2019年12月1日起，廣深線城際動車正式啟用微信方式掃碼乘車，前往深圳火車站乘坐廣深線城際動車的旅客，打開微信乘車碼掃碼即可進站乘車。乘車前，旅客在微信小程序「廣深城際通」上進行實名認證、人證比對等註冊操作，成功註冊後方可使用微信乘車碼進出站和乘車。此外，鐵路部門提醒，微信乘車僅適用於普通成人二等座車票，不適用於優惠票，需要享受優惠時應提前購票乘車。早在今年1月，廣深城際鐵路已支持支付寶掃碼乘車，乘客不用提前買票，打開手機上的支付寶小程序就能直接刷碼進站，支持的站點包含廣州、廣州東、東莞、常平、樟木頭、平湖、深圳。
據移動支付網了解，旅客刷碼進閘後，要在3小時內刷碼出閘，系統將會根據旅客正常的進、出閘記錄，扣除相應的乘車費用。為方便旅客出行，旅客可使用「行程預約」功能，預約乘車車次，如需取消行程要不晚於開車前30分鐘進行操作。
旅客進閘後臨時取消行程，在同一車站出閘時，須到車站指定人工窗口處理。具體規定為30分鐘以內的，經客運值班員確認未乘車的，不扣除費用；超過30分鐘、1小時以內的，按廣深城際線進閘車站至異地城市最近到站的票價扣除；超過1小時、3小時以內的，按廣深城際線進閘車站至最遠到站的票價扣除；超過3小時的，按廣深城際線全程票價扣除。
如何開通？
城際掃碼整個開通流程較為簡單，而開通之後，打開體驗也猶如地鐵乘車碼一般。
註冊開通
1、微信搜索或線下掃碼，進入小程序「廣深城際通」，點擊「立即開通」，授權手機號碼允許使用。
2、點擊「開通免密支付」，點擊「同意授權」，確認微信支付免密支付已開通後點擊「返回」。
身份驗證
1、進入「身份驗證」介面，輸入微信付款密碼，確認為本人操作。
2、點擊「微信實名驗證」，確認實名信息，點擊「同意授權」。
3、進入「人臉識別信息確認」介面，同意協議後點擊「下一步」，保持姿勢不變，進行人臉識別，系統提示「識別成功」即可。
乘車使用
手機打開微信小程序「掃碼乘車」，將乘車碼對準閘機，即可刷碼進站，旅客請按照小程序顯示的車次和座位信息候乘上車。
到站後，再次刷乘車碼出站，系統將自動按照行程進行扣費。
支付寶於1月已經開通
今年1月，廣深城際鐵路宣布1月21日起，乘客不用提前買票，打開手機上的支付寶小程序就能直接刷碼進站，支持的站點包含廣州、廣州東、東莞、常平、樟木頭、平湖、深圳。
乘車前，乘客打開支付寶APP，搜索「廣深城際掃碼通」，按照提示刷臉完成身份認證，開通相關功能。出行當天就能直接使用支付寶刷碼進站，無需到窗口和自動售票機排隊購票，也無需提前在網上購票。旅客刷碼進站成功後，將會收到一條簡訊，告知最近一班火車的車次、座位號。進站時按照二等座全程費用預扣費，到達目的地後，系統會按照實際產生的票價計費。