說到水月庵，不能不讓人想到「水月」二字的意義。水月者，水中之月也。
水中之月為何？空虛也。
當日，菩提老祖在回答孫悟空修行「動門之道」是否可以長生的時候，曾經說：「此欲長生，亦如水中撈月。」悟空道：「師父又來了。怎麼叫做『水中撈月』？」祖師道：「月在長空，水中有影，雖然看見，只是無撈摸處，到底只成空耳。」
菩提祖師和孫悟空
而《紅樓夢》中《枉凝眉》一詞中，亦有「一個是水中月，一 個是鏡中花」一句，暗示寶黛愛情終究歸於虛幻，故而「想眼中能有多少淚珠兒，怎禁得秋流到冬，春流到夏!」這說明，絳珠仙草淚盡之日，即是重返太虛幻境之時。
水月庵，又名饅頭庵，表面上是因為庵內做的饅頭好，事實上暗含著妙玉所說「縱有千年鐵門檻，終須一個土饅頭」的含義。也即《紅樓夢曲收尾·飛鳥各投林》中的「好一似食盡鳥投林，落了片白茫茫大地真乾淨！」
因為文中在交代饅頭庵的時候說，水月庵距離鐵檻寺不遠，脂硯齋云：「不遠二字有文章。」也就是說，無論是水中月，還是鏡中花，最終都歸於空虛，剩下的只有一個「土饅頭」。
妙玉
城外土饅頭，餡草在城裡。一人吃一個，莫嫌沒滋味。——王梵志《城外土饅頭》
具體到水月庵在《紅樓夢》中涉及到的事件，那可真是多如牛毛。
第七回中，周瑞家的送花時，惜春正在和水月庵的小尼姑智能兒一起玩耍，笑說準備剃了頭做姑子去，後來果然出家為尼。這說明三春註定歸於虛幻（「勘破三春景不長」之意也）。
第十五回中，為了給秦可卿停靈（秦可卿停靈於此，也說明她的結局是情歸水月），寶玉和秦鍾跟著鳳姐來到了水月庵。
秦鍾（「情種」）因為在水月庵內結識了凈虛徒弟智能兒，兩人談起了戀愛，最終秦鍾（「情種」）因智能兒而丟了性命，兩人戀情徹底成了水中月、鏡中花。
鳳姐則因三千里銀子而答應了凈虛老尼的請求，導致張金哥這一對有情之人雙雙殉情，情歸水月。
王熙鳳弄權
第七十七回中，水月庵的智通和地藏庵的圓心聽說王夫人府上的芳官等人執意要出家，於是攛掇王夫人將她三人送給自己做徒弟，最終芳官跟了智通，蕊官藕官跟了圓心。因此這一回的回目就叫《俏丫鬟抱屈夭風流 美優伶斬情歸水月》，說的就是芳官出家的故事。因為芳官的名字很有寓意，芳官者，百花之官也，又是「絳洞花王」賈寶玉的丫鬟，因此她的離去意味著眾芳蕪穢的結局。確實，從王夫人抄檢大觀園開始，就意味著賈府（「假府」）大廈將傾。
由此可見，水月庵中，發生的都不是什麼好事，寓意的本就是情如鏡花水月，終歸成空的道理（這也是水月庵的老尼名為「凈虛」之意）。
芳官出家
除了水月庵的尼姑叫做智通，賈雨村偶至郭外時遇到一個寺廟，也叫智通，智通寺門上的一副對聯：
身後有餘忘縮手，眼前無路想回頭。
這裡的「智通」大抵就是智慧、通達之意，而賈雨村在看到這幅對聯之後，很快想出這寺里也許有一個「翻過筋斗來的」亦未可知。可見此對聯說的乃是閱盡千帆才能知道的人生道理。
其實這幅對聯的用意卻是對於寧、榮二府當頭一喝，即希望寧榮二府之人早日回頭之意。及至進入，卻只見一個老態龍鐘的老僧在煮粥，及至問他兩句話，那老僧既聾且昏，齒落舌鈍，所答非所問。
老僧
而脂硯齋在此處評價：「畢竟雨村還是俗眼，只能識得阿鳳、寶玉、黛玉等未覺之先，卻不識得既證之後。」
可見真正的高人乃是龍鍾老僧那樣的。道可道，非常道。大道不言，言語到此已覺無味。
之所以水月庵一介清修之地成為紅塵瀰漫之處，想是為了讓世人因空見色，由色生情，傳情入色，自色悟空。
其實，無論是人間的水月庵、鐵檻寺還是智通寺，都是天上的太虛幻境在人間的投影，都是為了說明人生如夢，水月皆空的道理。
紅樓夢