在明朝中期，奪淮入海的黃河，屢屢成災，給淮河中下游的民眾帶來了沉重的苦難。
《明史》記載，萬曆三年（1576年），黃河在崔鎮決口，淮河在高家堰決口，高郵湖在清水潭、丁志等決口，徐州、邳州、淮安南北漂沒千里，高郵、寶應、興化、鹽城被大水浸泡，淮安城幾乎被淹沒，洪水也日益逼近鳳陽府、泗洲城。
時任漕運總督吳桂芳認為，淮、揚大水奔流沖刷，是因海濱汊港長久堵塞，入海只有雲梯一條小水道，致使海水聚沙堵塞，河水泛濫。在此背景下，他提出了犧牲漣水，保全其它城市的建議。
明朝時淮安府地圖
《明史》卷八十四記載，萬曆四年二月（1577年），吳桂芳又奏道：
黃河水直抵清河與淮河合流，流經清江浦外河，東至草灣，又轉向西南，經過淮安、新城外河，轉入安東縣前，直下雲梯關入海。
近年雲梯關口多淤塞，河流一天天變淺，只有草灣地勢低下，黃河衝決，欲奪安東（今漣水）入海，因為關係到縣治所在地，多次潰決多次堵塞。去年，草灣以東自決一口，應當在決口西邊開挖新口。（此口一挖開，安東將淹沒於水下。）
俗話說：「救一路哭，不應當又計較一家哭。」今淮安、揚州、鳳陽、泗州、邳州、徐州不止一路。安東由於眾多河流在此彙集，只有文廟、縣官署還有椽瓦存在，目前已快被淹沒，不如捨棄，以拯救整個淮河流域。
古雲梯關石碑
雖然漣水受災嚴重，但幸運的是，萬曆皇帝不想捨棄，而是命令吳桂芳開鑿草灣。八月，工程竣工，長一萬一千一百餘丈，堵塞決口二十二處。
如果萬曆皇帝聽從了吳桂芳的建議，那麼，不止是漣水，整個漣水及下游的歷史將重新改寫。
2005年原清河區三壩村小鹽河
自此，黃河經草灣新河改道而東，流經漣水入海。而淮安城就此遠離黃河，清江浦代替了過去的末口，成為淮揚運河漕船入黃的主要口岸。
而原先的淮河故道，則被人們用來運鹽，河流也就被人稱為鹽河，即今天生態新城的小鹽河。