封神之戰發生在商朝和周朝更替時期，甚至可以說，商朝的滅亡都是天上的仙神們所主導的。商紂王帝辛原本是一位英明神武的帝王，他有能力、有雄心更有氣運，原本奄奄一息的商王朝，在商紂王帝辛統治時期，商王朝甚至有了再度崛起的可能性。但聖人女媧的出現，讓這一切都成為了泡影。
女媧娘娘作為天道聖人，卻因為商紂王帝辛的一首「褻瀆」詩而大發雷霆（其實也沒有太過褻瀆，除了最後一句「取回長樂侍君王」外，其他的都是讚美女媧娘娘的）；她使用招妖幡招來萬妖，並讓軒轅墳三妖前去覆滅商王朝。在軒轅墳三妖中的九尾狐影響下，商紂王帝辛開始變得暴戾起來，從而為商朝埋下了滅國之禍。
其實，女媧娘娘乃是修為有成的天道聖人，又哪有那麼容易動怒？很顯然，這一切是早就被安排好了的，誰安排的呢？其實答案是顯而易見的，除了鴻鈞老祖這位超脫天道聖人的道祖外，還能有誰？昊天上帝發布封神榜，闡教的元始天尊、截教的通天教主和人教的太上老君都不敢反對，可見昊天上帝的這道諭旨應該是鴻鈞老祖的意思，不然昊天上帝能命令得了他們三個？
在鴻鈞老祖的授意下，女媧娘娘當然也是欣然答應了，一場針對商紂王帝辛的陰謀就此展開，並因此，最終引發了商周大戰。但截教和闡教聯軍對此戰的態度卻是截然不同，截教門人消極抵抗，而闡教聯軍雖然論整體實力不如截教，但卻是以點擊面，加上有數位天道聖人的相助，故而截教損失慘重。
隨著截教門人紛紛戰死，終於，在三霄娘娘被元始天尊和太上老君這兩位天道聖人聯手擊敗後，通天教主再也受不了闡教聯軍的欺負，布下了「誅仙劍陣」。但闡教聯軍這一方，偏偏就有太上老君、元始天尊和西方教的接引道人、准提道人這四位天道聖人，所以「誅仙劍陣」也被破了，連四把劍都被搶走了。
在此戰中，截教的副教主多寶道人見師尊被聯手欺負，悲憤之下揮劍偷襲太上老君，結果反被太上老君用風火蒲團捲起生擒了。雖然書中並沒有明確說多寶道人的結局，但卻有一句描述多寶道人的詩句：多寶西方拜釋迦，暗示了多寶道人後來皈依佛門。
在此戰之後，截教之敗已無力回天，但通天教主仍是想博一下，於是就有了後來的「萬仙陣」；但面對天道聖人的圍攻，這無疑是一面倒的屠戮，尤其是手持「萬仙陣」核心的長耳定光仙臨陣倒戈；敗局已定，接下來就是鴻鈞老祖出面，調停雙方，帶走了通天教主；然後西方教開始收穫勝利的果實，帶走了絕大部分截教門人。
雖然這場戰爭最終是以闡教聯軍勝利而告終，但闡教也是損失慘重，尤其是在戰後；在戰後，不僅闡教的文殊廣法天尊、普賢真人和慈航道人這三大高手加入了西方教，成為了三大士；而且闡教的副教主燃燈道人也是離開闡教加入了西方教，成了西方教的燃燈古佛，應了那句「萬佛班首，祖佛源流」。
原本這場「封神之戰」只是東方仙界的戰爭，但因為元始天尊的私心，引入了西方教的接引道人和准提道人；雖然最終闡教勝了，但其實真正得到好處的卻唯有西方教而已。天庭的三百六十五路正神是早就定下的，但接引道人和准提道人卻在途中不斷的搶奪法寶和吸納雙方門人。此戰後，東方仙界頹勢已現，西方教強勢崛起，當然，這是後話了。
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