塔里木河流域管理局（簡稱塔管局）成立於1990年，是塔里木河流域水利委員會的辦事機構，受自治區水行政主管部門的行政領導。主要職能是在水利委員會及其執行委員會、水利廳的領導下，對全流域行使水資源統一管理、流域綜合治理和監督職能。塔管局為全額撥款正廳級事業單位，自2010年，自治區實施塔里木河流域水資源管理體制改革後，塔里木河流域管理局系統共有1個正廳級單位（塔管局），1個副廳級單位（下坂地建管局），15個正處級單位，5個副處級單位。目前共有幹部職工2789名（其中：在職幹部職工1620名）。
從20世紀50年代開始，由於氣候變化和人類活動影響，塔河流域下游生態環境嚴重惡化，受到黨中央和國務院的高度重視。2001年6月，國務院正式批覆了《塔里木河流域近期綜合治理規劃報告》，塔河流域近期綜合治理項目開始實施。項目建設地點分布於南疆5個地（州）的29個縣（市）和新疆生產建設兵團4個師的18個團場。截至目前，國家已下達全部投資計劃474個單項工程、投資111.34億元，其中中央投資101.79億元，配套資金9.55億元（其中，地方8.22億元，兵團1.33億元）。項目建設全面進入收尾階段。
塔河近期綜合治理實施以來，經過10餘年堅持不懈的共同努力，取得了顯著成效，有效緩解了流域生態嚴重退化的被動局面，促進了流域經濟社會發展與生態保護 「雙贏」。
一是基本實現了規劃報告確定的節水、輸水目標。目前已完成了《近期治理規劃》擬定的9大類工程項目，年節水27.22億立方米，實現了節水目標。塔河近期綜合治理項目實施以來（2001年—2013年），源流向塔河幹流多年平均輸水42.62億立方米，完成規劃目標的91.7%，大西海子下泄生態水多年平均3.3億立方米，治理工程投入運行後每年平均下泄4.75億立方米（2009年—2013年），超過了規劃報告確定的年均下泄3.5億立方米生態水的任務。輸水結束了塔河下遊河道連續斷流30年的歷史，實現了「水流到台特瑪湖，塔里木河幹流上中游林草植被得到有效保護和恢復，下游生態環境得到初步改善」的規劃目標。
二是有效保護和恢復了流域生態環境。據中科院最新監測數據顯示，同輸水前相比，塔河幹流下游距主河道1公里以內的地下水位由至地面8—12米回升到2—4米；地下水礦化度由高於3—11.1克/升降至1.5—2.6克/升；塔里木河兩岸植被重見生機，下游植被恢復面積達1333平方公里，植物物種由17種增加到46種，大量的鹽漬化耕地得到改良，沙地面積減少204平方公里，塔克拉瑪干、庫魯克塔格兩大沙漠合攏趨勢得到有效遏制，218國道經常被沙埋的問題基本得到解決，以往難覓蹤跡的野生動物也已常見，生態環境得到有效保護和恢復。
三是極大的改善了流域內水利基礎設施條件。塔河近期治理累計完成渠道防滲總長度7173公里，完成高效節水面積44萬畝，新打機井2044眼，改造平原水庫8座，完成輸水堤708公里、攔河樞紐4座、生態閘61座。治理後，流域內源流的干支兩級渠系防滲率由37.4%提高到51.4%；灌區的渠系水利用係數由規劃之初的0.4提高到0.49。流域各地控制、配置水資源的能力有效提升，生產條件明顯改善，生產總值不斷提高，有力地促進了流域經濟社會穩定發展。
四是依法治理格局初步形成，體制改革成效初顯，流域水資源統一管理明顯加強。通過13年來的流域管理實踐，流域法規體系和機制建設不斷完善，出台了我國第一部地方性流域水資源管理法規《塔里木河流域水資源管理條例》，制定了以《條例》為核心的流域配套規章制度，依法管理格局初步形成。2011年，自治區實施了塔河流域水資源管理體制改革，建立了流域水資源管理新體制。改革後，新體制的優勢充分顯現，流域水資源統一管理、調配力度明顯加強。