19世紀末期，曾經一統全國，版圖遼闊的大清帝國已經到了搖搖欲墜的狀態。國家外部，西方列強們競相在華攫取利益，尤其英國率先通過鴉片戰爭，得到在大清的「第一桶金」；國家內部，也是民間起義不斷。
如此嚴峻的情況之下，西邊的阿古柏又在沙俄支持下開始入侵新疆，並建立了「哲德沙爾汗國」，至此新疆的大部分地區皆已被占領。偏偏這個時候，鄰國日本又通過明治維新的紅利後，也成為了列強國家之一，而我國的台灣省也開始被日方滲透，「海塞之爭」也成了問題。
面對突然出現的兩個問題，以當時的清廷實力來看，要想同時解決實屬困難，而以何為重也成為了人們爭論的焦點。當時的朝廷一共分為三派，分別是以李鴻章為首的，主張放棄西北全力應對海防；時任湖南巡撫的王文韶等人則是認為以西北為重；最後一派則是左宗棠兩者並重的觀點，認為哪一處都不該輕易放棄。
雖然新疆氣候乾燥，還有著不少的荒漠，但是天山南北皆是盛產瓜果之地，而且新疆草場廣闊，牛羊遍野，馬種優良，另外新疆地下還存在著大量的金、銀、鐵和煤炭等礦產資源。雖是叫「荒漠千里」，實則就是一個聚寶盆。
除了物產資源外，新疆最優越的還是其地理意義上的重要性。一旦新疆丟失，也就意味著只要過了新疆就是一馬平川，中原根本無險可守。此外，萬一沙俄扶植的阿古柏真的占領了新疆，那麼南邊在印度苦心經營的英國人自然也不會服氣，肯定也會扶植某個勢力進取西藏。如果真的是此種情況，也意味著清朝需要增添更多的兵力守衛邊界，除了對於錢糧是巨大的消耗外，西北被過分牽扯的兵力肯定也是無暇顧及東南的海防。
在清廷的反覆商議之下，最終還是由光緒帝任命左宗棠為欽差大臣，負責督辦新疆軍務，同時應其要求調走前任欽差景廉和負責糧運幫辦的袁保恆。
受到任命後的左宗棠，在充分了解新疆地理情況和阿古柏的兵力部署後，制定了先平定北疆，再奪回南疆的戰略部署。除了充分的戰略計劃外，左宗棠又開始重新整頓軍隊、籌措軍餉等工作。
左宗棠的計劃十分完善，前期準備也很充足，不過很現實也很嚴峻的一個問題又出現了，那就是——沒錢。左宗棠出征在即時，當時的陝甘地區的軍費已經被累計欠到2000萬兩白銀，幾經波折之下，清廷最終也才從戶部撥了區區200萬兩銀子。
眼見朝廷已經指望不上了，左宗棠又通過富商胡雪岩借了1375萬兩，接著又通過洋商和華商，分別借了500萬兩和846萬兩，自此軍費的問題也算是基本得到解決了。
錢、糧和兵器都已經得到解決後，年逾花甲的左宗棠終於將大軍浩浩蕩蕩的開向西北，此番一同前行的還有左宗棠為自己準備的一口棺材。
1876年7月，左宗棠麾下的劉錦棠率部與阿古柏與古牧地發生戰鬥，最終在僅付出158人陣亡的代價下，就擊殺了5000餘敵人，並順利占領古牧地。此戰大勝後，清軍在後面的烏魯木齊、昌吉和呼圖壁的幾場戰鬥中基本都未太遇到抵抗即獲勝。在耗時數月，並且陣亡千人的瑪納斯之戰獲勝後，除了伊犁外的所有北疆地區均已被清軍成功收復。
經過休整並且熬過冬季後，清軍又於1877年4月向南疆進發，第一戰則是達坂城，收復南疆第一戰即獲勝後，清軍又連戰連捷，而阿古柏方的內部也開始起了內訌，其本人也因急火攻心而亡，也有傳言是說自殺或者是下屬殺死。阿古柏一死，敵軍內部也開始瓦解，次年1月2日清軍收復和闐。
至此，左宗棠僅用了一年半的時間就將新疆全部收回！