是藥三分毒，抗愛滋病藥物也是副作用比較大的藥物之一，愛滋病的藥物伴隨愛滋病患者一生，所以每一位愛滋病患者應該注意藥物的副作用。
目前國際上共有6大類30多種藥物(包括復合製劑)，分為核苷類逆轉錄酶抑制劑(NRTIs)、非核苷類逆轉錄酶抑制劑(NNRTIs)、蛋白酶抑制劑(PIs)、整合酶抑制劑(raltegravir)、融合酶抑制劑(FIs)和CCR5抑制劑.
目前國家免費抗病毒有：
齊多拉米雙夫定（齊多夫定+拉米夫定）
由於本藥含有拉米夫定和齊多夫定，預見不良反應的類型和嚴重程度和其所含兩個成分有關:
拉米夫定： 其常見副作用有乏力/頭痛不適，噁心，腹瀉，嘔吐，上腹痛，發熱及皮疹。但是相對來說，副作用較少。
齊多夫定 ： 最嚴重的副作用有貧血，中性粒細胞和白細胞減少。服用齊多夫定一定要關注貧血情況。
替諾福韋，「富馬酸替諾福韋二吡呋酯」
替諾福韋幾乎不經胃腸道吸收,因為替諾福韋主要是通過腎臟清除，所以富馬酸替諾福韋二吡呋酯與能夠導致腎功能減低或與腎小管主動清除競爭的藥物合用，能夠使替諾福韋的血清濃度升高和/或使其他經腎臟清除的藥物濃度增高。主要是腎功能損害！
奈韋拉平
成人：除皮疹和肝功異常外，在所有臨床試驗中與奈韋拉平治療相關的最常見的不良反應有噁心、疲勞、發熱、頭痛、嗜睡、嘔吐、腹瀉、腹痛和肌痛。注意：服用奈韋拉平，前兩周一定要有一個導入期（具體諮詢醫生）。
依非韋倫片
與本品有關的最值得注意的不良事件為皮疹、神經系統症狀和精神症狀。臨床研究中其他一些較少發生的與治療相關的不良事件包括：過敏反應、協調異常、共濟失調、精神混亂、昏迷、眩暈、嘔吐、腹瀉、肝炎、注意力不集中、失眠、焦慮、異夢、睏倦、抑鬱、思維異常、興奮、健忘、精神錯亂、情緒不穩定、欣快、幻覺和精神症狀。服用該藥物後可出現幻覺，高空作業及駕駛員一定要引起注意。
克力芝
臨床試驗期間與本品治療相關的最常見的不良反應為腹瀉、噁心、嘔吐、高甘油三酯血症和高膽固醇血症。
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