給患者更換抗病毒治療方案，其實大可不必。我們知道，在慢性B肝抗病毒治療過程中，頻繁換藥對患者並沒有好處，特別是這樣脂肪肝合併慢性B肝的患者，換藥往往並不能解決實際問題，治標不治本。要根治這一類患者的問題，還是要回到清除肝內脂肪上來。醫生應該嚴格要求患者管住嘴，控制體重，爭取將肝內脂肪明顯減輕甚至消失。這時候，再來看抗病毒療效，如果還是不佳，再考慮換藥。
脂肪肝如何對B肝患者抗病毒治療產生影響？
B肝病毒並不是直接對人體肝細胞造成損傷，但是大量B肝病毒寄存在人體肝細胞中，在疲勞、熬夜等情況下卻會激發人體自身免疫系統，會對被B肝病毒寄存的肝細胞識別為「生病」的壞細胞進行「清除行動」。這樣一來，大量有B肝病毒寄存的「生病」肝細胞就被人體自身免疫系統破壞，導致肝臟必須不斷合成新生的肝細胞自我修復，而部分B肝病毒卻會從被「破壞」的「生病」肝細胞中，轉寄存到新生肝細胞中，使新生的肝細胞再次含有B肝病毒而被人體免疫系統「識別」破壞。長久以往，人體肝臟不堪重荷，肝臟反覆長期炎症病變，導致纖維化，甚至肝硬化，甚至肝癌的發生。
B肝病毒誘發人體免疫系統的主要靶向目標是HBsAg和HBcAg，這兩個含量越高，越可能激發人體自身的免疫清除系統。而人體肝臟內的脂肪堆積，會變相「掩護」HBsAg和HBcAg的存在，讓人體自身免疫系統不容易識別出這兩個「元兇」。這樣一來，患有脂肪肝患者的人體自身免疫系統就相對於沒有脂肪肝的患者更不容易激活，不激活免疫系統，肝細胞和B肝病毒就處於「和平共處」、「互相平衡」的免疫耐受階段。所以往往同時患有脂肪肝和慢性B肝的患者，要比單純患慢性B肝的患者不易發病，就算髮病，ALT水平也往往相對較低。此外，由於人體肝細胞內大量堆積著脂肪，不僅會壓迫肝細胞，使其變形，也會影響到肝細胞內部B肝病毒的合成速度，所以往往合併脂肪肝和慢性B肝的患者，其HBV DNA病毒載量也要較單純慢性B肝患者偏低。
萬事皆有兩面性，脂肪肝的確會延緩慢性B肝的發病，但一旦發病後，還會影響到慢性B肝的治療。除此之外，脂肪肝本身也會對肝細胞造成損傷，長久的脂肪肝本身會導致不同程度的肝纖維化，甚至肝硬化發生。脂肪肝會影響干擾素治療慢性B肝患者的療效。有細胞實驗研究證明，受到脂肪壓迫變形的肝細胞，不僅影響病毒的合成，同時一樣會影響核苷（酸）類似物干擾病毒合成的能力。肝細胞脂肪變後，大量脂肪沉積於肝細胞引起肝臟功能紊亂，破壞肝臟正常結構並使抗病毒藥物與含病毒的肝細胞膜的接觸面積減少，導致了更為廣泛的藥物分布及較低的血清藥物濃度，從而導致肝臟對藥物的有效反應下降；同時，肝細胞脂肪變也會導致藥物代謝速度減慢，改變肝臟對抗病毒藥物的敏感性，會嚴重影響肝臟最大血藥濃度和有效血藥濃度時間，使其血藥濃度低於正常慢性B肝患者的平均水平，持續時間也短於正常水平，從而達不到理想的治療劑量，也就無法很好的抑制病毒複製。從另一方面來說核苷（酸）類似物在調節血清學轉換方面，原本就弱於干擾素，這時候再加上脂肪肝對人體免疫系統的影響，使人體免疫系統無法很好的發揮作用，導致血清學轉換更加不理想，往往造成此類患者需要長期與病毒作鬥爭而療效卻不佳。
脂肪肝對慢性B肝患者的影響還是很大的，一般對於口服核苷（酸）類似物進行抗病毒治療應答不佳的患者，應該首先考慮脂肪肝及類似危險因素對療效影響的可能。伴隨脂肪肝影響慢性B肝抗病毒療效的患者占到了六成以上，且脂肪病變程度越高，其肝臟炎症程度越嚴重，肝纖維化也越嚴重。故對這類患者而言，在抗病毒治療的同時，有必要採取措施控制肥胖、糖尿病等代謝因素，以提高抗病毒療效，獲得更好的應答。大量的臨床試驗表明，對於脂肪肝合併慢性B肝的患者，在控制體重的同時採取核苷（酸）類似物治療，48周明顯改善其病毒學應答率，各項肝功能指標均有顯著改善。
最後需要再次強調的是，在抗病毒治療時一定要考慮到患者ALT升高的原因，如有脂肪肝建議患者先減體重，再根據再次檢查結果判斷是否進行抗病毒治療，切忌盲目吃保肝降酶藥，以免影響檢查結果。脂肪肝看似尋常，但其對慢性B肝的影響不可謂不大，這類患者應當對其引起足夠高的重視，以免抗病毒治療的「千里之提」，潰於脂肪肝這個「蟻穴」。