1553年，葡萄牙將他們的觸手伸到了東方的澳門，通過向明朝地方官員行賄的方式，占據了澳門的部分土地，由於需要引進葡萄牙紅衣大炮等方面考慮，明朝政府也認可了葡萄牙對澳門的租借。不過葡萄牙僅是獲得部分治理權，每年需要向明朝支付租金，
明朝在澳門設置有官衙，對澳門仍然擁有主權。
清朝為何不驅逐葡萄牙人？
1644年，清軍入主中原，八旗鐵騎正處鼎盛，澳門彈丸之地，驅除葡萄牙人易如反掌，清朝沒有這樣做出於以下幾點原因：
一、葡萄牙策略得當
明末清初之際的葡萄牙，在歐洲大陸已經榮光不在，甚至被西班牙統治，直到1640年才剛剛恢復獨立。葡萄牙的殖民地更是頻頻被新興強國荷蘭和英國襲擊。此時的葡萄牙沒有近代殖民者身上的那種傲慢和強硬。
由於已經在澳門經營了將近一個世紀，
葡萄牙人非常了解中國的「基本國情」
。清軍抵達後，在澳門的葡萄牙人馬上向清朝「呈文投誠」，表示「甘為天朝忠順子民」，「感慕皇上德威，寄居彈丸一隅。」
在當時清朝統治者眼中，沒有明確的中國人和外國人之分，葡萄牙人和西南土司區別不大，都是清朝的「藩籬」。當葡萄牙人拿著明朝授權的合法文書來投誠時，清政府對這種歸順十分的重視，這無疑對仍在抵抗的南明殘餘勢力具有示範意義，顯示清朝天命所歸，清政府好生安撫，命葡萄牙人安守其職。
二、葡萄牙的獨特價值
葡萄牙人的確是太了解中國人了，知道光恭順是不夠的，還要展示自己的價值，葡萄牙的歸順文書中寫明，願「代守險要」和「竭力奉公以納貢賦」，這正中清朝的軟肋。
「代守險要」
澳門地處沿海，八旗鐵騎雖然驍勇，海軍一直是清軍的軟肋，短時間內也無暇發展，能由葡萄牙人維護一下沿海的治安，正式清朝所需。
「繳納貢賦」
自古打仗離不開錢糧，葡萄牙人不但將每年515兩租借費如數轉交清朝，還允許清朝對澳門的商會進行收稅（至道光年間清仍在徵收此項稅賦），每年的租借費加稅款，總額足以令清政府滿足。要知道澳門在清的眼中只是一個小漁村，即使清軍完全占領自己去收田稅，估計一年也收不了幾兩銀子。
綜合以上兩點，
在順治初年，清朝官方決定對澳門維持明朝的協議，
仍准許葡人居留和貿易。
三、清朝內部因素
皇帝太忙了
後金曾為明朝外圍「藩籬」，強大後起而推翻明朝，建立清朝。清朝統治者對那種表面納貢臣服，實則獨立王國的所謂「藩籬」從不放心。
康雍乾時期，設駐藏大臣、設伊犁將軍，收服外蒙，降服土司，改「土官」為「流官」，徹底粉碎這些獨立王國，可以說清朝對邊疆地區的控制力度，達到了中國古代前所未有的程度。在澳門的葡萄牙人能逃過此劫，只因為皇帝太忙了。
康熙，擒權臣、定三藩、收台灣、阻沙俄、戰准部，沒時間管澳門！
雍正，攤丁入畝、改土歸流、整飭吏治、排查虧空、火耗歸公，平定青海，沒時間管澳門！
乾隆，三次用兵新疆，兩次用兵尼泊爾，還用兵緬甸、安南、台灣、大小金川，沒時間管澳門！
康雍乾三帝似乎都懂要抓主要矛盾的道理，用一百多年的時間集中處理新疆、西藏、蒙古、雲貴問題及周邊問題，
至於澳門的徹底收服，真顧不上，皇帝太忙了！
傳教士因素
傳教士的因素也不可忽略，清初多位外國傳教士來到中國，依靠特殊的技能伴在皇帝身邊，被冊封官職，最終故去在中國，代表人物有湯若望，南懷仁，張誠，徐日升，郎世寧等。
康熙帝甚至拜南懷仁為師，長期跟他學習數學、幾何、天文、曆法，南懷仁最後官至工部侍郎，正二品，1688年以「國級幹部」的身份在北京逝世，享年66歲。
傳教士們已融入清朝的官僚體系中，
這些耶穌會傳教士幾乎都是從澳門進入中國的，他們對於維持澳門的現狀起著不可忽視的作用。
清朝與葡萄牙的聯合軍事行動
清朝中後期
澳門的作用愈發顯得無可替代，原因就是清朝收復台灣後就不再重視水師的發展
。
乾隆後期，海盜活動日益猖獗，尤其以張保仔鬧得最厲害，全盛時聚眾7萬餘人，打劫過往船隻，洗劫沿海村莊。清朝只得聯合澳門葡萄牙人進行圍剿。
據《靖海全圖》所繪，數次戰鬥中，葡萄牙的新式艦船發揮了中流砥柱的作用，廣東水師只能從旁協助。但是清朝再次拿出當年平定台灣的老辦法，長期負責封鎖海岸，切斷海盜補給，經過多年努力，終於迫使張保仔投降，沿海各地回復安寧。
經此一役，清政府對澳門葡萄牙人非常認可。隨著清朝中後期的日益沒落，徹底沒有了驅逐葡萄牙人的想法。
尾聲
駐澳門的葡萄牙人，用他們的必要性、特殊性以及強大的策略，維持住了他們在澳門的特殊地位。
總的來說，清朝與駐澳葡萄牙人間是互通有無、各取所需、基本和平的關係，
但澳門的主權一直屬於中國無疑。
鴉片戰爭後清朝日漸衰落，葡萄牙也趁火打劫，1887年清政府被迫與葡萄牙政府簽訂《中葡和好通商條約》，澳門正式為葡萄牙殖民地，至1999年，澳門終徹底終回歸祖國。
值得一提的是，無論是在澳門回歸前，還是在回歸後，葡萄牙與中國政府間的合作都非常的愉快，這也為澳門今日的繁榮提供了保障。
而今日仍留在澳門的土生葡人，實際上成為了中華民族的第57個民族，
享有中國公民的一切權利，也成為澳門獨特的一抹風景。