中醫和西醫是兩個完全不同的醫學體系，分別依附的是東方文明和西方科學體系；然而文化是他們的載體。
西方和中國的原始社會是沒什麼差別的，兩種醫學都是文明初期原始點低端醫學。隨著發展中國出現陰陽五行髒象經絡等醫哲體系，西方希波克拉底提出四行體液學說，可以說都是強調人與自然和諧共生。然而兩種文明就像兩支從原始點發出的文明之箭，經過數千年農業文明到工業文明演變，在言語，制度，經濟，教育等體系發生巨大變化差異。這就促成了兩種不同的思維方式。
中國哲學文化遵陰陽強調＂天人合一＂事物對立統一。
西方哲學文化則秉承＂天人二分＂，強調事物絕對對立。
中醫是建立在經驗類比模型形成的辯證思維體系。從神農嘗百草，黃帝岐伯岐黃之術，到仲景傷寒論辯證思維體系，再到衛氣營血，三焦辯證思維方法，形成完整多樣的思維體系。
中醫生命規律：天人合一，五位一體。生命觀：人生有形，不離陰陽。生命本質：候之所始，道之所生。
中國人喜歡站在生命的更高處思考問題，跳出現實，重視對生命的思考，在對人和人之間，人和自然界之間，人的精神和肉體之間的關係都有深刻的思考。
西方醫學是建立在抽象邏輯思維模型，先提出假說，通過反覆實驗論證得出結論，並且結論可重複性。
中醫東方人強調整體性和綜合性，而西方人則重視個體性。中醫強調的是整體，西醫不一樣，從解剖學的角度來說，它重視整體中的局部。從人體--器官--組織--細胞--分子--原子逐漸細分。西方人偏重於邏輯思維或者理性思維；更注重於從微觀物質世界入手，去探索和求證問題的本源。
中醫：講究整體觀念辯證論治原則；通過望聞問切四診，四診合參辯證施治！如仲景之言＂觀其脈證，知犯何逆，隨證治之＂。
中醫認為，人是一個有機的生命體，有固有的自主調控能力，而這種自主調控能力是由其平衡狀態決定的。陰陽平衡、氣血平衡、經絡平衡、體液平衡、臟腑平衡時，人體處於健康狀態。平衡態被打破，就引發疾病，因此，中醫治療是系統治療，其目的是恢復人體平衡狀態。
西醫：從整體醫學、分科醫學逐漸轉變心裡-社會-生物醫學模式。通過採集病人症狀病史，結合視，觸，叩，聽四診體徵以及各項輔助檢查，進行確診治療。臨床常用分系統進行診治。
中醫病因
《黃帝內經》將病因分為陰陽兩類：「生於陽者，得之風雨寒暑」，「生於陰者，得之飲食、居處、陰陽、喜怒」。 漢代張仲景在《金匱要略·臟腑經絡先後病脈證》病因分為三類：「千般疢難，不越三條：一者，經絡受邪，入臟腑，為內所因也；二者，四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者，房室、金刃、蟲獸所傷。」 宋代陳無擇提出「三因學說」：外所因、內所因、不內外因。 近代則將病因分為五類： 外感病因：包括六淫（風寒暑濕燥火）和癘氣。 內傷病因：包括七情（喜怒憂思悲恐驚）、飲食失宜、勞逸失度。 繼發病因：包括痰飲、瘀血、結石。 其他病因：包括外傷、寄生蟲、胎傳、諸毒、醫過。中醫學對病因的認識，是通過對患者的症狀、體徵進行分析推求而得來的，並能為治療用藥提供依據，這種方法稱之為審證求因或辨證求因。按照症狀、體徵、證候來建立病因概念，是中醫學確認病因的特殊標準和主要特點。
西醫病因：
西醫病因主要從病原微生物，化學環境變化，飲食生活習慣，人體解剖生理變化尋找病因。
中醫病機是疾病發生、發展與傳變的機理，又稱「病理」。 基本病機包括：邪正盛衰、陰陽失調、氣血失常、津液代謝失常 內生五邪，包括：風氣內動、寒從中生、濕濁內生、津傷化燥、火熱內生 病位傳變，包括：表里出入、六經傳變、三焦傳變、衛氣營血傳變、臟腑傳變等 病性轉化，包括：寒熱轉化、虛實轉化等。病程演變機理是研究疾病發生、發展和結局的一般規律的學說，包括病位傳變、病理轉化、疾病轉歸與復發等。
西醫病理生理：主要研究細胞分子變化，引起組織器官功能改變，進而造成一系列臨床症狀與體症。注重於從解剖結構微觀物質世界入手，去探索和論證問題的本質。
中醫診斷是在中醫基礎理論指導下，運用四診診法，結合症候分析病位病性，根據辯證體系八綱辯證、六經辨證、三焦辯證鑑別確立證型。診斷證型往往不分系統。具體將四診（望、聞、問、切）所收集的資料、症狀和體徵，通過分析、綜合，辨清疾病的原因、性質、部位，以及邪正之間的關係，概括、判斷為某種性質的證。
西醫診斷根據症狀分析分系統，進行現代科技檢查證實初步診斷。診斷可分解剖診斷，病因診斷，病理生理診斷。
中醫治療：根據證型，進行確立法則治法。急則治其標，緩則治其本的原則。治療手段，包括藥物療法和非藥物療法。
藥物療法又有內服和外用之分；非藥物療法很多，包括針灸、推拿按摩、食療等。在選定治療手段的基礎上，依據治法的要求，確定具體的治療方案。如選用藥物療法（治療八法汗，消，和，下，吐，溫，清，補）。祛除病因，根據證型開具方藥。應開出符合治法要求的方劑及其藥物組成，並註明劑量、製作方法、服用時間等。
若選用針灸療法應開出符合治法要求的穴位配方以及針灸手法、刺激量、刺激時間等。
西醫治療：
一般治療，藥物治療，非藥物治療。
一般治療：吸氧，心電監護，體位變化，飲食調理。
藥物治療：針對病因治療，病理生理治療，對症治療。
非藥物治療:如外科手術，介入治療，放射療法，呼吸機，血液凈化，人工心肺機等治療。
中藥:
四性:藥物有溫、熱、寒、涼、平四性，藥物作用於機體所發生的反應概括出來的，是與所治疾病的寒熱性質相對應的。五味——辛、甘（淡）、酸（澀）、苦、咸。根據藥物四氣五味屬性，歸經浮沉，確立藥物功能。如寒涼藥材多具有清熱瀉火、利尿通便、化痰開竅的作用，適用於熱性病症；溫熱藥材一般都具有溫里散寒、補火助陽、溫經通絡的功效，適用於寒性病症等。
西藥:
根據病理生理，運用現代科技化學分子合成藥物。特點純度較高，靶向性強，治療精準，副作用較多。
中醫預防:
中醫學歷來注重預防，早在中國古醫籍《黃帝內經》中記載的「聖人不治已病治未病，不治已亂治未亂」的醒世名言，提出了「治未病」的預防思想。預防，對於健康人來說，可增強體質，預防疾病的發生；對於病者而言，可防止疾病的發展與傳變。未病先防，已病防變的原則。養生方法:1．順應自然2．養性調神3．護腎保精4．體魄鍛鍊5．調攝飲食調攝飲食主要包括注意飲食宜忌及藥膳保健兩個方面。6．針灸、推拿、藥物調養。
西醫預防:
西方醫學提出三級預防策略，即病因學預防、發病學預防、臨床預防，並將其貫穿在醫學實踐的始終。
西醫的第一級預防是針對致病因素對環境和機體採取的預防措施，這和中醫「未病先防」基本一致；西醫的第二級預防即是「三早」——早期發現、早期診斷、早期治療的預防措施，這種狀態類似於中醫所稱的「欲病」；西醫的第三級預防指的是對已患某些病的患者，及時治療，防止惡化。