文｜蕭西之水
圍繞中途島作戰，日本海軍兩大部門之間卻出現矛盾：日本聯合艦隊想藉助山本五十六奇襲珍珠港的威名強行通過作戰方案，而主管海軍軍事作戰制定的日本軍令部卻要嚴格審查作戰方案，雙方也在4月2日到5日之間展開激烈辯論。
面對聯合艦隊的計劃，軍令部作戰參謀三代一就中佐提出三條反對意見：（1）中途島距離東京2200海里，距離夏威夷1000海里，美軍相比日軍更容易派遣陸基航空兵支援；（2）中途島沒有物產，一旦占領，必然導致重船去、空船回，運輸負擔會非常大，而且沒有任何收益；（3）即便能順利占領，中途島面積太小，無法容納太多飛機，即便占領中途島也無法對夏威夷形成有效威脅。總之，奪取中途島的必要性很不顯著，三代一就順勢提出所謂「美澳遮斷計劃」的設想，亦即派遣海軍主力前往澳大利亞東北部的紐幾內亞島，切斷美國與澳大利亞之間的聯絡，這就完全與聯合艦隊的想法背道而馳。
到這一步，戰略之爭已經變成部門之爭，一旦中途島作戰遭到否決，未來聯合艦隊會進一步喪失戰略制定權；但三代一就的反駁非常有力，局勢一邊倒向軍令部，這當然讓聯合艦隊非常擔憂。聯合艦隊祭出最後一招，不在軍令部與中佐級的參謀較勁，而是直接找到軍令部總長永野修身大將尋求「內定」。
永野修身，時任日本海軍軍令部總長
之所以強調軍銜，是因為軍銜象徵了軍隊官僚等級，而高階官僚與低階官僚的政治博弈完全不同。從軍令部參謀角度出發，聯合艦隊參謀本就是對手，又熱衷獨斷專行，雙方一直是針鋒相對；然而到了高級官僚層面，山本五十六就更是夥伴，考慮到山本五十六擔任過海軍次官（海軍省），又執掌過聯合艦隊，未來接替永野修身成為下一任軍令部總長也未可知。所以提案送到高層，政治博弈的環境就變了，作戰勝利能分一杯羹、作戰失敗也是山本五十六擔責任，那如今永野修身就不如賣一份人情。
針對這件事，晚年的三代一就在1982年舊海軍士官組織的「海軍反省會」中大發牢騷：「我對永野的印象很不好，珍珠港、中途島兩次作戰無論我怎麼反對，他都只會說『這樣啊，山本都這麼說了，那要不然就聽山本的話試試吧！』」
在日本軍隊官僚體系的痼疾促使下，三代一就的正確意見沒有得到採納；隨後4月18日美國發動杜立特空襲，這也讓日本海軍再無猶豫，最終在5月5日同時下達「MI」（中途島）、「AL」（阿留申）兩份作戰命令。
既然要在中途島決戰，又為什麼不把兵力集中於中途島，反而要同時分兵進攻遠在北太平洋的阿留申群島呢？
一般認為「AL」是「MI」的佯攻，希望轉嫁珍珠港美國軍隊的注意力。但問題在於，日軍對於兩者的攻擊開始時間都設置在（東京時間）6月4日，如果兩島同時受到攻擊，珍珠港美軍不可能放著距離1000海里的中途島不去援救，轉而去援救距離超過1500海里的阿留申群島。而且從實際配置來看，阿留申群島動用了日軍當時的8艘戰列艦（共11艘）與4艘航母（共11艘）等50艘各式艦艇，甚至要求中途島作戰部隊在後期調出一部分艦船北上支持，換言之如果非要說佯攻，或許說中途島作戰是阿留申作戰的佯攻還更能說通一點。
事實上，阿留申作戰有其獨立目的：「攻克或破壞阿留申群島西部要地，使該方面敵軍的機動與航空作戰變得困難」，「（阿留申群島駐紮的）空中與地面部隊將防禦來自北方的入侵，並能阻斷美國與蘇聯的通訊聯繫。」如果以北極為中心觀察地球，會發現美國從北邊進攻日本的路線是最近的，一旦美國在阿留申群島設置機場，就能夠直接威脅到日本本土（當然日本人不知道，阿留申群島的氣候條件無法建設機場）。所以，日本進攻阿留申群島的真正目的是防範美軍（甚至是美蘇兩軍聯合）從北太平洋進攻日本本土的路線，與中途島作戰無關。
那為什麼要在這個關鍵時候，加上一個與中途島作戰毫無關聯的其他戰略目標呢？其主要原因，便是因為中途島作戰是山本五十六一意孤行的產物，而且軍令部基層參謀的反對也讓永野修身非常擔憂。為防中途島作戰一敗塗地，軍令部才給聯合艦隊加上一個更容易達成的目標，這樣要是中途島作戰勝了自然最好，如果敗了，日軍也一樣能夠占領一個屬於美國的島嶼，挽回一些顏面。
山本五十六，時任日本海軍聯合艦隊司令長官
可以看出，與其說阿留申作戰的分兵是出於佯攻，不如說是日本海軍官僚對山本五十六獨斷專行的一種反制或預防，這也恰恰說明山本五十六在日本海軍之中的形象非常差勁。