東學君看到很多同學還是不太清楚如何申請大學院，為了解答對於日本大學院申請流程不清晰的各種疑問，東學君仔細梳理了大學院申請的各個流程。但是，本文僅在一般入試/特別入試的範疇內進行說明，推薦制度、聯合培養、英文項目不在此文討論之列。
通過各大學舉行的入學考試升學的方式是大多數人都熟知且會採取的一種方式，由於這種方式面相絕大多數考生進行考試選拔，受眾面廣，所以適合在日本讀語言學校的學生、想在國內直接申請考生的學生、研究生（日本）在讀的學生申請。其基本的流程分為以下幾個階段。
1）出願階段
出願即報名，這個需要遵守每個學校所公布的募集要項中的要求。 日本大學院出願的時間一般是分為冬季和夏季。夏季的出願時間一般是在6月～8月之間，冬季的出願時間是12月到翌年的1月之間。具體日期參照每個學校的募集要項。
一般來說出願的階段需要準備的資料有以下幾種。
a 畢業/學位證明書：最終學歷院校所開具的證明書類，在內容上必須包括以下幾項，學員姓名、學員的入學畢業時間、獲得何種學位、開具的日期。不過要注意開具的紙張必須要用畢業院校的抬頭紙，上面必須要有學校的地址與聯繫方式。有的學校（如早大）會指明必須提交學信網開具的證明，需要格外注意。
b 成績證明書：與畢業證明相似，成績證明書是指學員最終學歷院校從入學開始到畢業為止的所有學年的成績單，而且院校的公章。
c 推薦信：部分學校必須提交。推薦信內容上包括：開具人與學員的關係，該學員的學習能力與研究能力，開具人的職位，所屬機關，聯繫方式，開具人的簽名或印章。大部分的院校是沒有規定的格式的，但是近幾年有一些院校是必須用其規定用紙（早稻田大學，神戶大學），所以需要儘早準備，開具完畢後需要密封，並在封口處簽字或蓋章。
e 日本語能力證明書：日語能力證明書是指日語能力測試或者日本留學生考試日語的成績單或者是日語學習機構開具的日語能力證明書。儘量準備原件，原件都可以在考試中心的官網進行再發行。
f 英語能力成績證明書：是指TOEIC／TOEFL／IELS之類的英語考試的成績單，每個學校可提出的英檢成績各有不同，一般的TOEFL是所有院校都認可的，TOEIC的成績除去個別院校（東京大學／一橋大學/京都大學）的個別專業之外都可以使用。
g 研究計劃書：基本上所有文科類的大學院都是需要研究計劃書的，理工類的大學院如果是參加考試的學生，對於研究計劃書的要求都不一樣，有的院校是不需要的，理工科的同學在出願前可以參照目標院校的募集要項看看是否需要研究計劃書。
以上的資料是可以自己在出願前自行準備的內容，幾乎每所院校都是需要的，基本在出願前的1個月內準備好，到出願的時間直接匯總後與其他證件類材料郵寄給學校即可完成出願。
關於出願前與教員取得聯繫
需不需要提前和教授取得聯繫是一個頭疼的話題。有一些募集要項中會提及需要取得教授內諾的事項，而有一些不會說。理工類的話，有些是不需要（不強制）和教授聯繫，例如早大、東大等。具體要查看各校出願要項或出願頁面中是否有提到「必須事前和指導教員聯繫」，如沒有則可認定為不必事前聯繫。但是，無論是否要求，還是儘量要提前去聯繫一下教授並且面談一下，這樣會對入試有一些幫助。理由有三：
首先，提前聯繫教授的話通常都會被邀請去研究室參觀，有機會接觸到研究室成員，幸運的話還能見到中國的前輩，可以獲知很多內部消息和考試經驗。
其次，和教授聯繫的過程也是深入了解研究室和教授研究方向的過程，如果省略這一步驟，那麼就少了一個雙方互相了解的契機。除了少部分學校/專攻（如東大工學系）是採用「考核-錄取-配屬」這種方式進行選拔，多數還是基於報名時選擇的志願來選拔。因此，如果不能提前和教授敲定研究意向，且研究意向和教授的指導範圍實質上如果出現了偏頗，是會影響錄取的。此外，有些學校/專業異常熱門，就會出現僧多粥少的局面。如此一來在考試成績差別不大的情況下，教授會多考慮之前有聯繫的學生而非空降而來的學生。
最後，作為前兩點的總括，提前聯繫教授可以提前把握教授對於你的基本態度，從交流的過程中可以發現一些端倪，從而判斷他是否有收你的意願。例如詢問你在研究室日後詳細的規劃，對你的基本信息很感興趣，給你介紹研究室成員並且囑咐提供必要幫助——這些都屬於積極的信號。反之則為消極信號（包括無視請求聯絡的郵件，抑或是直接表明研究室人滿/研究內容不相干）。這些隱性信息會有助於你更合理地作出決策，讓你的報考過程更高效。
如果是某些文科系研究科的教授，學校會明令禁止學生事前聯繫教授。文科考生在看招生信息時要尤為關切這一點。
2）入學考試階段
在出願完成以後，出願材料沒有問題的情況下，會在出願的2周左右收到學校寄過來的受驗票（准考證）。學生按照受驗票上的所寫考場地址，與考試時間，自行安排考試日程，如果是在不同的城市，可以提前準備預定酒店或民宿。
關於考試的方面的分為以下幾種參考內容：
a 書類選考：審核考生提交的各種證明材料，以及將考生提交的大學成績以及英語成績進行參考換算。
b 筆試：專業課考試。出了專業科目之外還可能附帶（或只有）小論文寫作。專業課科目可能會在募集要項中揭示。
c 面試：主要問題為志望理由、研究計劃（如果有研究計劃書會根據研究計劃書提問）、專業知識理解、未來規劃等。
選考的內容較多，但是各方面占的比重不一樣。
文科類的大學院：書類選考占比不多，比較看重筆試的成績，但是私立學校面試的比重跟筆試成績的比重所占比例各一半。國公立的院校筆試所占比重可能在80%以上。
理科類的大學院：無論私立大學還是國公立的大學，筆試占比90%以上，面試較為輕鬆。
具體的備考攻略，可以關注各個專業的專欄文章。
3）合格發表以及入學手續階段
在考試完畢後的1周～2周間學校會公布合格者的名單，學生成績合格後會將合格通知書發送給學生，並附送入學手續內容。入學手續的辦理時間每個學校也都是不同的，這個方面也是要看學校發給你的入學手續說明進行辦理，需要準備內容如下：
a在日學生（有日本長期留學簽證的學生）：入學金繳費證明，學生信息卡，履曆書，誓約書等
b在國內的學生（無在日留學或長期簽證的學生）：除去入學金繳費證明，學生信息卡，履曆書，誓約書等之外，還需要準備留學簽證辦理的書類，一般是在留資格認證申請表，經濟支付人的在職證明，收入證明，存款證明等信息。具體內容可以參照學校的簽證辦理文件說明。
很多獎學金（也可能是學費減免），無論校內還是校外的，最早時可以在入學前就開始申請。有些學校的（留學生）宿舍名額緊俏，同樣也是在辦入學手續的時候就要申請，如果超過期限，就會錯過很多福利/優惠政策。
以上所有階段完成後，恭喜你，你已經完成入學的所有手續，可以準備迎接大學院生活了。