1860年春天，太平天國名將李秀成在率部攻破江南大營後，趁勢東征，進入江浙地區，連克數城，兵鋒直逼兩江總督駐地常州。
時任兩江總督叫何桂清。當時，常州尚有數萬人馬，兵強馬壯，糧食充足。常州民眾非常支持何桂清，眾志成城。然而，何桂清被太平軍所向披靡、清軍兵敗如山倒的景象嚇得心膽俱裂，不思抵抗，反而在總管糧台查文經的建議下，喬裝改扮後帶著一隊親兵從東門逃出常州。
更加惡劣的是，何桂清在逃出常州時，遇到常州士紳跪阻。何桂清下令隨從開槍，打死了19人。
何桂清臨陣逃脫，在朝野引發了一場震盪。咸豐皇帝震怒，下令將他革職逮問，以曾國藩繼任兩江總督。接下來，由於發生英法聯軍進犯京師事件，咸豐皇帝逃到承德熱河避暑山莊，不久又病逝，無暇過問何桂清一案，讓何桂清在上海苟且偷生了兩年。
1862年，同治皇帝坐穩了皇位後，何桂清一案重新提上議事日程。很快，江蘇巡撫李鴻章派人從上海抓獲何桂清，押送至京城，下於刑部大獄。
刑部對何桂清進行了初審。按照《大清律例》，封疆大吏失守城池應該處以斬監候，秋後處斬。由於在處決之前需要經過御筆「勾決」，就留下了操作空間。一個叫餘光倬的刑部直隸司郎中，恰好是常州人，對何桂清恨之入骨，以何桂清「擊殺執香跪留父老十九人，忍心害理，罪當加重」為由，判定「斬立決」，斷了他逃生的念想。
案子送到同治皇帝面前。那時候，同治皇帝年幼，由慈安太后、慈禧太后以垂簾聽政的方式掌握大權。慈安太后性格溫和，處理朝政多數由慈禧太后負責。因此，在很大程度上，慈禧太后的態度決定了何桂清的生死。
慈禧太后掌權之初，信奉君臣「同治」，不忍心輕殺大臣，因此以同治皇帝的命令，發了一道上諭，命大學士、六部、九卿、詹事、科道會議進行會審。與此同時，慈禧太后發了一道懿旨：「何桂清曾任一品大員，用刑宜慎，如有疑義，不妨各陳所見。」慈禧太后要大家暢所欲言，言外之意，是打算放何桂清一馬。
何桂清是1835年的進士，做過19年京官，又做過6年封疆大吏，在朝廷裡面擁有一批好友、部屬，自然會趁此機會為他說話。包括體仁閣大學士祁寯藻、工部尚書萬青藜、御史高延祜、順天府尹石贊清、內閣侍讀學士王拯等人，都聯名上奏，希望免除何桂清的死罪。戶部侍郎董恂、左副都御史志和等12名大臣態度不明，但也傾向於保全何桂清不死。
在為何桂清說話的大臣里，祁寯藻是一個非常重要的人物。他歷經嘉慶、道光、咸豐、同治4朝而屹立不倒，是朝廷里的常青樹，德高望重，官至體仁閣大學士、領班軍機大臣、太子太保。同治皇帝繼位後，祁寯藻奉命在弘德殿教授年幼的同治皇帝讀書，且為領班老師。
祁寯藻為何桂清辯護時，引用了一條很得力的證據，出自嘉慶皇帝的諭旨：「引律斷獄，不得於律外又稱『不足蔽辜』及『從重』等字樣。」這就意味著，刑部給何桂清擬定的加重罪名，是不符合祖制的。
眼看保全何桂清一派占了上風，扳倒何桂清一派不甘示弱。軍機章京張德容上疏朝廷，與祁寯藻的觀點針鋒相對，認為嘉慶皇帝的諭旨里雖然規定斷罪不得有「從重」字樣，但這是指尋常罪行，不適合罪情特別重大者。況且道光年間浙江提督餘步雲失守鎮海而逃，咸豐年間湖北巡撫青麟失守武昌而逃，都被朝廷處決，祁寯藻不站出來說話，為何偏偏要拚命保護何桂清？
雙方展開了一場激烈的辯論，公說公有理婆說婆有理，誰也說服不了誰。慈禧太后無所適從。就在這時候，太常寺正卿李棠階上了一道密奏，稱：「刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？」李棠階跳出了《大清律例》的條文之爭，直接拿軍務大局說話，堪稱一針見血。
慈禧太后不懂《大清律例》，但對這一番道理還是很明白的，此前寬容何桂清的想法產生了動搖。
最終，慈禧太后和恭親王商議後，決定尊重大部分大臣的意見，將何桂清於當年秋後處決。諭旨中說道：「已革兩江總督何桂清一犯，因廷臣會議，互有異同，酌中定議，將該犯比照帶兵大員失陷城寨本律，予以新監候，秋後處決，已屬法外之仁。」
1862年秋天，何桂清被問斬於京城菜市口刑場，年僅46歲。
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