黃藥師眼界甚好，少有佩服之人，除了與自己齊名的其餘四絕，黃藥師瞧不起任何人，包括王重陽的徒弟全真七子等人，更別提其他後輩了。但是黃藥師偏偏對楊康的兒子楊過青眼有加，大為欣賞，甚至直呼楊過為楊兄弟，這是為什麼呢？
能讓孤傲絕世的東邪這麼青睞，楊過自然有自己的過人之處。
縱然楊過是認賊作父的楊康的兒子，依然能讓黃藥師對其豎起大拇指，這不得不說這是楊過的本事，父債子還，楊康生前作惡多端，所以楊過行俠仗義來彌補，黃藥師更是直言：想不到楊康作惡多端，居然生了個兒子這麼了不起。 老夫覺得他與眾不同，行事奇異，不同凡響。
這話從黃藥師的嘴裡說出來，是多麼的難得，是多麼高的評價。
為什麼黃藥師對楊過如此讚不絕口呢？除了楊過的行俠仗義之舉外，還有一個最根本的原因。
這個原因就是楊過的亂倫之舉。楊過與自己的師父小龍女相戀，甚至要結為夫婦。這讓包括郭靖在內的天下人反對和謾罵，師徒相戀，有違人倫，是萬萬不可的，但是楊過頂住了一切壓力，在全真教重陽祖師的畫像前與小龍女結為夫婦，大大的扇了天下人一個響亮的耳光，當然，挨耳光的不包括黃藥師，因為黃藥師是贊成楊過的師徒戀的。
射鵰裡面有個片段，是梅超風臨時之時黃藥師出現，當梅超風替黃藥師擋了歐陽鋒一掌而死時，黃藥師的痛苦與複雜表情已超出了師父對徒弟的那種愛。
梅超風在桃花島門下時，青春爛漫，日久生情，他們之間的似有還無、模模糊糊的情愫，是貼近複雜人性的。黃藥師後來娶了黃蓉的娘是因為愛黃蓉的娘也是因為自己不想再錯下去，在他心裡，雖然他視世俗禮教為無物，但是他仍然是沒有勇氣與決心去和梅超風走下去的。於是他選擇了黃蓉的娘，因為愛黃蓉的娘也因為自己的性格所致，他對黃蓉的娘的愛是至始至終的。
後來在牛家村，梅超風陷入了全真七子的小編七星陣，黃藥師護短，代替梅超風攻打七星陣，被歐陽鋒偷襲，眼看生命不保，梅超風代替黃藥師挨了一掌，奄奄一息，黃藥師看在梅超風替自己挨了一掌，又對自己的女兒黃蓉照顧有加，於是饒恕了梅超風偷書的罪過，並且讓梅超風重新列入自己的門牆。梅超風含笑而死。