作者 | 唐一塵 王瑞雪

近日，預印本伺服器相繼發表多篇論文，討論了旅行限制和旅客篩查等措施的影響。

研究人員估計，即使在最理想的情況下，旅客篩查也會漏掉大約一半的感染旅客。

風險評估還確定了中國多個城市可能存在未發現的感染病例。

此外，研究人員還提出4種可能的候選藥物(一種基於ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一種新型的乙烯基碸蛋白酶抑制劑)，可用於治療2019-nCoV患者。

MedRxiv

旅行者篩查對預防新型冠狀病毒國際傳播的有效性評估

目前，旅行者篩查被用於限制新型冠狀病毒的進一步全球傳播。在此，美國芝加哥大學和加州大學洛杉磯分校等機構研究人員，在考慮了主要nCoV生活史和流行病學參數值尚不確定的前提下，分析了不同旅行篩查項目的預期影響。

即便假設條件較好，研究人員估計篩查也會漏掉大約一半的受感染旅客。

即使在最理想的情況下，20個亞臨床病例中只有一個感染，且所有旅客都通過了出發和到達的篩查，檢測到的受感染旅客的中位數也只有0.31（區間是0.17~0.48）。考慮到在旅行中出現症狀的可能性，到達時的篩查優於離開時的篩查。

而且亞臨床病例比例較高，篩查程序的總體有效性會進一步降低，在最糟糕的情況下，通過離境篩查發現的受感染旅客的中位數僅為1/5。

通過分析導致篩查成功和失敗的因素，研究人員發現，大多數被篩查遺漏的病例從根本上是無法檢測到的，因為大多數旅行者是最近感染的，因此還沒有發展到有症狀的階段，而且很少人知道他們的暴露風險。

這些發現強調了有必要採取措施，追蹤那些被遺漏的旅行者。研究人員開發了交互使用模型

（https://faculty.eeb.ucla.edu/lloydsmith/screeningmodel），以便公眾使用最新的信息。他們希望這些發現有助於制定以證據為基礎的政策，以遏制冠狀病毒的傳播，並為未來減輕新出現病原體的前瞻性規劃作出貢獻。

作者：

Katelyn Gostic、Ana C. R. Gomez、Riley O. Mummah、Adam J. Kucharski、James O. Lloyd-Smith

相關論文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.28.20019224

武漢檢疫前新型冠狀病毒的輸入風險

1月23日，中國對武漢及周邊城市實施了旅行隔離，以遏制新型冠狀病毒的地理擴張。

在這裡，美國得州大學奧斯汀分校等機構研究人員，使用地面、鐵路和航空旅行數據，估計了新型冠狀病毒病例在隔離前3周從武漢輸入到中國370個城市的機率。

根據估計的R0為2.56 （區間2.09~2.78），研究人員發現在約131個城市，包括6個人口超過200萬且1月27日沒有報告病例的城市，實施檢疫前引入的機率超過50%。

研究人員認為，這一風險評估確定了中國多個城市可能存在未發現的感染病例，並認為在2020年初，地面和鐵路旅行的種子病例遠遠超出武漢地區檢疫範圍。

（a） 每日往來武漢的交通量，黑影表示春運的開始。

（b） 到2020年1月22日，武漢至少有一例感染病例傳播至全國各城市的機率。風險閾值高於50%的131個城市和低於50%的239個城市分別用橙色和藍色表示。

作者：

Zhanwei Du、Ling Wang、Simon Cauchemez、Xiaoke Xu、Xianwen Wang、Benjamin J Cowling、Lauren Ancel Meyers

相關論文信息：

https://doi.org/10.1101/2020.01.28.20019299

ChemRxiv

吸取過去的教訓：2019-nCoV引起的嚴重急性呼吸道感染的可能緊急預防和治療選擇

鑒於2019-nCoV疫情發展軌跡目前未知，將需要公共衛生和藥物措施來遏制病毒的傳播並優化患者的治療結果。

雖然，人們對這種病毒的了解甚少，但對其基因組序列研究顯示，它與SARS-CoV具有很強的同源性。而科學家對後者已經有了較深入研究。

美國得州農工大學研究人員發現，用於宿主細胞感染的突刺蛋白顯示出關鍵的非同義突變，這可能會妨礙先前開發的治療方法的有效性，但它仍然是生物製劑和大環肽開發的可行目標。

冠狀病毒進入並在宿主細胞內複製的生命周期。

此外，包括RdRp和3CLpro在內的其他關鍵藥物靶標與SARS-CoV具有高同源性(>95%)。因此，研究人員提出4種可能的候選藥物(一種基於ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一種新型的乙烯基碸蛋白酶抑制劑)，可用於治療2019-nCoV患者。

研究人員希望通過總結相關藥物研發經經歷，能幫助開發廣譜抗冠狀病毒藥物，以應對未來的流行病。

作者：

Jared S. Morse、Tyler Lalonde、Shiqing Xu、Wenshe Liu

相關論文信息：

https://chemrxiv.org/articles/Learning_from_the_Past_Possible_Urgent_Prevention_and_Treatment_Options_for_Severe_Acute_Respiratory_Infections_Caused_by_2019-nCoV/11728983

BioRxiv

新型人冠狀病毒2019-nCoV的跨物種進化及疫苗研發免疫決定因素的研究

2019年12月，中國武漢市爆發新型冠狀病毒（nCoV），目前已蔓延至全球多個國家，各國均加大了防控力度。

這種人類病原體是β-冠狀病毒的一員，攜帶3萬鹼基的單鏈陽性RNA基因組。

了解這種新型病毒的進化、人畜共患傳播和來源，將有助於加速遏制和預防工作。

2020年1月30日，美國加利福尼亞大學研究團隊詳細分析了2019-nCoV的基因組進化和疫苗開發的潛在候選肽類。

這種nCoV基因型可能是通過積累非同義突變、indels和重組事件從蝙蝠冠狀病毒進化而來的。S蛋白和M蛋白髮生了廣泛的突變，而E蛋白和N蛋白則非常保守，在進化過程中對2019-nCoV施加了不同的選擇壓力。

有趣的是，2019-nCoV 的S蛋白含有39個核苷酸序列插入，這與印度洋-太平洋常見的一種魚類的基因組序列同源。

此外，研究組在S、E、M和N蛋白中確定了8個高結合親和力（HBA）的CD4 T細胞表位，該表位通常在亞太地區人群HLA-DR等位基因上識別。

這些免疫顯性表位可被納入通用亞單位CoV疫苗中。

不同的HLA類型和表位結合親和力的變化可能有助於確定人類循環病毒的廣泛免疫病理結果。

該發現強調了在活體動物市場上持續監測CoV菌株的必要性，以更好地了解病毒對人類宿主的適應，並制定切實可行的解決方案，防止新的致病性CoV菌株出現。

作者：

Arunachalam Ramaiah, Vaithilingaraja Arumugaswami

相關論文信息：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925867v1

從基因組測序數據中解釋性檢測新的人類病毒

病毒的進化速度非常快，因此需要可靠的病毒宿主預測方法來保障生物安全。

新型人類感染病毒很難用標準的生物信息學工作流程來檢測。

2020年1月30日，德國羅伯特·科赫研究所對病毒是否能通過下一代測序結果直接感染人類進行了預測。

研究組證明深神經結構明顯優於淺層機器學習和標準的、基於同源性的算法，將錯誤率降低一半，並將其歸納到與試驗中出現情況相差甚遠的分類單元。

研究組提出了一種新的卷積濾波器可視化方法，將每個核苷酸的信息內容與其對最終分類決策的貢獻分離開來。

病原體基因組和感染表型之間的已知關聯的核苷酸解析圖可用於檢測新製劑中的毒力相關基因，正如2019-nCoV冠狀病毒，其在2019年12月導致肺炎爆發之前一直處於未知狀態。

作者：

Jakub M. Bartoszewicz, Anja Seidel, Bernhard Y Renard

相關論文信息：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925354v1

（封面圖片來源：新華網）

編輯 | 宗華 趙路

排版 | 華園