蛋白互作的研究背景內容比較豐富，我們分成兩期定量蛋白質組學非標記定LabelFree定量蛋白質組學技術研究蛋白互作的背景進行介紹。本期我們接著說蛋白-蛋白互作方法的研究背景。
蛋白互作方法的研究背景
免疫印跡或免疫沉澱逐漸轉向使用質譜法進行樣本中的蛋白質定量，同時，也可使用該方法進行蛋白質鑑定。質譜法為高度復合的定量分析創造了條件，為它們的快速發展提供了條件，無需考慮費時的基於抗體的方法。LC-MS/MS還促進了研究人員對蛋白質異構體和翻譯後修飾（PTMs）如何控制和調節多個細胞的了解。
在蛋白質互作分析中，親和純化與多種定量質譜方法相結合非常常見。在本文中，我們將質譜採集策略分為「數據相關採集（DDA）」和「數據獨立採集（DIA）」。目前為止，DDA最常見的用途是通過「鳥槍」技術鑑定化合物。在這些實驗中，根據一組簡單的啟發式規則（通常是母離子強度）選擇一個母離子進行碎片化，利用從所選母離子導出的MS/MS圖譜進行蛋白質鑑定（圖1）。相比之下，DIA並不是根據前體離子掃描中的信息來選擇要進行碎片化的離子，而是在質譜儀可見範圍內使整組前體離子碎片化，選擇離子進行碎片化的方式區別對量化結果有重要影響。
圖1. QqTOF儀器中典型「鳥槍」實驗的示意圖。儀器在兩種不同的掃描模式之間循環。（A） 在第一模式（MS1）中，所有離子都通過儀器傳輸，並在檢測器處檢測，隨後可用於母離子測定。利用簡單的規則（強度、電荷狀態和離子是否已經碎裂）分析導出的質譜圖。通過這些規則的離子隨後被分離和碎片化。（B） 在MS/MS模式下，特定質量在第一個四極體中分離，在第二個四極體中碎片化。所有的碎片離子都被記錄在分析儀中，並產生MS/MS圖譜，用於鑑定化合物。
質譜儀的不斷創新使得檢測靈敏度得到顯著提高，可以檢測樣品中成分較少的物質。除了能夠更深入地觀察樣品外，靈敏度的提高還可以提高儀器的掃描速度，這使得用不同的工作流程和方法進行定量和鑑定成為可能。本文我們討論的是利用親和純化聯合質譜技術（AP-MS）分析蛋白質-蛋白質相互作用時，肽和蛋白質的定量方法。這些方法也適用於涵蓋需要量化的不同應用領域的各種其他類型樣本，不過最終使用哪種方法還是由樣本複雜性來決定。
下期文章中，我們將切入主題，詳細介紹幾種目前常用的幾種研究相互作用蛋白質組學的定量蛋白質組學非標記定量LabelFree法。
本文由百泰派克生物科技整理編輯。百泰派克生物科技專注於基於質譜的蛋白質組學服務，結合親和純化與定量蛋白質組學非標記定量LabelFree、SILAC或SWATH定量技術，提供一系列定量蛋白質組研究策略，靈敏度高、重複性好，非常適合蛋白質相互作用的研究。
文獻參考：Stephen Tate, Brett Larsen, Ron Bonner, Anne-Claude Gingras, Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions. Journal of Proteomics, 2013.