開辦診所的範圍有所不同：兩種證書都是由國家政策引導下進行的考核，在拿證後都具備開診所的資質。區別在於中醫(專長)醫師證能直接在當地開診所，無需備案;而持有中醫類執業資格證的人員相對來說多了一道門檻——5年在其他醫療機構從業經歷，滿足條件後才能順利開業。
中醫類別執業醫師執業範圍包括：1、中醫專業2、中西醫結合專業3、蒙醫專業4、藏醫專業5、維醫專業6、傣醫專業7、省級以上衛生行政部門規定的其他專業。相比之下，中醫類執業證能夠開展的服務更全面，其中任何一項專業的執業範圍更廣。
報考條件上的差異：1.中醫專長證要求：通過師承方式學習中醫或者經多年實踐有專業中醫技術的民間中醫，醫術確有專長的人員，可以申請參加中醫醫術確有專長人員醫師資格考核。2.中醫類執業資格證：參加中醫執業醫師資格考試的考生分為三類：一類是具有國家承認學歷的高中等中醫藥院校畢業生；一類是國家認可的以師承方式學習的人員一類是符合報名條件的外籍人員和台港澳居民。無論哪一類都必須符合學歷方面的要求。
兩者最大的區別就是：中醫專長證沒有學歷要求，而中醫類專業資格證有最低學歷要求。
多點執業方面的不同：兩種證書在符合條件的情況下通過備案都可以開展多點執業。區別在於持有中醫類別執業醫師證更容易獲批。