1757年，乾隆平定了準噶爾大小和卓的叛亂，統一了西域。1762年設立了"總統伊犁等處將軍"(簡稱伊犁將軍)，是清朝地區最高官職。統轄包括巴爾喀什湖以東、以南，額爾齊斯河上游，天山南北兩路，直至帕米爾等地的軍政事務。1764至1777年清政府在伊犁河谷修建了惠遠、綏定、寧遠、拱震、塔勒奇、廣仁、瞻德、熙春、惠寧等城，歷史上稱為伊犁九城。這時的伊梨地處新疆中心位置，是新疆的政治文化中心。
1871年，沙俄大舉進犯伊犁，占領並徹底破壞了惠遠等九城。1875年，清政府任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。左宗棠根據新疆的地理特點和敵我態勢，制定出「先北後南」、「緩進急戰」的收復新疆戰略，至1877年，消滅了入侵敵人收復除伊犁地區外的新疆大部分地區。
1880年初清政府派曾紀澤赴俄談判收復伊犁之事。同時，左宗棠也做好武力收復伊犁的準備。迫於阿古柏侵略勢力在短期內被逐滅殆盡和左宗棠西征大軍積極準備進軍伊犁的態勢，沙俄不得不與清政府就伊犁問題舉行談判。局勢對中國有利，但軟弱的清政府"深恐大局不可收拾"，指示中方代表曾紀澤作出更大讓步，於1881年簽訂《中俄伊犁條約》。
根據條約及其子約中國雖收回了伊犁九城及特克斯河 流域附近的領土，但仍割讓了塔城東北和伊犁、喀什噶爾 西約7萬多平方公里的領土。中國雖收回伊犁，但還是被俄國割占了中國西部的一塊領土，並索取大量賠款。1884年清政府在新疆設立行省，以迪化為省會。從此迪化成為新疆的政治中心。而伊梨地區處於邊界，伊寧成為邊陲重鎮。
1881年清政府收復伊犁後，次年在舊城西北7千米處重修了現今的惠遠城。城內有將軍府、參贊大臣衙署、領隊大臣衙署、綠營兵總公署、現事同知和撫民同知衙署等建築。街市繁華，有"小北京"之稱。至1912年辛亥革命，其間歷時150年，共有33人，48人次提任過伊犁將軍之職，其中頗有建樹、影響較大的有明瑞、阿桂、松筠、長齡、奕山等。1884年新疆建省後，迪化成為中心，此城的重要性大減,地位一落千丈。
伊犁將軍府保存完好，府街坐北朝南。院內古木參天;廳堂、台榭、曲徑、迴廊，依然存在。小巧玲瓏的"將軍亭"已修繕一新，佇立在青松綠樹之間。昔日將軍府門前的一對造型奇特的石獅子，仍存院內，神態逼真，惹人喜愛。
這兩具樣子很奇特的石獅子，頭像羊，耳朵像狗，鼻子又高又大又有點像俄羅斯人的大鼻子。這種模樣奇特的石獅子叫"人羊犬獅"。當時的石匠沒有見過獅子，就靠想像來設計，因當時沙俄侵犯伊犁，伊犁人憎恨沙俄人，為了醜化沙俄人，石匠們在設計將軍府院內的石獅子時，就故意將石獅子設計成了羊頭、狗耳，魚眼、鹿尾，俄羅斯人大鼻子的模樣。用意是蔑視沙俄人，將他們塑造成看門獅子狗。這些獅子長的是兔子尾巴，意在沙俄侵略者長不了！
出生湖南，並沒有到過新疆的左宗棠為何能在內憂外患重重之中一戰而勝，採取了什麼策略？有何秘訣？且在下回分解！(關注微信公眾號：NJHFHHH，在 旅行中感觸歷史）