滿清入關後，歷經康雍乾三朝，乃清朝國盛最強的時刻，亦有史家認為在這個時候，清朝皇帝君主專制進一步強化。
康熙、雍正、乾隆三帝治國，均有自己的特色，他們是怎麼做的呢，以下將論述之。
一、強化皇權
由於康熙朝初年，聖祖年幼，受制於輔政大臣，而鰲拜獨攬大權，權傾朝野。後來聖祖親政以後，四海不靖，內有三藩，外有準噶爾、俄羅斯、鄭氏延平政權。於是聖祖平定海內外以後，進一步強化君主的權力。
聖祖、世宗、高宗三帝對精明幹練，勤於政務。聖祖與高宗把權力集中到自己手上，而世宗勤於政務，每日批閱無數奏摺，相比於後世君主所批閱的奏摺，每每過百甚至過千字。
聖祖設立南書房，而世宗進一步在內廷成立軍機處，把之成為定製，是君主進一步把政權掌握於自己手中。
聖祖在平定三藩之後，確立各省總督、巡撫互相督責的體制，督、撫各自向皇帝負責，以達互相制衡之效；總督、巡撫雖然有調動軍隊的權力，但駐守各省的八旗兵，由駐防將軍統領，而綠營兵則由提督指揮，總督、巡撫難以擅自調動兵馬。以避免地方割據的局面再現。
二、秘密立儲
聖祖晚年，諸子為爭奪儲位，於是在太子兩立兩廢后，聖祖再也不再復立皇太子，而雍親王胤禛最後繼位成為世宗，他明白預立皇太子弊病頗多，除造成皇帝權力與皇儲權力的矛盾外，還容易使皇太子驕橫不法，大臣籍擁立儲君拉幫結派，事後籍擁戴之功威脅皇權，對朝局不利。
世宗召集諸王及文武大臣，當眾作出了秘密建儲的規定，親書儲君之名，密封匣內，藏於干清宮寶座對上正大光明匾額之後。至於儲君是誰，除了皇帝本人外，誰也不會知道，一直要等到皇帝駕崩，大臣打開錦匣才能知道，是為秘密立儲法。
後來高宗於生前禪位於仁宗，亦是從正大光明匾額之後取下傳位詔書宣布，宣宗、文宗均按這一秘密立儲方式傳授皇位。
三、監督臣民
由於滿清以外族入主中原，下江南時更進行大屠殺，於是對以漢文化優越感自居的漢人來說，國亡之傷痛尤在。有一些士大夫，尤其是江南某些士大夫，以明朝遺民自居。
聖祖以博學鴻詞科是利誘這些遺民出仕為官。聖祖亦曾密令江寧織造曹寅、蘇州織造李煦刺探江南民情及地方輿論，隨時以密折報告。
聖祖、世宗、高宗三帝透過種種監視、密奏，及頻密的詔對，對大臣了如指掌，甚至能掌握個別大臣的辦事能力及人際關係，因此能從容駕馭群臣，令朝廷大臣及封疆大吏小心恭謹，不敢稍有欺罔。
三朝老臣張廷玉，輔助皇帝有功，但退休時推薦後繼人及乞求身後榮典，竟被斥責為貪鄙無禮，甚至抄家。世宗時李紱因參劾田文鏡，甚至幾乎被問斬。
而康雍乾三朝民間的反滿言論，或對皇帝的批評也監督甚嚴。於是清初的文字獄甚多，例如康熙朝的戴名世《南山集》案、雍正朝的查嗣庭試題案、呂留良案、乾隆朝的偽孫嘉淦奏稿案等等。
四、整頓吏治
至於康雍干三朝的寬嚴程度有所不同，由於康熙標榜仁政，晚年倦勤，對官員放縱，導致官吏貪污，吏治敗壞。而諸位皇位更爭奪儲位，更涉及宰執大臣，封疆大吏。
世宗在列位皇子爭立中，成功奪得帝位，他對康熙朝的寬仁放縱，進行大刀寬斧的整頓。昔日與世宗爭奪儲位的皇子，大多都獲罪被處分。而擁立世宗的大功臣，年羹堯和隆科多也被雍正帝整肅，世宗仇視朋黨，更親制御製朋黨論。
世人傳說世宗居於深宮之中，對外事瞭若指掌，是進行特務政治的結果。但其實世宗是依賴中央官員及地方官吏向皇帝上奏的密折制度。由於密折是君臣二人單獨的對話，而世宗更三令五申，不得把密折示人，所以密折制變成皇帝可以方便收集天下官民的訊息，地方政務、官員陰私、地方傳聞、朝務請示等等，無所不談。
世宗時的呂留良案，他保留曾靜與張熙，只對過世的呂留良及其一家進行整肅，並向天下頒布大義覺迷錄，由曾張二人現身說法。
五、寬嚴相濟
高宗即位以後，他鑒於聖祖朝寬仁過什、世宗朝嚴厲過什，採用於中間的態度，即所謂寬嚴相濟政策。對世宗朝整肅的皇叔寬免其刑罰，一改世宗朝的嚴肅氣氛。
乾隆初年，輔政大臣分為兩派，即鄂爾泰與張廷玉兩派。高宗的處理分法與世宗時並不相同，鄂爾泰與張廷玉兩人亦能得以善終，及後亦能整肅朋黨，恢復君主權威。
但高宗對文字獄亦管束甚嚴，把曾靜與張熙二人處死，禁毀大義覺迷錄等。高宗與康熙一樣，進行南巡以拉攏江南士民。在偽孫嘉淦奏稿案爆發後，在乾隆十六年，借太后大壽為名，奉太后遊覽江南。
清初由於國力強盛，皇帝可以把皇權進一步強化，聖祖強調仁政，對官員放縱、寬仁。世宗在一逢串的權力鬥爭得國，遂對朝廷綱紀，大臣進行嚴厲的整肅。高宗鑒於兩朝的得失，行寬嚴相濟的政策，以維持朝廷的統治。