貓咪和人類都是由基因所控制，基因決定了我們的外觀及健康狀態，良好的基因可以讓貓咪有更迷人的外表和更好的疾病抵抗力，而不良的基因則會讓貓咪發生各種畸形、先天缺陷或者更容易感染某些疾病。
很多貓咪的繁育者為了讓貓咪有更迷人的外觀，更親人的脾氣，會特別挑選特定條件的貓咪來進行配種，甚至會用近親繁殖的方式來讓好的基因保存下來或更加純粹，但所有事情很難面面俱到，在提純優良基因的同時，不良的基因也會更加純化集中，例如所謂的一線波斯，讓貓咪的臉更扁更美，但相對的也使得鼻淚管更加的扭曲，使得齒列更加不整齊，也使得鼻孔更加狹窄，對黴菌的感受性更強，所以這類扁臉貓特別容易發生鼻淚管阻塞、咬合不正、上呼吸道感染、皮黴菌病及呼吸窘迫所繼發的心血管疾病。
如何在純種化與健康上取得平衡，一直是專業育種者頭痛的問題，如果只是一般的愛貓一族，配種時應以健康考量為主，以下的幾種情況在配種前需特別注意。
近親繁殖
雖然近親繁殖可以讓好的基因保留下來且更純化，但相對得到也會讓不好的基因禍延子孫，而且對於人類來說，這種亂倫的行為也是為大多數人所不能接受的。近親繁殖會讓產生畸形胎兒及先天性缺陷後代的幾率大大提升，特別是不斷近親繁殖所產生的後代，這是已經被事實驗證過的，而不僅僅只是理論。
遺傳性疾病
有些疾病會藉由基因而遺傳給後代，若不經篩查而盲目繁育會產生更多病態的族群，而繁殖出來的後代一輩子都會被遺傳病困擾，被疾病所苦。
髖關節發育不良
這樣的疾病常見於大型犬只，貓咪也有發生的可能，但因為貓咪體重有限，所以髖關節發育不良的症狀並不會特別明顯，大多會在老年之後才發生嚴重的跛行症狀。我們可以在決定育種前進行X光照影來提前判斷有無髖關節發育不良的可能。
膝關節脫臼
這樣的疾病是小型犬的常見遺傳缺陷，如馬爾濟斯、博美、吉娃娃及迷你貴賓等，對貓咪來說也並不常見。貓咪若發生後肢跛行的症狀，會隨著年齡的增長而逐漸惡化，一旦確診後就必須考慮進行外科手術，這樣的貓咪也不應用來育種。
毛囊蟲
這也是犬只的常見遺傳性皮膚病，貓咪雖並不常見，但也可能因為長期服用類固醇而誘發毛囊蟲大量增殖，有毛囊蟲病的貓咪也不應作為育種之用。
肥大性心肌病
發病的貓咪可能會突發性後軀癱瘓、喘息、黏膜蒼白甚至突發死亡，對貓咪而言是一種死亡率高且花費不菲的疾病。
隱睪
貓咪如果超過六月齡之後睪丸仍未進入陰囊，就是所謂的隱睪。這樣的缺陷也是有家族遺傳性的，留滯在皮下或腹腔內的睪丸可能會因為長期高溫的狀態而誘發癌變，最好能在年輕時就進行手術將隱睪取出。
多囊腎
發病貓大多會在四歲之前就出現慢性腎衰竭的相關症狀，腎臟會出現持續增大的水囊腫，壓迫腎臟造成機械性傷害或局部缺血性壞死，目前還暫無治療方式可以消除或抑制水囊腫，屬於絕症類型，貓咪最後會因為尿毒而死亡。專業的育種者應該對種貓進行篩檢，若呈陽性者，就不可作為配種之用，這樣可以減少悲劇的發生。
蘇格蘭折耳貓內生軟骨瘤病
蘇格蘭折耳貓本身就是一種突變品種，其基因中存在有許多不穩定性，在某些國家更是明文規定折耳貓不可以跟折耳貓進行育種，因為會有太多可怕的先天缺陷及缺陷發生，最常見的就是內生軟骨瘤病，特徵包括短尾、掌骨、骨頭融合等等，在一歲左右就可能出現嚴重的跛行症狀。
傳染性疾病
很多小貓的傳染病是經由母貓感染的，如果母貓存在著某些傳染病或帶原時，所生下的小貓一般幾乎無一能倖免，從優生學的角度來說，攜帶傳染病的母貓在未治癒之前是不適合育種的。
皮黴菌病、耳疥蟲、疥癬
母貓若已感染這些疾病，生下來的小貓會經由接觸而被感染，若要避免新生小貓被感染，就必須在出生後立即與母貓隔離，完全由人工撫養。
白血病、愛滋病、弓形蟲
這些可怕的疾病有時並不會影響到母貓懷孕，但卻可能會傳染給新生小貓，讓這些小貓從一生下來就背負著可怕的疾病威脅。
上呼吸道感染
很多母貓在小時候已經感染過上呼吸道疾病（卡里西病毒、皰疹病毒、披衣菌等），有為數不小的感染貓會在症狀緩解後變成帶原的狀態（本身症狀輕微，但會持續排放出病毒或病原），在遇到緊迫狀況如懷孕、泌乳、環境轉換、天氣轉換時，就會出現輕微流淚或打噴嚏症狀，而這些口、鼻、眼的分泌物內含有大量的病毒或病原，很容易讓新生小貓被感染而發病。
品種
如果不是專業的貓咪育種人，並不建議進行貓咪繁殖，因為很難為所有生下的小貓都能有個美好的歸宿，而且也需考量自己的能力及知識是否足夠處理懷孕、生產、哺乳過程中所產生的問題。如果堅持要讓愛貓進行育種，或許品種就是必須考慮的，因為這會影響到小貓是否容易出售或送出。
若你的愛貓是品種貓，如英短、美短、金吉拉等，最好能進行純種的繁殖，因為不同品種間交配所產下的後代，也就是所謂的混血貓，在外觀上很難預期，市場的經濟價值也較低，屆時不論送養或是出售都會比較困難，小貓的處境會非常艱難，所以切忌為了個人的喜好而盲目繁殖，為了貓咪更是為了自己。
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人工喂養小貓的環境及食物需求