所謂「一朝天子一朝臣」，慈禧死後，李蓮英權勢不再，失去了在人前風光的資本。李蓮英雖然不缺錢財，但得罪了不少人，靠山一倒，難免會被他人反撲，尤其是新任的太監總管小德張，一直試圖置李蓮英於死地。好在李蓮英給自己留後手，又受寵於隆裕太后，才能順利離開紫禁城。
沒有主子的他，躲在棉花胡同獨活了3年，就悄然離世了。據說死後，身首異處，除了一顆頭顱和大量陪葬珍寶外，其餘屍骸一無所存。雖然李蓮英之死是一個謎，但失去了靠山的李蓮英，死的時候，還是得到了很多人的幫襯。可見，李蓮英在為人處世方面，還是有一定獨到之處的。
李蓮英在深宮中能過得如魚得水，也並非輕而易舉。九歲時在同鄉太監沈蘭玉的介紹下，再由鄭親王端華送進皇宮裡的。1864年之前，他先後在奏事處和景仁宮當差。
那時的李蓮英，在清宮太監中還算是小字輩，排不上號。而當時權勢最盛的太監，是總管太監安德海。
咸豐皇帝還活著的時候，安德海就深受咸豐信任。咸豐死後，安德海參與了慈禧與八位輔政大臣的較量，立了大功，從此之後，備受慈禧信任。
但安德海為人太過飛揚跋扈，借著同治皇帝大婚的由頭，要去江南採辦，路過山東時，被山東巡撫丁寶楨抓起來給砍了頭。這件事對李蓮英影響很大。
安德海被砍頭後，皇宮中再沒有一個宮人能讓慈禧使喚順心了，這就成了李蓮英的機會。但是從什麼地方入手引起慈禧的注意呢？
據說，李蓮英為了磨鍊自己梳頭的技藝，還特意請假去了八大胡同的花街柳巷，跟那裡的姑娘們學梳頭。總之，李蓮英苦練梳頭的本領，技藝越來越純熟，也漸漸在宮中有了名氣，得到了「篦小李」的綽號。
李蓮英感覺時機成熟，便找到給慈禧梳頭的小太監和同鄉沈蘭玉，懇求他們幫忙向慈禧推薦他。所以才有機會出現在慈禧的面前。
第一次為慈禧梳頭，李蓮英便破釜沉舟，把在青樓里學到的髮型梳在了慈禧的頭上。
慈禧看著李蓮英梳的髮型很新穎，鳳顏大悅，臉上有了笑模樣，李蓮英成功引起慈禧的關注。
當然，李蓮英能得到慈禧的信任，並不僅僅是因為梳頭。李蓮英最厲害的是，揣摩透了慈禧的脾氣和愛好，千方百計地討慈禧歡喜。
慈禧雖說權傾天下，但內心難免有著不少孤獨寂寞。因此，在李蓮英的曲意奉承下，慈禧漸漸離不開李蓮英了。
而兩人的關係，按理來說，是「主僕」「君臣」，但實際上漸漸有了點朋友的味道。
在《晚清宮廷生活見聞》中有記載：「每天三頓飯，早晚起居，二人都派人當面問候，慈禧時常召李蓮英到她的寢宮中，談些長生之術，兩人一談，常常談到深夜。」
而李蓮英對慈禧可謂是忠心耿耿，感恩戴德。八國聯軍侵華時，慈禧倉皇西逃，車疾路滑，遭遇車禍，李蓮英用身體捨命為慈禧抵擋住將要駛進溝中的馬車。
即便得到慈禧如此信任，李蓮英依舊小心謹慎，唯恐得罪人太多。他這是吸取了當年安德海的教訓，知道要低調做人，與人為善。
那時，李蓮英就已經在給自己留後路，在西逃路上，光緒凍得瑟瑟發抖的時候，是李蓮英給他披的大衣，光緒對李蓮英評價很高，可惜李蓮英卻沒料到光緒會先走慈禧一步。
其實，當返京後，李蓮英曾多次奏請慈禧，希望出宮頤養天年，但屢次被慈禧駁回。
當時，在慈禧的積威之下，皇宮內外，無論是文武大臣，還是宮女太監，人人都過得膽戰心驚。
即便是慈禧的親侄女、光緒的皇后隆裕，也是每天提心弔膽的，生怕什麼時候就觸犯了慈禧的禁忌，吃不了兜著走。而李蓮英不僅對朝中的大臣客客氣氣，以奴才自居，對待惹了慈禧的宮女嬪妃們，也是曲意維護。
有一年過年吃餃子，隆裕就出了岔子。
滿族的祖上有規矩，大年初二接財神，接財神的這一天得吃餃子。宮裡餃子的吃法與別處不同，在做餃子的時候，有四個餃子裡包了黃豆粒那麼大的小金錁子。在包餃子的時候，李蓮英就吩咐把這四個餃子都做了記號，要留給慈禧吃，為的便是哄慈禧高興。
誰知這一次，四個包了金錁子的餃子，一個被隆裕給吃了，只剩下三個，隆裕吃了餃子也不敢出聲，偷偷把金錁子攥在手心裡。
李蓮英趕緊繞到隆裕皇后的身後，用胳膊碰了她一下，隆裕立刻明白了李蓮英的意思，連忙將金錁子偷偷從背後放到李蓮英的手裡。
李蓮英帶著金錁子回到御膳房讓御廚又包了一盤，端到慈禧的面前，勸她吃點熱乎的。
如此，四個金錁子慈禧都如數吃出來了，慈禧大為歡心。而隆裕自然也對李蓮英感恩戴德。
1908年慈禧去世，這時的李蓮英也年事已高，他為慈禧守孝百日後，被特赦出宮養老。李蓮英這次能出宮，多虧了隆裕太后。
隆裕也是個苦命人，她被慈禧指派給光緒為皇后，卻不得光緒歡心，守了二十年活寡。這二十年中，她謹小慎微，生怕一不小心得罪慈禧，難以在皇宮中立足。
但時間長了，總有考慮不到的時候，也多虧了李蓮英從中緩頰，才把這二十年熬過去。
慈禧去世之後，隆裕總算是從多年的媳婦熬成了婆，成了皇太后，也能做宮裡的主了。
李蓮英雖然在皇宮裡是一個伺候人的角色，但早已積攢下豐厚的家產，他的房產，從內城到外城有許多處。據說他還在皇宮裡存了三百萬兩白銀。
此時李蓮英除了守靈外，便是考慮下步安排，在為慈禧守孝百天回來後，便將他以往慈禧賞識的珍寶，全部上交給了隆裕皇后。
隆裕皇后想到這些年李蓮英幫了她不少忙，又上交這麼多珍寶，就大發慈悲恩准他出宮。
不過，由於這小德張為人陰險狠辣，當了總管太監之後，見人人依舊都說老總管李蓮英的好，自然是氣憤不過，就想弄死李蓮英。
幸好隆裕太后沒忘李蓮英對自己的恩情，便讓李蓮英出宮了。後來，又是隆裕發話，讓小德張收斂，才讓李蓮英能得以善終。
至於他在宮內藏了300萬兩白銀，由於數額太過龐大，拉走太顯眼，他索性就留在了宮中。
後來，這些白銀被幾個貪財的太監發現，偷偷瓜分了，不過被隆裕太后知道了，便將這幾個太監偷偷處死，這些白銀到最後還是落在隆裕手裡。
李蓮英出宮後，隱居在棉花胡同83號，從不出門，不與朝臣們見面，甚至往日的屬下和徒弟，也再沒見過他的面。
棉花胡同位於西城區東北部，護國寺邊上。這條胡同也是一條老胡同，相傳明朝巾幗英雄秦良玉北上勤王，就駐紮在這裡。由於國庫空虛，秦良玉自籌軍餉，組織士兵們紡織棉布，這胡同因此而得名。
李蓮英的諸多房產里，大多是慈禧賞賜的，唯有這一處是自己置辦的。
此外，據《老太監回憶錄》里說，李蓮英把他收藏在宮裡的80萬金條，按親疏關係分給了他的親信和親屬們。他的這此舉就是「舍財保命」，告訴所有人：自己錢財都送出去了。
李蓮英出宮後，自然不用像其他太監那樣憂心養老的事情，一來自己身家巨富，二來幾個嗣子和侄兒看起來倒也還孝順。
此外，除了他的四個嗣子以及幾個親厚的侄兒外，什麼亂七八糟的各方親戚，整天吵鬧，也想從他這裡分一杯羹。
為此，他還搬了一次家，最初住在西苑門外北夾道，後來又搬到棉花胡同，深居簡出。
就這樣在各種窺探的目光中度過三年時間後，李蓮英的生命走到了盡頭。臨死之前，他交代後輩：
第一是勤儉持家，防止坐吃山空；二是他死後一定要奏明朝廷，請隆裕太后恩準定奪；最後把他手中的銀兩都分給幾個嗣子和侄兒。
此外，李蓮英在宮中還存有三百多萬兩白銀和兩箱珠寶，但他告訴後人，不要再惦記這件事了。
李蓮英去世後，雖說此時的清朝已經殘燈末廟，但隆裕皇太后，依舊賞銀給這位昔日的總管太監千兩白銀的喪葬費。而且墓地石牌坊橫額：「欽賜大總管事公之墓」。
李蓮英雖然是死於衰老之年，看似得到了善終，但後來發現李蓮英的墓中，只有頭顱是完好無損，其餘的軀幹骨骸「消失無蹤」。
這樣一來，人們自然關注死李蓮英的死因來。由於沒有詳細記載，這位在大清朝末期呼風喚雨的昔日太監總管的死因是一個謎。
對於李蓮英的死因，眾說紛紜。傳說李蓮英被人暗殺於「河北、山東交界之處」，還有說「李蓮英是因為討債被人暗殺」等等傳說。
當然，這些傳說不能作為判定李蓮英死因的憑據，但是也為這個問題提供了一些線索。
據李蓮英的繼子孫講，李蓮英生前哀嘆「財大禍也大」，這表明生前他已經有了不祥的預兆，認為這巨額財產會給自己帶來禍患。
說明這些人曾因圖謀李蓮英的財產而發生過爭鬥。
李蓮英雖為人處事低調謹慎，但特別愛財，生前斂財無度，積累了億萬家財，但這些錢財都來路不正，再加上他逢迎慈禧太后，乾了不少壞事，結下了太多的仇家。
慈禧一死，頓失靠山，雖說在隆裕太后的幫助下離開了紫禁城，但圖謀他錢財的那些人自然不會就止罷休。尤其是小德張，他面奏太后下手諭，命清宮內務府查辦李蓮英。
李蓮英聽到消息後惶恐不安，趕緊派人秘密去江朝宗府上求救。江朝宗是清末第一號實權派人物袁世凱的親信，慈禧在時，李蓮英和江朝宗「交情不淺」，互相利用。
果然錢能通神，在此情況下，李蓮英把家裡的財寶源源不斷送到江府，江朝宗向隆裕太后暗示，對李蓮英手下留情，迫於袁世凱的勢力，隆裕太后只好放鬆對李蓮英的追查。
也有學者指出，李蓮英確實是死於疾病。之所以在其棺槨中只見到其頭顱，是因為他始終以自己是「半殘之身」為恥，認為死後無面目見九泉之下祖宗，於是臨死前吩咐兒孫們死後只留頭顱，至於軀幹則索性捨棄。
要不，他的家人對外一致宣稱是病死的，「病因是痢疾不治。」
這一說法還是有一定道理的，縱觀李蓮英的一生，也只有可能因為無顏見列祖列宗而將自己的軀幹捨棄，但是由於缺乏更有力的記載，這一說法還只能停留在推測的基礎上。
但不管他的死因到底如何，現在人們已經知道了李蓮英死無全屍，不是善終，身首異處的結局也許是對他為虎作倀的最好報應。
總之，慈禧去世，李蓮英的靠山頓失，轉而投靠隆裕太后，這這才避免了王公大臣們的捕殺。李蓮英離開皇宮後一直生活得很隱秘，雖不缺錢財，但他的仇家可是個個想要他的命，他深知樹大招風的道理，所以，好幾處住宅都分散給了親戚們住。
他大部分時間都躲在這棉花胡同83號，從不敢貿然外出。在沒有主子的庇護下，一人獨活三年，就悄然離世了。死後，隆裕皇太后依舊賞賜給他千兩白銀的喪葬費。相對於安德海，李蓮英的晚年算是不錯的了。